Оставаясь в военное время не у дел, он испытывал жгучую обиду. Неудачи преследовали англичан на земле и на море. После Стеенкирка был Ланден, где Вильгельм потерял 20 тысяч человек, а племянник Джона герцог Бервик взял в плен его брата Чарльза и попросил за дядю выкуп 30 тысяч флоринов. Затем французский флот атаковал 400 кораблей англо-голландского конвоя, идущего в Смирну, в результате чего погибло много людей, а финансовые потери составили миллион фунтов.
Летом 1694 года бригадир Толльмач получил задание высадиться в заливе Камар недалеко от Бреста. Его солдаты почти сразу попали под обстрел, сам бригадир был смертельно ранен уже в начале боя. Англичане потеряли 500 человек убитыми и пленными. Позже выяснилось, что французы за месяц или даже раньше знали о том, что англичане намерены атаковать Брест, и приняли контрмеры. Фортификациями порта занялся величайший знаток этого дела Себастьен Вобан, в район Бреста были подтянуты кавалерия и шесть батальонов береговой защиты.
Казалось бы, Мальборо не имел к этой катастрофе никакого отношения. Но много лет спустя после его смерти были опубликованы документы из архивов Сен-Жермена. 3 мая 1694 года якобитский агент в Англии генерал Саквилл переслал Якову II письмо Мальборо, в котором тот сообщал, что корабли из Портсмута должны отплыть в сторону Бреста. Правда, ни письма Мальборо, ни сопроводительного письма Саквилла в оригинале не сохранилось. Не были ли они вообще сфабрикованы французами с целью очернить имя знаменитого полководца? Впрочем, есть еще мемуары короля Якова, в которых имеется следующая фраза: «4 мая лорд Черчилль информировал короля о брестском проекте». Но мемуары есть мемуары: в них часто перетасованы факты, а Яков еще и создавал легенду о славных якобитах.
С другой стороны, опальный Джон вращался в Лондоне среди якобитов, и если он даже не отправлял письмо Якову с сообщением о брестской операции, то, возможно, проговорился об этом, и кто-то другой мог передать эту информацию во Францию. В любом случае он был в исключительно сложной, двойственной ситуации. Как человека чести и офицера, его не могла не мучить измена одному королю, а как деятельного военного его до глубины души ранило то, что другой король, которому он помог сесть на трон, не ценил это.
28 декабря 1694 года умерла королева Мария. Можно было думать, что с уходом из жизни королевы, ненавидевший чету Мальборо, положение Джона изиенится, тем более что после позора, испытанного англичанами в Камаре, сторонники Черчилля при дворе пытались повлиять на Вильгельма, дабы он вернул его в армию. Но для Вильгельма Мальборо был «подлым человеком», предателем. Именно так характеризовал его король епископу Бернету. К тому же поводы к подозрениям в отношении Джона не иссякали.
В 1696 году по обвинению в очередном якобитском заговоре, план которого сводился к нападению на Вильгельма, возвращавшегося с охоты, был арестован ряд заговорщиков, среди которых были Томас Брюс, граф Эйлсбери и сэр Джон Фенвик. В своем признании Фенвик назвал Шрюсбери, Годолфина, Рассела и Мальборо главными сторонниками короля Якова в Англии. Сознательно или нет, Фенвик начал большую и, как оказалось, смертельно опасную для себя игру. Он не выдал никого из подлинных якобитов, а указал лишь на влиятельных лиц, общавшихся с Яковом II. Как видно, он рассчитывал заставить Вильгельма III расправиться с влиятельными людьми и расшатать ситуацию в стране. Но король понял смысл игры. Не то чтобы он считал ложными показания Фенвика — наоборот, они содержали зерно истины, давно известной его разведке. Но нельзя было признать их истинными и не вызвать серьезных потрясений. И Вильгельм, находившийся тогда в Голландии, объявил, что показания Фенвика — бессмыслица и они не поколеблют его доверия к упомянутым в них лицам. Парламент также счел показания Фенвика ложью, и он был обезглавлен.
Якобиты, с волнением наблюдавшие за парламентскими дебатами по делу Фенвика, не представили никаких документов, подтверждавших его слова. Граф, с которым дружила чета Мальборо, также не подтвердил показания Фенвика. После этого Эйлсбери еще некоторое время, пока не утихли страсти, продержали в Тауэре и выпустили на свободу.
Лондон стал прощупывать почву для мирных переговоров с Францией еще в 1694–1695 годах. Но первые консультации о мире начались только в апреле 1696 года. На переговорах с Людовиком Вильгельм предложил супруге Якова Марии Моденской пенсию в размере 50 тысяч фунтов в год, что равнялось сумме, которую парламент выделил для принцессы Анны. Более того, он соглашался признать сына Якова своим наследником, если тот примет англиканскую веру. Это могло лишить Анну трона, а Черчиллей их влияния. Но упрямый Яков не принял оба предложения. Переговоры не сдвинулись с мертвой точки, пока представитель Лондона граф Портленд не встретился в Брюсселе с французским маршалом Буффлером. В июле — августе 1697 года эти два человека виделись пять раз, прежде чем выработали соглашение, приемлемое как для Вильгельма III, так и для Людовика XIV.