Если Киево-Могилянская академия, возникнув с политической целью противоборства польско-католической экспансии, с первых дней своего существования была сориентирована на постижение «латинской» мудрости — идейного оружия противника, то Московская славяно-греко-латинская академия под эгидой православных ортодоксов сразу же отмежевалась от «вредных» западных влияний. Именно то обстоятельство, что киевские профессора вынуждены были служить целям идеологической и политической борьбы, объясняет их постоянную осведомленность в новейших достижениях западной науки. Учитывая требования времени, они разрабатывали свои философские курсы. Прежде чем приступить к преподаванию философии, профессор должен был ознакомиться с материалами своих предшественников (записи курсов хранились в библиотеке), а также непременно с новейшими достижениями европейской философии и науки. Этой цели служила и обширная библиотека, и выезды выпускников для завершения учебы и усовершенствования знаний в лучшие университеты Европы. Задача была одна: вопреки иезуитской пропаганде, привлекавшей в свои сети молодежь новизной знаний, дать слушателям теорию, способную во всех отношениях оказывать противоборство иезуитской. Обстановка острой идеологической борьбы, царившая в то время на Украине и в Белоруссии, способствовала бурному развитию академической философской мысли. Особенно четко вырисовывается в это время в отечественной философии полемика с философией томизма, возрожденного в образе второй схоластики, поднятой на щит иезуитами в их борьбе против философии Нового времени. Именно философские идеи Нового времени, учения Декарта, Гассенди, Спинозы противопоставляют прогрессивные киевские профессора идеям проповедников и апологетов томизма.
В XVII–XVIII столетиях в условиях Украины и Белоруссии философия томизма была не только идеологией завоевателей, но и орудием, освящавшим социальное угнетение, в частности феодальное крепостничество. Прогрессивные деятели видели в доктрине томизма не только апологетику католицизма и унии — орудия порабощения восточно-славянских народов, но и ее основное зло — защиту отживающих феодальных порядков, суеверий и мракобесия, враждебность общественному и научному прогрессу. Ф. Прокопович, М. Козачинский и вслед за ними Г. Конисский ярко отразили это в своих литературных произведениях и философских курсах. Особенно важно подчеркнуть, что критика иезуитской идеологии, философии томизма в частности, приводила киевских профессоров к отмежеванию от всякой «божественной философии», к сближению с философией Нового времени, с естественными науками. На примере философского курса Г. Конисского мы можем проследить, как в отечественной философии суживается религиозная сфера, как постепенно проникает в эту сферу дух свободного исследования, который выводит со временем отечественную философскую мысль на путь рационализма и просветительства. Уже в этом философском курсе многие выводы основываются на научном знании, между философией и естествознанием устанавливается тесная связь.
Философские взгляды Г. Конисского явились отражением неминуемого исторического процесса, происходившего в нашей стране, о западноевропейском варианте которого Ф. Энгельс писал: «Духовная диктатура церкви была сломлена; германские народы в своем большинстве прямо сбросили ее и приняли протестантизм, между тем как у романских народов стало все более и более укореняться перешедшее от арабов и питавшееся новооткрытой греческой философией жизнерадостное свободомыслие, подготовившее материализм XVIII века» (1, 346).
Критика Конисским томизма в XVIII в., его борьба против унии и католицизма сыграли свою положительную роль в развертывании национально-освободительного и антифеодального движения народных масс. Это движение привело к полному воссоединению украинского и белорусского народов с братским русским народом, способствовало развитию новых, прогрессивных для своего времени общественных отношений.