Пруссия фактически оказалась в изоляции, а ее собственное неумение вести дипломатические переговоры завершило этот процесс. На стороне Пруссии остались только Саксония и Гессен-Кассель. В случае войны вряд ли можно было рассчитывать на помощь со стороны России. Теперь не приходилось возлагать больших надежд на прусско-австро-российское сотрудничество, и, кроме того, мобилизация преждевременно исчерпала прусские финансы.
Штейн, находившийся с 1804 года на посту министра финансов, понял, что наступил решающий момент. Он отчаянно боролся за проведение радикальной реформы и отстранение безответственного правительства. Штейн практически подготовил нечто вроде дворцового переворота, рассчитывая на поддержку со стороны генералов и министров. К сожалению, только Рюхель, Блюхер и Пфуль приняли его сторону. Шарнхорст считал, что время для подобных действий упущено, поскольку, если можно так выразиться, в двери Пруссии стучится война. Возможно, он был умным и здравомыслящим человеком, хотя трудно представить, каким образом реформы могли привести к худшим последствиям, чем это произошло в действительности.
В августе 1806 года в Пруссии вновь была объявлена мобилизация. На скорую руку формировались дивизии. Однако генерал-квартирмейстерский штаб не имел реальной власти, а армия и дивизионные штабы страдали от нехватки практического опыта. Шарнхорст планировал сосредоточение сил, которые могли бы перейти в наступление против французской армии на Рейне или Майне, рассчитывая нанести упреждающий удар. Подобная стратегия, вероятно, была единственно возможной, поскольку давала выигрыш во времени, и появлялась вероятность дождаться союзников. План Шарнхорста не получил поддержки. Было решено действовать испытанным «дедовским» способом, используя главную и две вспомогательные армии, которые должны были защищать Тюрингию и Гессен, территории союзников. Получилось, что и без того незначительные прусские силы были понапрасну растянуты и практически молниеносно рассеяны во время наступления. Когда Наполеон начал разворачивать силы на территории между рекой Зиг и Верхним Палатинатом (княжество в Германии), Шарнхорст вновь выступил с предложением перейти в наступление и быстрым ударом прорвать фронт противника. И опять он не смог отстоять свою точку зрения; виной тому красноречие Массенбаха. «Я знаю, что мы должны делать, – писал Шарнхорст 7 октября 1806 года своей дочери. – Но что мы будем делать – известно только Господу Богу». Итак, война, предпринятая в самых неблагоприятных условиях, велась самым неподобающим образом, и в конечном счете на данном историческом этапе дебют прусского Генерального штаба закончился провалом. По сути, в этом не было его вины, поскольку с самого начала высший офицерский состав разъехался по армиям, тем самым оголив штаб. Фон Гесау и фон Пфуль были прикомандированы к королевскому штабу, в котором генерал-квартирмейстерский штаб играл роль своего рода секретного отдела. Фон Массенбах стал начальником штаба у герцога Гогенлоэ, командующего одной из двух прусских армий в Тюрингии. Шарнхорста назначили начальником штаба у герцога Брунсвика, командующего второй прусской армией. Таким образом, фактически имелось три Генеральных штаба, ставка главнокомандующего, два командующих армиями, не говоря уже о генерал-адъютантском департаменте, который не считался ни с чьим, кроме собственного, мнением.
Большинство командующего состава отличалось непомерным самомнением. Мы с легкостью погоним из страны этих беспородных французов, писал Блюхеру Рюхель. Прусская армия берет с собой на войну ружья и сабли, сожалел он, но, чтобы прогнать французов, было бы достаточно одних дубин. Однако Блюхеру, видевшему неразбериху, царящую в рядах командного состава, было не по себе.
По общему признанию в битвах при Йене и Ауэрштедте пруссаки имели численное превосходство, и было совершенно ясно, что причиной разгрома прусской армии является неправильная стратегия руководства. Прусские войска располагались растянутой линией; бивуаки находились на большом расстоянии друг от друга. По замыслу Наполеона, его армия должна была выйти к Эльбе в тыл пруссакам с целью отрезать им путь к отступлению через реку. Принц Луи, разгадав стратегию Наполеона, начал мощную атаку. Пруссаки наступали по всем правилам устаревшей линейной тактики: подойдя к неприятелю на определенное расстояние, они открывали массированный огонь без прицеливания. Тактика оказалась ошибочной, пруссаки потерпели поражение. Тем не менее даже Наполеон отдал должное принцу, принявшему героическую смерть на поле боя.