В конце 1691 года король получил от Бентинка известие о заговоре с целью возвести на трон Анну Стюарт. Кроме того, Вильгельм был прекрасно осведомлен о том, что говорилось и делалось в Кокпите и как Анна в письмах к Саре называла его Калибаном, монстром и недоноском. Его предполагаемая фаворитка Элизабет Вилльерс не любила Сару Мальборо, но находилась в дружеских отношениях с леди Фитцхардинг, которая, как и Сара, была придворной дамой принцессы. Для короля это был важный канал информации. В конце концов чаша терпения Вильгельма переполнилась, и по его совету королева Мария приказала Анне удалить Сару. Между сестрами произошла яростная ссора, они громко кричали друг на друга, и Анна покинула дворец, заявив, что не расстанется со своей «возлюбленной миссис Фримен».
Накануне нового 1692 года принцесса получила анонимное письмо, в котором говорилось, что она в Кокпите находится на положении «высокого заключенного» и в «руках Королевской гвардии». И далее: «Если вы сами не удалите от себя супругу лорда Мальборо, вас обяжут сделать это… Мальборо будет осужден, как только соберется парламент».
Но удар все же был неожиданным. В одно январское утро Черчилль зашел к королю и не нашел ничего необычного в его манере общаться с ним. Но после обеда его посетил лорд Ноттингем и объявил, что король больше в нем не нуждается и смещает его со всех постов. Это было только началом печалей. После трехнедельного отсутствия Анна, как ни в чем не бывало, появилась при дворе, и с ней была Сара. От этого королева едва не упала в обморок. Саре было приказано покинуть двор, и тогда Анна последовала за ней. Она перебралась во дворец герцога Сомерсета и перевела туда все свое окружение.
Новости о скандале быстро распространились даже за пределами Лондона, причем его однозначно связывали с именем Черчилля. «Этот неблагодарный человек, — писал неизвестный корреспондент неизвестному адресату, — говорил с королем в выражениях, в которых не видно разницы между джентльменом и последним плебеем. Он думал, что, испугав короля, он сделается герцогом и начальником артиллерии, а тот лишил его всех должностей. Все указывает на его неблагодарность и алчность». Молодой лидер вигов в палате общин Роберт Харли утверждал, что слышал, как Мальборо позволил себе заметить, что «Вильгельм не обладает достаточной проницательностью, чтобы ценить высокие достоинства, и храбростью, чтобы наказать своих врагов».
Как бы то ни было, причины опалы Мальборо можно считать только предположительными. Что же касается его алчности, то ее в разы преувеличивали лондонские сплетни, хотя нет дыма без огня. Но, по крайней мере, в это время Джон не афишировал свое богатство. У него было всего три костюма, один из которых он надевал на день рождения короля. Он не был гостеприимным, почему, кстати, не пользовался популярностью в среде офицеров. Он жил так, как будто имел доход всего в 1000 фунтов в год, хотя на самом деле его семья располагала 8000 фунтов плюс различные дополнительные поступления.
В начале мая 1692 года на вернувшегося в Лондон Джона Черчилля обрушился еще более мощный удар судьбы. Он был арестован и заключен в Тауэр.
Столетиями Тауэр являлся свидетелем кровавых сцен, а со времен Генриха VIII Тюдора превратился в тюрьму для важных особ. Генрих VI, герцог Кларенс, Эдуард V и его брат Ричард были там тайно убиты, жены Генриха VIII Анна Болейн и Екатерина Говард, а также многие государственные деятели были казнены в самой крепости или на прилегающем к ней холме. До Мальборо здесь пребывали Денби, семь англиканских епископов, Сэмюэл Пипс; в Тауэр попадет и будущий знаменитый премьер-министр Англии Роберт Уолпол. По сути, сидеть в этой тюрьме не было таким уж бесчестьем, но морально Джон ощущал себя на самом дне.
Условия пребывания в Тауэре не были ужасными. Узник мог потреблять свою пищу, ему прислуживали собственные слуги. По специальному распоряжению его могли посещать друзья и родные. Тем не менее в начале своего заключения Мальборо был во всем этом ограничен. Саре разрешили увидеться с ним лишь на короткое время. Он не мог даже пообедать с пэрами, своими товарищами по несчастью, арестованными в то же время.