В новое министерство входило два ведомства: главный военный департамент, осуществлявший общее руководство армией, и экономический департамент, решавший административно-хозяйственные вопросы. Военный департамент состоял из трех «отделов». Первый, под руководством Грольмана, принял на себя функции прежнего военного кабинета и генерал-адъютантского отдела, и в частности все дела, связанные с офицерским составом. Второй отдел, сформировавший Генеральный штаб, оказался в руках Бойена. Старый генерал-квартирмейстерский штаб упразднили. Шарнхорст отводил второму отделу особое место, поскольку видел в нем интеллектуальный центр армии и место обучения высшего офицерского состава. Гнейзенау, руководивший инженерным корпусом, возглавил третий отдел. Как ни странно, но Шарнхорста не сделали военным министром, хотя это было бы весьма разумно, и сам Шарнхорст наверняка этого ожидал. Однако министерский пост занял князь Лоттум, доверенное лицо короля. Возглавив главный военный департамент, Шарнхорст испытал сильное разочарование, поскольку военный министр фактически стал начальником Генерального штаба.
Назначив капитана фон Клаузевица начальником своей канцелярии, Шарнхорст энергично взялся за решение собственной задачи. Его цель оставалась неизменной, и следует отметить, что на протяжении всего времени военная и политическая реформы были просто двумя аспектами одной проблемы, неотделимыми одна от другой. Ему виделось слияние армии с народом, превращение субъекта в гражданина, который не только должен защищать страну, но может с помощью выборных представителей решать ее судьбу. Шарнхорст преследовал великие цели. Гнейзенау и Бойен настаивали на создании представительной ассамблеи, и делали это со всей страстью, на какую были способны. Они руководствовались не только внутриполитическими соображениями, мечтая обрести источник духовных сил для борьбы против тирании Наполеона. Символично, что Грольман стал активным членом тайного общества «Союз добродетелей» («Тугенбунд»), созданного с целью возрождения «национального духа» после разгрома Пруссии Наполеоном.
У разных людей были разные представления относительно характера будущих событий. Кто-то считал, что успех кроется во всеобщей мобилизации населения по типу французской, успешно использованной против коалиции в 1792 году. Некоторые вспоминали Вандею как центр контрреволюционных выступлений в период французской революции. Внимание наиболее многочисленной группы было приковано к борьбе испанцев в 1808 году против оккупации Наполеона, которая велась с помощью добровольцев и массированного налогообложения.
В отличие от Гнейзенау Шарнхорст целиком посвятил себя образовательной деятельности. Теперь три военные школы выпускали высококлассных офицеров. По его предложению в Берлине была открыта Военная академия. И вновь руководство этими образовательными учреждениями и ответственность за военное образование в целом было возложено не на «якобинца» Шарнхорста, а на представителя старой школы, генерал-майора фон Дерке. Довольно любопытно, что лучший класс Военной академии, основанной в 1810 году, получил название «Генеральный штаб», несмотря на то что в действительности подобные вопросы относились к компетенции второго отдела военного департамента. Шарнхорст был просто обязан лично руководить этим лучшим классом, или «избранными».
Настоящие либералы вроде Бойена и Гнейзенау остро воспринимали социально-нравственное значение реформ и столь энергично взялись претворять их в жизнь, что на начальном этапе вошли в конфликт с королем. Трезвомыслящий, неэмоциональный, лишенный воображения король с большим недоверием относился к идеям реформаторов поднять народную войну против Наполеона. У короля была единственная цель – сохранить династию.
Когда в 1809 году Австрия, посчитав невыносимыми мирные условия, принятые в Прессбурге (Братислава), начала новую войну против Наполеона, Шарнхорст и Гнейзенау решили, что пора приступать к активным действиям. Король категорически отказался разделить их точку зрения. Тогда Грольман ушел в отставку и уехал сначала в Австрию, а позднее в Испанию, где сражался против Наполеона в иностранном легионе. Гнейзенау тоже ушел в отставку, но остался в Пруссии в качестве секретного агента; в Лондоне и Санкт-Петербурге он собирал информацию относительно возможностей наполеоновской армии. Король полагал (беспристрастный критик вряд ли найдет в этом состав преступления), что попытка Пруссии оказать поддержку Австрии, в то время как французы по-прежнему занимают прусские территории, будет означать политическое и военное самоубийство.