После бегства Великой армии Клаузевиц — так и не имея каких-либо конкретных обязанностей — был отправлен в Ригу к маркизу Паулуччи, а затем по собственной просьбе возвращен в действующую армию, на этот раз он поступил в распоряжение обер-квартимейстера I пехотного корпуса барона Ивана Дибича — будущего генерал-фельдмаршала и графа Забал канского. Дибич использовал Клаузевица — как бывшего прусского офицера — в ведении переговоров с руководством прусского вспомогательного корпуса, результатом чего стало подписание 30 декабря 1812 г. Таурогенской конвенции, что стало прологом к заключению прусско-русского союза.
Таким образом, прусскому офицеру Клаузевицу удалось стать не просто свидетелем, но и непосредственным участником кампании 1812 г., причем сражаясь в рядах русской армии, а не как большинство пруссаков — в Великой армии. Его анализ кампании, основанный в т. ч. и на личных впечатлениях, лег в основу его блестящей и многократно переизданной работы «1812» (Bekenntnisschrift von 1812).
Казалось бы, теперь, после того как Пруссия стала полноправным членом Антифранцузской коалиции, ничего не мешало прусскому патриоту Клаузевицу вернуться на прусскую службу. Но все оказалось не так просто: дело в том, что в 1812 г. он — впрочем, таковых было довольно много — самовольно покинул прусскую армию, что прусский король Фридрих Вильгельм III однозначно определил как дезертирство (Fahnenflüchtigen) и в возвращении на службу отказал. В результате кампанию 1813–1814 гг. Клаузевицу пришлось совершить в качестве начальника штаба русско-германского корпуса генерала русской службы графа Людвига Вальмоден-Гимборна, формально оставаясь офицером русской императорской армии. Впрочем, связи с родиной он не терял, а во время перемирия по настоянию Августа фон Гнейзенау даже составил анализ «Взгляд на кампанию с 1813 г. и до заключения перемирия» (Übersicht des Feldzugs von 1813 bis zum Waffenstillstände).
Наконец, в апреле 1814 г. Клаузевиц был принят на прусскую службу с производством в полковники. После возвращения Наполеона во Францию в 1815 г. Клаузевиц был назначен начальником штаба III армейского корпуса генерала Йохана Тильмана. В его рядах он успешно сражался при Линьи и при Вавре, после чего корпус был выделен Блюхером отвлекать внимание группировки маршала Эмануэля Груши от основной прусской армии. Тильман и Клаузевиц успешно выполнили поставленную задачу — хотя их корпус и понес довольно тяжелые потери — и тем самым обеспечили Блюхеру возможность вовремя прибыть на поле боя при Ватерлоо и поставить точку в поражении Наполеона. Русское правительство отметило заслуги Клаузевица в борьбе с французами достаточно высокими для прусского полковника наградами: 23 января 1817 г. он был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени, а также получил золотое оружие с надписью «За храбрость».
Следующие три года Клаузевиц возглавлял штаб Августа фон Гнейзенау — командира VIII корпуса в Кобленце. После окончания бесконечных войн неожиданно выяснилось, что все эти реформаторы и либералы не очень приходятся ко двору: по всей Европе в целом и в Пруссии в частности начался период некоторой реакции. Конечно, никаких репрессий против них не было, просто постепенно «реформаторов» стали смещать с командных постов, отправляя их прежде всего в военно-учебные заведения. В 1818 г. Клаузевиц был приглашен занять пост директора Общей военной школы (Allgemeinen Kriegsschule) в Берлине — ведущего военно-научного учреждения Пруссии и единственного готовящего кадры для службы Генерального штаба. Однако оказалось, что ему предлагают взять на себя исключительно административные функции, а читать лекции и преподавать ему не разрешалось. Это, конечно же, совсем не удовлетворяло Клаузевица, который в сентябре 1818 г. получил звание генерал-майора, став самым молодым генералом в прусской армии. Но он все же продолжал оставаться на своем посту, а в 1821 г. он был официально причислен к Генштабу.