Джон Черчилль был глубоко убежден, что из прошедших событий надо извлечь военные и политические уроки. Ведь Монмут всего за три недели собрал в двух графствах большую армию, его солдаты, даже плохо обученные, успешно воевали, за ними шли люди. Получалось, что число противников Якова огромно. Их, возможно, было сотни тысяч. Проблема состояла в том, как бороться с ними, поскольку было очевидно, что на отряды, набранные на местах, полностью положиться нельзя.
Для Якова II, не желавшего поступаться своими религиозными убеждениями, выход был один — создать регулярную армию, подчинявшуюся только ему. Но только в эту армию, по его мнению, нельзя было включать три шотландских полка, которые Вильгельм Оранский направил ему на помощь. Намеренно или нет, но они прибыли на берега Темзы уже после окончания кампании. Король бросил взгляд на солдат и решил, что они, а особенно их офицеры, «бездеятельные». Наказав двух солдат, выпивавших за упокой души Монмута, Яков отослал эти полки обратно в Нидерланды.
В начале ноября 1685 года сэр Уинстон участвовал в палате общин в дебатах о создании армии. Установка была следующая: Англия нуждалась в армии от 14 до 15 тысяч человек. Спорили о сумме, необходимой для ее содержания — одни называли цифру 1 миллион 200 тысяч фунтов, другие считали, что можно ограничиться 200 тысячами. В конце концов сошлись на 700 тысячах фунтов. Король был в ярости — этого ему было явно недостаточно.
Возвратившись в Лондон после победы над Монмутом, Черчилль стал пользоваться при дворе еще большим доверием. Еще за три месяца до того, как он отправился воевать на юго-запад Англии, он был назначен представлять короля в управлении Компанией Гудзонова залива и стал важной фигурой в большом бизнесе. Он приобрел акции компании за 100 фунтов, а цена их в скором времени возросла до 300. Форту и одной из рек, впадающих в Гудзонов залив, было присвоено его имя. Управляя компанией, Джон получил немалые финансовые выгоды. Через три года его ежегодные дивиденды составили 400 фунтов, а в 1692 году — уже 5000 фунтов.
После разгрома оппозиции в 1685 году Якову II удалось сменить аппарат чиновников в центре и на местах, реорганизовать судебную власть и создать постоянную армию. Наконец, король решил избавиться от важной оппозиционной силы — англиканской церкви. Другими словами, совершить «католическую революцию».
Есть мнение, что краху «католической революции» способствовал ее слишком быстрый ход. Мол, если бы Яков проводил ее постепенно, как советовал папа римский, или не так демонстративно, как советовал французский посол Барильон, то, возможно, он достиг бы успеха. Вряд ли это мнение справедливо: англиканская церковь в мышлении и исторической памяти англичан со времен Реформации короля Генриха VIII (1509–1547) связывалась с понятием свободы. И пусть Генрих наделе был королем-деспотом, это многие уже предали забвению: зато он освободил свое королевство от Рима.
Яков II и его католические советники, среди которых большим авторитетом обладал иезуит отец Петри, поставили цель уничтожить все то, что некогда совершил король Генрих. Общество Иисуса стало своеобразным интеллектуальным центром при дворе. В Оксфорде и Кембридже стали преподавать профессора-католики, в армии на командные посты назначали офицеров-католиков, а судьи, которые протестовали против этих нововведений, лишались своих мест. Во флоте на каждый корабль был назначен католический священник.
Считая, что в английских и шотландских полках в Голландии сплошь республиканцы и протестанты, Яков решил удалить из них самых «неправильных» солдат, пополнить их солдатами «лояльными» (то есть католиками) и перебросить во Францию. Когда Джон попросил назначить его командующим этими силами, король ему отказал; этот пост занял католик, бастард Якова и племянник Черчилля молодой герцог Бервик. С этого времени Джону все больше стало казаться, что к нему, несмотря на его заслуги, относятся с подозрением. В своем намерении изменить конфессиональную принадлежность армии Яков зашел так далеко, как только мог. Позже, уже в изгнании, он заметил своему сыну: «Всегда опирайся на католические войска, без которых ты никогда не будешь в безопасности».