В первые недели войны британские суда раз за разом упрямо посылали сигнал SSS. В одном случае Шульце сам послал SSS: "Мистеру Черчиллю. Потопил британский пароход "Фирби". Пожалуйста, подберите экипаж". Это была не просто бравада, но и жалкая попытка соблюсти дух призового права.
Англичане однако не собирались прекращать сопротивление. Одно судно полагалось на свои орудия, другое пыталось пойти на таран. Германские командиры пока еще пытались согласовать свои действия с ограничениями Лондонского протокола. Капитан-лейтенант Генрих Либе спас экипаж горящего танкера, хотя тот уже использовал радио. Он отдал пленным спасательные жилеты собственного экипажа, так как не мог передать их на нейтральное судно. Другие командиры лодок попытались оказывать помощь раненым, ставить на ровный киль опрокинувшиеся спасательные шлюпки, передавали спасшимся воду, продукты, карты.
Учитывая полученный опыт и заявления англичан, что вскоре все суда получат вооружение, Редер сумел убедить Гитлера снять ограничения на действия подводных лодок. Шаг за шагом в конце сентября и начале октября были утверждены предложенные изменения. Все суда, использующие радио, могут быть атакованы без предупреждения. Французские суда теряют свой иммунитет. Призовое право не применяется в Северном море (чуть позднее это же было распространено и на Западные Подходы). Любые суда без огней, следующие у побережья Франции и Англии становятся целями. Нейтральные суда предупреждены, что любые действия, которые могут быть истолкованы как враждебные, приведут к возмездию. И вообще с обыском нейтральных судов в водах, омывающих Британские острова пришлось распроститься из-за слишком большого риска. Пассажирские суда под вражескими флагами все еще не подвергаются атакам.
Необходимость увеличить количество подводных лодок обсуждалась постоянно. Почти все совещания у Гитлера затрагивали вопрос ускорения строительства лодок. Редер даже убедил Гитлера посетить Вильгельмсхафен, чтобы посмотреть на подводные лодки и познакомиться с удачливыми экипажами. Предполагались закупки лодок за границей. Однако Гитлер отказался обсуждать этот вопрос с русскими, так как это означало приоткрыть свою слабость перед Россией. Италия и Япония отказались продавать лодки. Зато Япония и Россия предложили свои базы для действий лодок, что было принято. Германские лодки так и не начали использовать русские базы, зато одна из японских баз использовалась позднее до самого конца войны. В отдаленных районах предполагалось для ремонта и снабжения лодок использовать плавучие базы.
В первые недели войны борьба велась в рамках строгих ограничений, поэтому подводные лодки не могли использовать свои тактические преимущества. Ночные атаки — самое эффективное оружие подводных лодок — принесли только 3 % потопленного тоннажа. Но англичанам тоже пришлось нелегко. Они знали о слабости своих эскортных сил и пытались обеспечить защиту множеству кораблей, рассеянных по всему Атлантическому океану. Такое нелепое желание неожиданно предоставило германским лодкам ряд благоприятных возможностей.
Первая выпала 14 сентября на долю U-39 — и ее командир не замедлил воспользоваться случаем. Он выпустил 3 торпеды в авианосец "Арк Ройял", все 3 взорвались. Торжествовать экипажу U-39 пришлось недолго, так как 3 эсминца сопровождения немедленно атаковали лодку глубинными бомбами. Лодка попыталась уклониться, но была повреждена, и ей пришлось всплыть на поверхность. Эсминцы бросились к лодке, и экипаж покинул поврежденный корабль. Лодка затонула. Только попав на борт английских кораблей, немцы сообразили, что авианосец остался цел и невредим. Все 3 торпеды взорвались преждевременно из-за дефекта магнитного взрывателя. U-39 стала первой германской подводной лодкой, погибшей во Второй Мировой войне.
Через 3 дня капитан-лейтенант Отто Шухарт заметил в перископ 10000-тонный пассажирский лайнер. Затем позади лайнера промелькнул авианосный самолет. Лайнер быстро отвернул, и Шухарт не успел ни атаковать его, ни даже опознать. Чуть позднее, продолжая следить за лайнером, Шухарт заметил авианосец, который пока находился еще очень далеко, но шел прямо на лодку. Махнув рукой на лайнер, Шухарт переключился на новую цель. Ни эсминцы сопровождения, ни самолеты не заметили черную тень, мелькнувшую в воде, пока Шухарт маневрировал выходя в атаку. Однако авианосец шел зигзагом, и прошло 2 часа, пока лодке удалось занять подходящую позицию. Наконец авианосец резко повернул, подставив борт, и Шухарт выпустил 3 торпеды практически наугад, так как стрелял прямо против слепящего солнца. U-29 начала быстро погружаться, и все на борту напряженно ждали результатов. Экипаж лодки услышал 2 взрыва. Потом раздалась еще серия взрывов, как будто рвались боеприпасы и котлы авианосца.