Королевская часовня в Сент-Джеймсском дворце стала католической, монахи наводнили весь Лондон, открывались католические школы, активизировалась католическая пропаганда. Местная администрация, Тайный совет и компании Сити освобождались от представителей англиканской веры, были восстановлены дипломатические связи с Римом. Хорошо информированные люди уже строили прогнозы, когда в английском королевстве католическая вера станет преобладать.
Одним из таких людей был Черчилль. Он знал о деньгах из Франции, шедших на католические реформы. Он видел, как английская армия пополняется католическими офицерами, и был в курсе того, что правитель Ирландии лорд Тирконнел, второй муж сестры Сары Фрэнсис, занят военным обучением ирландских католиков, которые по первому сигналу могут быть переброшены в Англию. Кроме того, вокруг Лондона стали лагерем регулярные войска в составе 15 тысяч человек — солидное подспорье для наведения дисциплины в парламенте, изменений в церкви и, если будет необходимо, удаления строптивых судей. В сложившихся условиях Джон беспокоился за себя и за жену, но та хранила хладнокровие. Находясь при принцессе Анне, Сара считала своей главной задачей держать дочь Якова подальше от двора и влияния отца, который хотел, чтобы она изменила вероисповедание. К счастью для себя, Анна была замужем за протестантом и слушалась подругу — во всяком случае, она избежала многих невзгод, которые еще предстояло перенести Стюартам в XVIII столетии.
Джон по-прежнему был преданным слугой короля, блестящим придворным, пэром, капитаном королевской гвардии, капитаном королевских драгун, управляющим Компанией Гудзонова залива. Но, наблюдая за «игрой» своего монарха и анализируя политические события в Британии, он все больше сомневался в том, что Яков окажется в выигрыше.
Еще за два года до высадки голландского статхаудера на берегах Альбиона преуспевающий Черчилль столкнулся с дилеммой, возникшей перед всеми тори: на чью сторону встать — Якова II или принца Оранского? Он недолюбливал вигов и был связан семейными узами с домом Стюартов. Но, с другой стороны, Джон был убежденным приверженцем англиканской церкви и, что самое важное, человеком, видевшим дальше многих современников. Черчиллю не нравилось, что католики получили власть, что его король любезничает с Римом и находится в зависимости от «наихристианнейшего» монарха Людовика XIV. Он понимал, что долго так продолжаться не может и перемены неизбежны.
В условиях зреющего недовольства проводимой им политикой Яков сам себя сделал зависимым от армии. А из кого эта армия состояла? Из нескольких тысяч человек различной степени лояльности. Из нескольких сотен офицеров, разделенных на католиков, призванных ревностно служить католическому королю, и протестантов, которые рассматривали перспективы своей службы в мрачном свете. Протестанты знали, что случилось с офицерами-гугенотами во французской армии и почему лорд Февершэм оказался в Англии.
В Англии зрело то, что позже «король-солнце» назвал «величайшим заговором». Этот заговор возник в среде аристократии (в нем участвовали как виги, так и тори) и в ближайшем окружении Вильгельма Оранского. Вильгельм III отлично понимал, какую роль в создавшейся обстановке может сыграть секретная служба. Во главе ее он поставил близкого друга и самого доверенного советника Виллема Бентинка, впоследствии графа Портленда, ее представителем на Альбионе стал Генри Сидней, бывший английский посол в Гааге, сам предложивший свои услуги Вильгельму. Сидней вернулся в Англию осенью 1687 года. Но еще до этого туда направились агенты Бентинка с инструкциями держать Вильгельма в курсе всех событий, вызванных быстро нараставшим кризисом.
Джон Черчилль, лихорадочно размышлявший, как ему поступить, в конце концов был вовлечен в этот заговор, и более того: он и его жена стали решающими фигурами к успеху предприятия. Джон имел огромное влияние в армии, а Сара — на дочь короля Анну. В моральном отношении Черчилль ощущал дискомфорт: долгое время он был слишком близок к Якову и многим обязан ему. Но иного выхода он не видел.
Как-то в конце 1687 года Яков путешествовал по Западной Англии с эскортом кавалерии и присоединившимися к нему в Винчестере католическими священниками. Сопровождал короля и Черчилль. Как утверждают его биографы, во время этого путешествия он прямо сказал королю, что намерен жить и умереть протестантом. Яков заметил на это, что он волен исповедовать ту религию, к какой лежит его душа, а он, король, будет благоприятствовать своим католическим подданным и быть отцом для протестантов. «Быть отцом — не значит благоприятствовать. Отец может быть излишне строгим», — подумал Джон и сделал из этого разговора соответствующие выводы.