Самое важное условие для правильной аргументации — правильность консеквенции, т. е. следование истинного вывода из истинных посылок. Главную роль Конисский отводит здесь интеллекту: «Интеллект не может не видеть истинности вывода, если посылки известны как истинные. Интеллект же есть необходимая потенция, которая при данном объекте не может не тянуться к нему, как открытый глаз не может не видеть того, что перед ним поставлено» (5, 108). Интеллект не только может, он должен с необходимостью давать нам истинные знания об окружающем мире.
Силлогизм может быть составлен согласно всем правилам, с учетом всех требований, однако, если вывод противоречит истине, такой силлогизм не дает истинного знания: «Никакое знание не может считаться достоверным, если интеллект не удовлетворяется в выводах даже лучшими силлогизмами» (там же). Профессор твердо убежден, что «вопреки истине невозможно сконструировать правильный силлогизм» и «ни Фома Аквинский, ни ученый доктор Скот, ни Иоанн Кальвин, ни ангелы, ни даже сам мудрейший бог не могут выковать правильные аргументы, чтобы я убежденно подтвердил истину. Если бы это случилось — что вообще невозможно — сам бог сотворил бы вопреки чему-либо, как-то евангельской догме, силлогизм и объявил бы, что он правильный и совершенный, — я бы резонно заметил: значит, неистинно твое Евангелие» (там же, 115). Он признает, что могут быть положения, истинность или ложность которых нам трудно доказать (например, положения Аристотеля и Зенона о непрерывном), однако трудности эти лишь кажутся неразрешимыми, «потому что острием мысли не можем пронзить отдельные тайны природы» (там же, 116). Практика, чувственный опыт — вот где подтверждается и проверяется, по мнению Конисского, истинность.
Таинственность многих явлений и многообразие мира приводят к тому, что человек не может в равной мере все познать. О многих явлениях и вещах у нас может быть только представление или догадка. Знание Конисский характеризует как «определенное познание необходимой вещи посредством ближайшей причины», представление же — «познание с предостережением несуществующей вещи или существующей, но не из ближайшей причины, а из определенных случайностей» (там же, 109). Знание мы можем получить о вещах, необходимо существующих в природе; представление же — и о существующих, и о тех, которые никогда не существовали и существовать не будут. Характерный признак знания — определенность, представления — неопределенность или «предостережение». Вопреки Аристотелю, отрицавшему, что интеллект может иметь одновременно о какой-то вещи определенное знание и представление, Конисский убежден, что «акты знания и представления могут быть вместе в одном интеллекте об одном и том же объекте как различные ступени овладения им» (там же, 110). Знание — необходимая ступень, представление — вероятная, и они могут существовать вместе. Подлинное знание можно приобрести только путем обучения и из многолетнего опыта.
Познавательные операции разума Конисский связывает с языком. В языке — мире знаков отражается мир вещей. «Обозначать — это не что иное, как быть знаком какой-то вещи» (там же, 9). Язык Конисский делит на внутренний и внешний. Внутреннюю речь изучает логика, внешнюю — грамматика. Связь внутренней и внешней речи ярко отражает связь трех терминов: термин ментальный (terminus mentalis) — само понятие, созданное разумом; термин словесный (terminus vocalis) — слово, называющее это понятие; и термин письменный (terminus scriptus) — знак того же понятия, выраженный буквами.
Высказывая безграничную веру в силу человеческого разума, Конисский в то же время понимает историческую ограниченность познания. Сам он, не стесняясь высокого профессорского звания, откровенно признается слушателям в том, чего он не знает (например, вопрос о происхождении и природе форм, о природе бесконечного). Однако он глубоко верит в возможности науки и всячески побуждает своих слушателей к познанию тайн природы.
Положительные моменты теории познания Конисского созвучны с теорией познания М. В. Ломоносова и других отечественных прогрессивных мыслителей того времени. Самое важное в этой теории — высокая оценка роли ощущений, чувственного опыта и разума как орудия научного познания. Продолжая и углубляя лучшие традиции Академии, Конисский решительно ограничил в познании значение авторитетов как самого Аристотеля и схоластов, так и Священного писания, выдвинув категорическое требование научно доказательного знания.