Несмотря на тяжелые потери подводного флота, еще до появления новых средств борьбы с эсминцами и новых, антирадарных покрытий, новых систем ПВО, Дениц решил продолжать посылать лодки в море. Они по-прежнему оставались одним из основных средств ведения войны Германией. Лодки связывали огромное количество кораблей союзников, в десятки раз больше, чем их собственное количество. Союзникам приходилось сохранять систему конвоев со всеми ее последствиями. Большие производственные мощности отвлекались на строительство кораблей ПЛО и противолодочных систем оружия. И самое главное — большое количество самолетов отвлекалось от налетов на континент. Любые потери, которые подводные лодки могли нанести врагу, оставались ценным вкладом в военные усилия Германии. Однако они были вторичны по сравнению с тем истощением ресурсов союзников, которое вызывал сам факт присутствия лодок в Атлантике. Они все еще прямо влияли на ход войны, уничтожая особо важные цели, такие как мурманские конвои. Кроме того оставались еще 2 возражения против полного отзыва лодок из Атлантики. Первое: для лодок нового поколения требовались обученные, опытные экипажи. Второе: сосредоточение всех лодок в портах неизбежно привело бы к большим потерям во время бомбардировок, так как не хватало надежных убежищ.
Встреча Деница с Гитлером 31 мая 1943 была посвящена в основном проблемам подводных лодок. На этой встрече было сделано правильное заключение, что причиной гибели 36 или 37 лодок в течение месяца стали новые системы обнаружения, полученные авиацией союзников. Было признано, что подводным лодкам требуются новые детекторы радиолокационного излучения, системы глушения радаров, радарные буи-фоксеры, противорадарное покрытие рубок. Собственный поисковый радар все еще оставался мало эффективным. Он обшаривал горизонт слишком медленно и слишком узким лучом. Были затребованы новые самолеты для уничтожения самолетов-разведчиков союзников над Бискайским заливом. Однако Гитлер усомнился в реальности этой задачи и отказал. Вскоре ожидалось поступление на вооружение акустической торпеды, способной поражать эсминцы, началась установка на лодках новых зенитных автоматов. Как только завершится установка новых систем оружия, атаки на североатлантические конвои возобновятся.
Несмотря на смутные перспективы, Гитлер утвердил новую программу строительства подводных лодок — по 40 единиц в месяц. Все дела были переданы в руки министра вооружений Альберта Шпеера.
Мечты Гитлера о секретном оружии уже запали в головы адмиралов, и началось обсуждение перспектив пуска ракет с подводных лодок для борьбы с эсминцами и создание 16" ракет для обстрела городов. Против первого проекта выступил Гитлер, не веривший в него. Второй проект был отвергнут самим флотом, как непрактичный, хотя были проведены успешные пробные пуски ракет с лодок в подводном положении. Флот остановился на развитии не столь экзотических систем оружия. Остается только гадать, к каким результатам могли привести несколько ракет, разорвавшиеся на улицах Нью-Йорка.
Первые усилия ответить на воздушные атаки союзников в Бискайском заливе начали предприниматься уже в мае. На специальных платформах позади рубки на лодках начали устанавливать четырехствольные 20-мм автоматы. Некоторые лодки были вооружены еще сильнее и служили специальными ловушками ПВО. Они должны были сражаться с самолетами, чтобы поубавить у них смелости. Тогда лодки смогли бы передвигаться более свободно. Сначала такая тактика действовала. Одиночные британские самолеты становились жертвами лодок-ловушек. Воодушевленный Дениц приказал обычным лодкам пересекать Бискайский залив в надводном положении группами для оказания взаимной поддержки. Англичане ответили на это массированным применением самолетов. Авиагруппы атаковали лодки одновременно с нескольких направлений. В ход пошли ракеты воздух — поверхность. В коротких, но ожесточенных схватках обе стороны понесли большие потери. К концу лета лодкам пришлось пересекать Бискайский залив снова под водой, а ловушки ПВО были превращены в обычные лодки.
Остальную часть 1943 и весь 1944 года бои велись с прежней яростью — уже не ради победы, а ради выживания. Немцы начали использовать радарные фоксеры — резиновый баллон, который волочил за собой полосы фольги. Другим типом, использованным в Бискайском заливе, был буй с отражающей поверхностью. Новые фугасно-зажигательные снаряды к началу осени снова подтолкнули лодки вступать в дуэль с самолетами. Чуть позднее появился тяжелый зенитный автомат. В августе началось использование для борьбы с эсминцами акустических торпед. Новый детектор радиолокационного излучения заменил старую модель, хотя предположение, будто его собственное излучение засекала радиоаппаратура союзников, как выяснилось позднее, было ошибочным.