Он надеялся запереть силы Вильгельма на западе королевства и блокировать его морские коммуникации. В кризисный момент король располагал солидной военной силой: у него была армия в 40 тысяч человек плюс 3000 из Ирландии и 4000 из Шотландии. Командующим был назначен Джон Черчилль. 7000 солдат остались защищать Лондон. 19 ноября король прибыл в Солсбери и остался удовлетворен осмотром: такой большой и хорошо обученной армии Англия еще не видела. Кроме того, Яков имел отличный флот, проверенный в войнах с Голландией — 47 военных кораблей и более 12 тысяч моряков.
Но эта армия была внушительной только с виду. На короля вскоре посыпался удар за ударом. Сначала ему сообщили, что старший из трех сыновей графа Кларендона, офицер королевской гвардии лорд Корнбери ушел к Вильгельму с двумя сотнями всадников. Корнбери был кузеном принцессы Анны и завсегдатаем ее кружка во дворце в Кокпите, куда входили Черчилль и его жена.
Сама Анна, сообщив Вильгельму, что ее муж Георг Датский отправился с королем к армии, заметила, что она «еще не знает определенно, что будет делать: останется или покинет столицу. Все зависит от совета моих друзей». И совет последовал. Под воздействием Сары Анна решилась: она выехала из Кокпита и укрылась в доме лондонского епископа на Саффолк-стрит, а затем двинулась с небольшим эскортом в Ноттингем, где их приветствовал лорд Девоншир, занявший этот город для Вильгельма. По пути к ним присоединился принц Датский.
Лорд Февершэм, заподозрив Черчилля в неблагонадежности, советовал королю арестовать его как изменника. Медлить было нельзя. Ночью 23 ноября 1688 года Джон собрал военный совет, на котором предложил офицерам и солдатам не препятствовать голландской экспедиции. Возражений почти не было.
После этого в сопровождении герцога Графтона и 400 всадников он направился навстречу принцу Оранскому.
Примечательно, что, сделав окончательный выбор, Джон написал письмо королю с объяснением причин своего поступка. Очевидно, он желал оправдаться. Джон писал, что не надеется получить от Вильгельма так много, как от Якова, но сейчас наступил тот момент, когда высокие принципы в политике преобладают над личными интересами. И подписался: «Самый обязательный и верный придворный и слуга Его Величества». Неизвестно, как отреагировал на это король. Но одно, пожалуй, он понял после этого письма наверняка — что королевство уже потеряно. В Йоркшире Вильгельма поддержал граф Денби, в Чеширшире — лорд Деламер, лорд Шрюсбери взял для него Бристоль. Ставший впоследствии адмиралом Бинг прибыл в штаб-квартиру статхаудера и сообщил, что Плимут в его распоряжении, как и весь флот. Английские города один за другим признавали Вильгельма.
Осознав свое положение, Яков отправил королеву и сына во Францию. Затем он созвал оставшихся в Лондоне пэров и членов Тайного совета и с их согласия попытался вступить в переговоры с принцем Оранским. Вильгельм выдвинул условия соглашения с Яковом: паписты должны быть удалены из кабинета, Тауэр и форт Тилбери должны перейти в руки Лондонского совета, ни одна из двух армий (то есть Вильгельма и Якова) не должна подходить ближе 30 миль к столице. При этом давал королю гарантии, что ему создадут все условия покинуть Англию. Поначалу Яков заявил, что ничто не заставит его уехать, а затем все-таки бежал.
Ночью 11 декабря он тайно покинул Уайтхолл и устремился к побережью. Напоследок он попытался дезорганизовать управление своим уже бывшим королевством — выбросил в Темзу государственную печать, приказал преданному Февершэму распустить армию, а адмиралу Дартмуту — отплыть в Ирландию. Тут же возникли слухи об избиениях протестантов в Ирландии. Лондон охватили волнения, и последовала волна террора, получившая название «Ирландской ночи». Только решительные действия Лондонского совета успокоили бурю. Его члены направили Вильгельму приветствие, в котором говорилось о том, что Совет города «ожидает счастливого прибытия его милости принца Оранского в Лондон» и просит «защитить протестантскую религию, сохранить королевство от рабства и папства, созвать свободный парламент, гарантировать соблюдение законов и свобод жителей…».
Удача окончательно оставила Якова. Корабль, на котором он был должен отправиться во Францию, не был готов к отплытию. Король попал в руки рыбаков и был отправлен обратно в Лондон. Это было 16 декабря. Ранее бесновавшаяся толпа встретила его неожиданно приветливо — он уже был прошлым. Через несколько дней томительной неопределенности Якову снова позволили бежать. 19 декабря голландский эскорт доставил его на корабль, который навсегда увез его во Францию. Вильгельм разрешил всем сторонникам Якова последовать за ним. Исключением стал судья Джеффрис, который был заключен в Тауэр и вскоре там скончался.