Действия Йорка открыли путь для подъема Пруссии. Теперь, когда Йорк навел мосты и гарантировал сотрудничество с русскими, король прекратил бесполезное сопротивление. Он лично прибыл в Бреслау, место пребывания патриотов и реформаторов, будучи готовым уступить их требованиям. Успех Шарнхорста измерялся принятием в марте всеобщей воинской повинности и созданием ландвера.
Тем временем был создан и Генеральный штаб, подтвердивший в 1813 году, во время освободительных войн, свою действенность. Командующие прусскими армиями в Бранденбурге и Силезии впервые стали получать надежную информацию от начальника штаба. Характерной особенностью новой организации являлось то, что, пока командование армией осуществлял сильный, надеющийся исключительно на собственные силы человек, штабные офицеры оставались в тени. Шарнхорст страстно желал выступать в роли главнокомандующего на полях сражений, однако с тяжелым сердцем подчинялся этому неписаному закону анонимности. Пренебрегая собственными эмоциями, он предложил Блюхеру занять место командующего в Силезии. Блюхер благодаря манерам «человека из народа» пользовался значительно большей популярностью, чем Шарнхорст. К тому же он был талантливым командиром. Шарнхорст довольствовался должностью начальника штаба, а вот Гнейзенау, вернувшись из Лондона, принял пост первого офицера Генерального штаба. Удивительный контраст составляла эта пара: непосредственный, энергичный, порывистый Блюхер и Шарнхорст, сдержанный, эрудированный, идеальный пример для подражания в деле воспитания начальников штабов. Он, главным образом оставаясь в тени, давал советы, информировал и направлял.
В тесном сотрудничестве с Гнейзенау Шарнхорст составил оперативный план для прусско-русских армий на весну 1813 года. План предусматривал наличие главной армии и двух фланговых подразделений. Одна из фланговых армий под командованием русского генерала, князя Петра Витгенштейна, должна была выступить из Померании через Берлин на Магдебург, а вторая – из Силезии через Лаузиц в Саксонию, чтобы занять Дрезден. Находящаяся в центре главная армия должна была отставать от фланговых армий приблизительно на трехдневный марш. В этом случае одна или другая армия, по ситуации, могла прийти на помощь главной армии. План осенней кампании, составленный Гнейзенау, тоже был основан на принципе разделения армии на составные части во время концентрического наступления для проведения общевойсковых боев. Надо было отличаться особой смелостью, чтобы использовать подобный принцип в сложившихся на данный момент условиях. Отвратительные дороги, недостаток транспортных средств делали любое предприятие невероятно опасным. Только появление железнодорожного транспорта позволило Мольтке в полной мере обратиться в своих планах к принципу «разделения на марше, объединения в бою».
Крупные сражения в период весенней кампании у Лютцена и Бауцена показали, что пока объединенных усилий прусских и русских армий не достаточно для того, чтобы победить непревзойденного мастера военного искусства. Шарнхорст понимал, что для решения проблемы необходимо заставить Австрию принять участие в войне. Не обращая внимания на ранение в ногу, в мае 1813 года он отправился в Вену для ведения переговоров. По распоряжению Меттерниха Шарнхорст был задержан в Праге. Меттерних, строго придерживавшийся принципа европейского равновесия сил, понимал, насколько большую опасность, чем существование империи Наполеона, представляет для монархии Габсбургов усиление Пруссии и России. Меттерних выразил желание выступить посредником между воюющими сторонами, и в настоящий момент Наполеон был готов пойти на уступки. Наполеон нуждался в передышке для восстановления и перевооружения армии. Вот почему после сражения у Бауцена он согласился на перемирие.
Состояние здоровья Шарнхорста резко ухудшилось; у него начался сепсис. Шарнхорст умер 28 июня в Праге, всеми забытый. На протяжении всей жизни он испытывал чувство одиночества; может, виной тому его нижнесаксонское происхождение. Ему было не дано увидеть воплощение своих замыслов, но он указал путь, по которому следовало идти. Благодаря присущим ему качествам: справедливости, неподкупности, скромности, самоотверженности, храбрости – Шарнхорст сильно отличался от многих пришедших ему на смену.