Герцен не прошел — как то случилось со многими современными ему философами-материалистами — мимо тех открытий в естествознании, которые свидетельствовали об укреплении в нем идеи эволюции, заметил все более пробивавшуюся в науках тенденцию понять природу как живой процесс. Веяние «нового воззрения на жизнь, на природу» (9, II, стр. 144) Герцен видит и в произведениях Гёте, и в лекциях Рулье.
Вместе с тем Герцен обнаружил, что идея развития проводится (если вообще проводится) учеными-натуралистами неосознанно, что тот самый принцип историзма, принцип всеобщности и противоречивости развития, который сам он усвоил еще в начале 30-х годов и блестящую разработку которого он нашел в философии Гегеля, оказывается почти незнаком в естественных науках. В массе своей естествоиспытатели не рассматривают свой предмет в развитии. «Обыкновенно, приступая к природе, ее свинчивают в ее материальности» (9, III, стр. 128), рассматривают метафизически. А ведь только последовательное отстаивание идеи развития природы может вести к отрицанию бога как создателя и двигателя Вселенной.
С другой стороны, естествознание в данном его виде не в состоянии победно противостоять религии еще и потому, что оно иногда сдает свои позиции и по собственно методологическим вопросам. С сожалением отмечает Герцен «замашку натуралистов… ссылаться на ограниченность ума человеческого» (9, III, стр. 269). «Каждая отрасль естественных наук приводит постоянно к тяжелому сознанию, что есть нечто неуловимое, непонятное в природе; что они, несмотря на многостороннее изучение своего предмета, узнали его почти, но не совсем…» (9, III, стр. 95). Невольный агностицизм естественных наук Герцен справедливо связывает с тем, что естествоиспытатели в своем большинстве упрямо стремятся держаться строгого эмпиризма.
Эти методологические ограниченности естествознания, гносеологические трудности, с которыми оно сталкивалось, не оставались не замеченными противниками материализма. В России сторонники религии, пропагандисты иррационального метода познания (начиная от православных теистов, вроде Ф. А. Голубинского, и кончая левыми славянофилами, наподобие И. В. Киреевского), спекулируя на жалобах естествоиспытателей на слабость человеческого разума, активно пропагандировали мысль о бессилии разума человека, «оставленного самому себе», т. е. без руководства религиозной верой, проникнуть в тайны мира. В литературе 30—40-х годов часто со ссылкой на позднего Шеллинга, а то и на Ф. Баадера широко популяризовалось мнение о предпочтительности перед рассудком мистического откровения, которое якобы только и может свидетельствовать о премудрости действительного творца всего сущего — бога. И. В. Киреевский, например, призывал к поискам «той неосязаемой черты, где наука и вера сливаются в одно живое разумение, где жизнь и мысль одно, где самые высшие, самые сокровенные требования духа находят себе не отвлеченную формулу, но внятный сердцу ответ» (26, II, стр. 59). Ему вторил другой философ славянофильства — А. С. Хомяков: «Общество, так же как и человек, сознает себя не по логическим путям» (43, I, стр. 20). Итак, идеологическая полемика со славянофильством, которую Герцен, Белинский и другие «западники» вели вот уже несколько лет и которая как раз резко обострилась в середине 1844 г., оказывалась прямо связанной с потребностью разобраться в методологических вопросах естественных наук.
Естественно, что в «Письмах» Герцен подверг едкой критике проповедь иррационального, мистически-интуитивного познания. Здесь содержатся слова, прямо целящие в гносеологию славянофилов: «В наше время вы встретите множество людей, придающих себе вид глубокомыслия и притом убежденных, что ясновидение выше, чище, духовнее простого и обыкновенного обладания своими умственными способностями, так, как найдете мудрецов, считающих высшей истиной то, чего словами выразить нельзя, что… до того лично, случайно, что утрачивается при обобщении словом» (9, III, стр. 177).