В это время Служба Морской авиации состояла из 14 многоцелевых эскадрилий дальнего действия плюс 1 эскадрилья корабельных гидросамолетов — вместо обещанной 41 эскадрильи. Из обещанных 13 бомбардировочных эскадр имелись только 6. Однако Люфтваффе использовали свою собственную координатную сетку, свои коды и длины волн, поэтому взаимодействие между кораблями и авиацией становилось делом затруднительным. Еще больше ухудшало положение переоснащение промышленности, что полностью прекратило производство морских самолетов. Их отсутствие дало Герингу еще один повод настаивать на ликвидации морской авиации, как рода войск.
Флот хотел вести активную воздушную войну с упором на использование мин и торпед, которые он проектировал. Однако Геринг верил, что бомбы остаются самым эффективным оружием против кораблей. А в результате Люфтваффе вообще не вели никакой последовательной политики.
3 сентября Британия и Франция вступили в войну, чтобы помочь Польше. В этот момент германский флот развернул против поляков только легкие силы. 6 польских эсминцев и 3 подводные лодки сумели удрать от немцев, зато остальные корабли не делали вообще ничего. Только минный заградитель высыпал свои мины, так и не удосужившись снять предохранители! 2 старых германских броненосца, обычно используемых как учебные суда, и несколько тральщиков помогали армии и охраняли балтийские проливы. Все остальные крупные корабли были переведены в Северное море.
25 августа, за неделю до начала войны, германским кораблям за рубежом был отдан приказ следовать в отечественные порты. Англичане были слишком заняты рейдерами, и немцы использовали Мурманск для дозаправки и стоянки судов, которые пересекали Атлантику в высоких широтах, прежде чем спускаться на юг вдоль нейтрального норвежского побережья. Таким образом до Германии добрались почти 100 судов общим водоизмещением 500000 тонн. Многие из них доставили ценные грузы. Несколько судов было перехвачено противником, однако большую часть из них затопили собственные экипажи. Еще более 300 судов остались в нейтральных портах.
Англичане, как и предполагалось, в самом начале войны установили блокаду. Начав с длинного списка контрабанды к концу ноября англичане распространили контроль на весь германский экспорт. Даже нейтральные суда обыскивались на предмет наличия контрабанды. Нейтральные грузы проверялись в нейтральных портах, чтобы дать англичанам возможность лучше контролировать морскую торговлю. Капитаны таких судов получали британские сертификаты, которые позволяли им избежать захода в британские порты для досмотра, ведь такая процедура подвергала суда риску подорваться на минах или попасть под атаку самолетов. Блокада не нанесла такого ущерба экономике Германии, как в Первую Мировую войну, так как сохранилась торговля с Россией и странами Восточной Европы, а кроме того были накоплены большие стратегические запасы. Самым уязвимым местом оказалась доставка железной руды из Норвегии и Швеции. Каждый год там закупалось около 11 миллионов тонн руды, которую доставляли в Германию морем, летом — по Балтике, зимой — вдоль норвежского побережья. Балтийские маршруты были относительно безопасны, так как союзники не собирались вторгаться в нейтральные Швецию и Норвегию, зато норвежское побережье было открыто для любых атак, если только англичане собирались нарушить международные законы. Такая ситуация неизбежно должна была привести к конфликту.
Германский флот ожидал, что англичане испробуют методы Первой Мировой войны, чтобы отразить подводную угрозу, они так и поступили. Британские торговые суда попали под руководство Адмиралтейства еще до начала войны. Они получили инструкцию сообщать обо атаках по радио, предпринимать маневры уклонения в случае попыток досмотра, использовать против подводных лодок артиллерию и глубинные бомбы, а если представится случай — таранить. Самые быстроходные суда следовали особыми, часто меняющимися маршрутами и немедленно получили вооружение. Для тихоходных судов были организованы конвои. Кораблей сопровождения не хватало, а использование системы конвоев снижало эффективность судоходства на 25 — 40 %. Однако конвоирование судов повышало их шансы уцелеть. Подводные лодки не могли использовать артиллерию против конвоируемых судов, поэтому их ограниченные запасы торпед быстро истощались.