Вопрос о синонимичности или аналогичности бытия бога и реального сущего был тогда вопросом о связи бога и природы, вопросом о зависимости природы от бога. Этот вопрос был одним из важнейших пунктов расхождений между номиналистами и реалистами еще в средние века. Согласно учению Фомы Аквинского и томистов, истинным бытием считалось бытие бога и других духовных сущностей. Материальная же природа признавалась существующей лишь аналогично, относительно истинного бытия. Конисский, отодвигая бога за пределы материальной природы, отказывает ему в субстанциальности. Категория «субстанция» характеризует лишь явления природы, бог же может лишь подразумеваться как нечто «аналогичное сотворенной субстанции» (5, 88). Согласно мнению Конисского, не природа существует аналогично богу, а бог — аналогично природе.
Конисский не придает большого значения метафизике вообще и проблеме категорий в частности. Они носят для него лишь прикладной характер, т. е. имеют практическое назначение. Руководствуясь практической значимостью, он выделяет категорию причинности, служащую ядром метода естественных наук. Главное в познании вещей — познание их причин: «Для подлинной науки необходимо и достаточно, чтобы она имела точность выводов из доказательств, а именно: через причины; не требуется, чтобы она доказывала так все доводы, но достаточно, что она стремится доказывать и в большинстве случаев даже действительно доказывает» (там же, 58). Отодвинутый за пределы природы бог сохраняет свое значение универсальной причины. Для Конисского важно познать непосредственные причины явлений, причины видимые, ощутимые и объяснимые. «…Вообще к богу прибегают тогда, — говорит он, — когда причины вещей неизвестны…» (там же, 259). Категории, считает Конисский, помогают лучше и глубже понять отдельные вещи: «Всем философам присуще мнение, что не может быть знания об отдельных вещах, ибо все течет и меняется… А если бы мы рассматривали то, что содержится вообще во всех вещах одинаковой природы, то мы бы увидели у них нечто общее. И тогда сразу ясно, что мы должны рассмотреть роды вещей, если хотим установить о вещах нечто определенное. Поэтому некоторые из античных философов, такие, как Гераклит Эфесский и Кратил, и великий вождь эпикурейцев, поскольку акцидентально не рассматривали природу вещей вообще, казалось, и об отдельных вещах не могли знать ничего определенного, они попали в такое заблуждение, что считали, будто у людей вообще не может быть никакого знания о вещах» (там же, 68). У Конисского нет сомнения в эмпирическом происхождении и применении категорий как результата обобщения данных опыта.
На основании самых общих понятий разум осуществляет свои сложные операции в процессе познания — конструирует суждения и умозаключения, характеризующие высшую психическую деятельность. Субъект суждения Конисский мыслит как реальный предмет материального мира, а предикат — как выражение реального присутствия или отсутствия у этого предмета тех или иных признаков. Истинность суждения у него обусловлена истинностью объекта, о котором составлено данное суждение. Профессор не подвергает сомнению факт, что понятия и суждения могут быть истинными или ложными в зависимости от того, правильно или ложно они отражают действительность: «Истинность суждения обусловливается объектом» (там же, 106).
Три операции разума — образование понятия, суждения и умозаключения — это три ступени, по которым разум человека поднимается к своей главной цели — приобретению истинных знаний об окружающем мире. Для достижения этой цели разум пользуется лишь ему присущими приемами: определением, делением, аргументацией. Без таких приемов, утверждает Конисский, невозможно глубоко познать любую вещь. Правила определения и деления, приводимые им, выработаны многолетним опытом ряда поколений.
Природа вещей так разнообразна и богата, что человеческий разум не может одинаково совершенно знать все вещи. Одни ему более известны, другие — менее. Из этих вещей некоторые обладают естественной связью. Благодаря такой связи наш разум, охватив более известное, легко схватывает менее известное. Так из связи одного с другим разум выводит связь с третьим и приходит к его познанию. Для такого способа познания и служит третья операция разума — силлогизм, в результате которого мы получаем умозаключение. При этом более известное называется аргументом, а ход мысли, которым она поднимается от известного к неизвестному, — аргументацией.