После июньского пленума сила влияния Хрущева значительно возросла. Партгосноменклатура признала за ним право единоличного лидера. Хрущев, опираясь на местных партийных вождей, весьма эффективно использовал эту ситуацию и решительно продолжил обновление высшего руководства в необходимом ему направлении. Вслед за Берией, Маленковым, Молотовым, Кагановичем он взялся за Жукова.
Начавшееся в середине 50-х годов реформирование вооруженных сил выявило серьезные разногласия между министром обороны и частью членов Президиума ЦК. Жуков по-иному понимал роль армии в общественной жизни, стоящие перед ней задачи, выдвигал иные приоритеты в ходе ее преобразования. Все это нашло отражение при обсуждении проблем единоначалия, роли и места партийно-политических органов КПСС в армии.
В течение десятилетий вооруженные силы страны были орудием одного вождя, только он мог ими манипулировать. Армия, как и другие силовые структуры, подчинялась лично Сталину. Такая система основывалась на страхе перед карательной машиной. Все вопросы, касавшиеся вооруженных сил, решал вождь, и ни один министр — будь-то Ворошилов, Василевский или Булганин — не смел оспорить его решения.
После смерти Сталина в Президиуме ЦК долго не могла сложиться система руководства силовыми структурами. Хрущев попытался руководить КГБ и МВД, опираясь на личные отношения с главами этих ведомств. Однако это вызвало сопротивление со стороны его коллег по партийному ареопагу. Члены Президиума предпочитали руководить органами госбезопасности коллективно. Что же касается армии, то здесь возникли трения, напряженность в отношениях Президиума ЦК и лично Хрущева с министром обороны. Хрущев не мог влиять на него в той же мере, как на других силовых министров. По его словам, Жуков «много стал на себя брать».
Возможно, Жуков действительно не видел смысла детально посвящать Хрущева в сугубо армейские дела. За годы войны, находясь на высших военных должностях, он имел возможность оценить интеллект, профессионализм и личные качества тех, кто входил в ближнее окружение Сталина. Вернувшись в 1953 г. в круг высшего руководства, Жуков не проявлял служебного трепета перед членами Президиума ЦК, вел себя независимо. Сталинские наследники чувствовали такое отношение и могли расценивать его как высокомерие. Во всяком случае, маршал никогда не склонялся перед ними. Не случайно и Молотов, и Микоян, и Хрущев одинаково оценивали его как плохого политика намекая на его неумение лавировать, свойственное любому политикану. Но им-то Жуков как раз и не был.
Разногласия между членами Президиума ЦК и Жуковым усугублялись его конфликтом с армейскими политорганами. По мнению министра обороны, система политорганов, их функции и права в том виде, в каком они сложились к середине 50-х годов, стали серьезным препятствием на пути дальнейшего совершенствования армии и флота. Первоочередную задачу он видел в повышении ответственности командиров-единоначальников за все стороны жизни воинских частей, в расширении их прав и обязанностей. Жуков решил усилить роль строевых командиров за счет сокращения политорганов, уменьшения их влияния. По его мнению, дело политорганов в армии — культурно-политическое просвещение личного состава.
Действия Жукова вызвали недовольство политработников и породили тревогу у высшего партийно-государственного руководства. Хрущев опасался того, что армия уходит из-под контроля Президиума ЦК и все больше попадает под влияние министра. Реплика Жукова на заседании Президиума ЦК в июне 1957 г., когда он заявил, что ни один танк не тронется без его приказа, вызвала шок у обеих противоборствующих сторон: получалось, что не Центральный Комитет, не Президиум дают разрешение на применение вооруженной силы, а министр обороны.
Что же касается остальной партноменклатуры, то ее пугали не столько действительные или мнимые претензии Жукова на власть, сколько его политические позиции. В первую очередь — его отношение к решениям XX съезда партии, к Сталину и искоренению сталинской фальсификации истории Великой Отечественной войны, преодолению наследства культа вождя в жизни партии и общества, наказанию виновных в массовых репрессиях. То, что Жуков считал это главным вопросом в жизни партии, неопровержимо доказывают публикуемые в сборнике документы (один из разделов так и называется: «КурсомXX съезда КПСС»).
После XX съезда большая часть членов Центрального Комитета отошла от его решений. Поддержка курса на десталинизацию заявлялась на словах: за отход от этой линии сурово клеймили отступников — Молотова, Маленкова, Кагановича и других. На деле представители партноменклатуры достаточно дружно и последовательно отходили от курса XX съезда. Добившись в результате победы на июньском пленуме известной независимости в своей деятельности, дополнительных прав в руководстве парторганизациями, более активного участия в государственных и партийных делах, местные вожди не хотели сдавать свои позиции. Следует отметить, что после пленума Жуков также получил большую самостоятельность в решении дел военного ведомства, но реализацию этих прав министр обороны осуществлял в рамках правил, установленных для деятельности министерств, не нарушая конституционных устоев общества. Как и прежде, свои соображения о реформировании армии, повышении ее боеспособности Жуков направлял в виде конкретных предложений в Президиум ЦК.