Если с федаинами, организация которых была подорвана репрессиями САВАК, Корпусу стражей исламской революции удалось справиться достаточно быстро, то Моджахеддин-э халк сумели нанести исламской республике чувствительные удары.
28 июня 1981 года был произведён взрыв в штаб-квартире Исламской республиканской партии, унёсший жизни 72 высших правительственных чиновников, включая лидера правящей партии и председателя Верховного суда аятоллу Мохаммада Хосейни Бехешти, второго лица в государстве.
30 августа в результате организованного народными моджахединами взрыва в канцелярии премьер-министра погибли президент Ирана Мохаммед Раджаи, премьер-министр Мохаммед Бахонар и министр внутренних дел полковник Вахид-Достгерди, тяжело ранен министр обороны и представитель Хомейни в Высшем совете обороны Ирана Муса Намджу.
Фактически летом-осенью 1981 года в стране шла полномасштабная гражданская война между Организацией моджахединов иранского народа и исламским государством.
В сентябре уличные бои велись в Мехабаде, 5 сентября прогремел взрыв канцелярии Генерального прокурора исламской революции аятоллы Али Коддуси, унесший жизнь ее начальника, 12 сентября в Тебризе партизанами был убит бывший бывшего в президенты от исламистов аятолла Амодалла Мадани.
К февралю 1982 года силы народных моджахединов оказались истощены. Лидер организации Масуд Раджави еще 29 июля 1981 года, вынужден был покинуть стану и эмигрировать во Францию, а 8 февраля 1982 года погиб в бою организатор и стратег иранской «городской герильи» Муса Хиябани. Последними крупными операциями «центрального командования» «Моджахедин-э Халк» были взрыв в Тегеране 22 февраля 1982 года, когда погибло 12 и было ранено 60 исламистов, и казнь шефа иранской полиции, преемника Вахида-Достгерди, Ибрагима Хеджари.
С весны 1982 года «Моджахедин-э Халк» была загнана исламистами в глубочайшее подполье, а большинство «засвеченных» и перешедших на нелегальное положение «моджахединов» постаралось покинуть Иран. Но это не было концом организации. Воспользовавшись ирано-иракским конфликтом Моджахеддин-Э халк создали базы на иракской территории и в 1988 году нанесли удар по территории Ирана, дойдя до города Исламабаде-Герб. Однако в ходе контратаки иранской армии отряды народных моджахедов были разгромлены, а в ходе последующих экзекуций в тюрьмах Ирана были казнены десятки тысяч заключённых – членов организации. В 1992 году бойцы Моджахедин-э халк атаковали иранские посольства в 13 странах мира.
В апреле 2003 года в ходе вторжения американо-британских войск в Ирак отряды Организации моджахединов иранского народа были разоружены вторгшимися в Ирак американцами, а члены организации заключены под стражу, где находятся до сих пор.
В настоящее время организацию Моджахедин-э халк в эмиграции возглавляет Мирьям Раджави супруга, а возможно и вдова Масуда Раджави (о судьбе которого ничего не известно с момента начала вторжения американских войск в Ирак).
17 июня 2003 года она была арестована французской полицией, в числе 165 активистов движения, по подозрению в терроризме. Провела несколько лет во французской тюрьме.
Несмотря на то, что развал СССР и многих стран соцлагеря повлёк за собой почти полное прекращение иностранной помощи коммунистическим движениям и значительно подорвал их авторитет, – это не остановило борьбу.
В Индии правительство нанесло колоссальный удар по наксалитам в 1988–1989 годах. Тем не менее, уже к 1993 году они возобновили свою деятельность в большинстве штатов. Действуют они и в настоящее время. В многих штатах Индии и сейчас действует «красный» уровень террористической опасности – во многом именно из-за наксалитов.
На многих территориях маоистское восстание стало фактором развития. В Бихаре многие племена до прихода партизан не имели грамоты, не знали школ, гигиены. Для некоторых из них алфавит был разработан именно образованными партизанами из числа выпускников университетов. Усилиями коммунистов там открылись начальные школы, стали издаваться учебники.
В настоящее время наксалиты постепенно переходят к городской герилье: наряду с операциями в сельской местности организуют боевые акции и в городах, а также налаживают контакты с левыми организациями, борющимися за отделение ряда штатов от Индии. На сегодняшней день главной организацией наксалитской традиции в Индии является Коммунистическая партия Индии (маоистская), возникшая в 2004 году в результате объединения двух наиболее активных наксалитских течений – группы «Народная война» и Маоистского коммунистического центра.