Объясняя, как от ощущений, восприятий, понятий познание идет к выработке научного знания, Конисский подчеркивает связь практического и теоретического знания. Для профессора важно то, что практический опыт есть основа знания. Не отрицая общепринятого в те времена деления наук на теоретические и практические, он склонен, однако, считать каждую науку и теоретической, и практической одновременно, и такой является в первую очередь, согласно Конисскому, логика — наука о мышлении. Особенно ценно его мнение о практической направленности разума: «Разум, когда действует на практике, не успокаивается на познании объекта, а стремится к другим действиям, т. е. он практичен в употреблении» (там же, 60). Деятельность разума, присущая каждому человеку как его специфическая черта, способна не только предоставлять самые простые знания — отражение данных природы, но и, обобщая эти данные, привести человека к приобретению совершенных, глубоких научных знаний. У Конисского нет сомнения в тесной связи деятельности разума с деятельностью органов чувств, каких бы высоких абстракций ни достигал интеллект в процессе своей деятельности. Абстрагирующая, обобщающая деятельность разума служит для лучшего и более глубокого познания явлений природы. «Разум, — говорит Конисский, — охватывает не только материальные вещи, но и те, которые не имеют связи с ними… правила аргументации, законы равенства и справедливости, ход времени и его деление…» (там же, 316). Изучению операций разума Конисский посвящает отдельный раздел философского курса — логику. Вещи, природа относятся к логике постольку, поскольку именно о них складываются понятия и заключения разума. Понятия выражаются в словах, и потому логика оперирует словами-понятиями, отражающими реальные вещи. Вещи, познанные через ощущения, отражаются в разуме человека как понятия этих вещей. Конисский называет их «первыми интенциями» в отличие от «вторых интенций» — понятий, отражающих понятия. Логика как наука практически оперирует первыми интенциями, так как они непосредственно связаны с окружающим миром и с операциями разума. Понятия понятий, или абстрактные понятия типа «субъект», «предикат», — искусственные, но они имеют место в операциях разума, «чтобы их искусственное размещение можно было свести к практике» (там же, 62). Конисский мыслит логику как науку, отражающую теоретическую деятельность разума, тесно связанную с практикой, поэтому и цель ее он считает чисто практической — приобретение знаний об окружающем мире. Знания эти можно приобрести при помощи и естественной, и искусственной «диалектики». Естественная диалектика — это простой способ мышления, «без доктрины и метода», она присуща необразованным людям и отражает закономерности природы без их обобщения. Искусственная диалектика более совершенна — это «само искусство мыслить или сбор многочисленных интеллектуальных навыков о способе знания» (там же, 65). Конисский считает, что без естественной диалектики невозможно получить знания об окружающем мире, она необходима во всех случаях, ибо дает нам самые простые знания — отражение закономерностей природы. Искусственная же диалектика необходима для получения совершенных, глубоких научных знаний, ибо только она учит, как правильно определять, разделять, аргументировать.
Упорядочение материала, доставленного посредством ощущений, тесно связано с первой операцией разума — образованием понятий. Говоря об этой главнейшей функции разума, нельзя не сказать о решении Конисским одной из важных проблем средневековой философии — проблемы универсалий.
Первая операция разума состоит в том, что, восприняв какую-либо вещь, он образует в себе определенное ее отражение. Это отражение оформляется как понятие. Понятия — это знаки вещей материального мира. Они разные: понятия первого порядка — прямые отражения вещей, уже упомянутые «первые интенции», понятия второго порядка — отражение понятий, «вторые интенции». Всестороннюю глубокую характеристику понятий профессор представляет согласно традиции, принятой в средневековой философии. Для нас особенно важно, что Конисский, следуя здесь Аристотелю, указывает на тесную связь понятий с реальными вещами, подчеркивает, что логическое понятие — отражение реальной вещи. Спор номиналистов и реалистов, касающийся природы общих понятий — универсалий, вспыхнул с новой силой в эпоху расцвета естественных наук. Спор этот возродили последователи Фомы Аквинского, пытаясь побороть материалистические и атеистические учения, распространявшиеся с развитием естествознания. Особенно важное значение в этих условиях приобрел гносеологический аспект проблемы универсалий. Номиналисты и умеренные реалисты соглашались, что универсалии существуют «после вещи», в человеческом разуме как понятия, концепты. Расходились они лишь в характеристике природы этого концепта. Номиналисты утверждали, что концепт — только обычное название отдельной вещи. Фома Аквинский и томисты признавали, что понятия существуют в вещах как их сущность, до вещей — в божественном разуме как идеи, после вещей — в человеческом разуме как абстрагированная форма.