Союзники преследовали единую стратегию, и следует отдать должное гению Гнейзенау, что его понимание этой стратегии выражалось в каждом сделанном им шаге. Союзники надеялись, что им удастся в какой-то момент заставить Наполеона открыться, и тогда они нанесут решающий удар. Но до того, как это произойдет, неизбежен период ложных атак и маневрирования, период, в течение которого им придется уклоняться от вражеских ударов, однако врагу эти удары должны доставаться, по возможности, дорогой ценой.
Блюхер четко придерживался данной стратегии. Когда Наполеон атаковал его в Ловенберге, Блюхер отступил в Силезию, а затем блестяще нанес ответный удар по Кацбаху, находившемуся на значительном расстоянии от вражеской базы. На протяжении августа союзники настолько успешно следовали выработанной тактике, что на периферии Наполеон даже потерпел ряд поражений. Однако он прочно удерживался в центре и наносил больше ударов, чем терпел поражений. Наполеон отбил атаку Шварценберга на Дрезден с помощью быстрого сосредоточения сил.
Далее последовали два события. В Кульме прусские силы под командованием Клейста, продемонстрировав блестящие тактические действия, спасли Шварценберга от полного поражения и сдержали натиск Наполеона. Второе событие было связано с предложенной Гнейзенау передислокацией южной армии, двинувшейся через правый фланг Наполеона к Лейпцигу, в то время как силезская армия под командованием Блюхера пересекла Эльбу у Виттенберга. Наполеон немедленно отреагировал на действия со стороны врага, которого он не сумел полностью уничтожить и теперь получившего поддержку. Наполеон отступил к Лейпцигу, где союзники, получившие подкрепление из Баварии, практически окружили его.
Фридриха-Вильгельма устраивал вариант освобождения Германии до Рейна. Меттерних вновь ухватился за идею о балансе европейских сил, неотъемлемой частью которой должна оставаться Франция. Война несла угрозу этой концепции. Теперь Гнейзенау (несмотря на яростное сопротивление со стороны Блюхера) выступал ярым сторонником полного уничтожения Наполеона, то есть проводником политики, при которой на первый план выдвигалась оккупация Франции. Шварценберг, по-прежнему строго придерживавшийся традиционных взглядов на войну, считал, что Францию можно и должно принудить к капитуляции, захватив важные стратегические объекты. Однако Гнейзенау требовал двигаться на Париж для полного уничтожения наполеоновского режима. Благодаря поддержке царя (Штейн выступал в роли его консультанта) победила точка зрения Гнейзенау. Прусские войска вошли в Париж в марте 1814 года. Наполеон отрекся от престола. Это была не только победа прусской непреклонности, но и, вне всякого сомнения, неотложная необходимость. Гнейзенау рассматривал войну как поход в защиту европейской свободы; Наполеон должен предстать перед мировым судом и быть расстрелян за преступления против законности и правопорядка. Парижу должен быть продиктован мир, требовал Гнейзенау. Но его требования вступали в противоречие с принципами солидарности между коронованными особами.
В октябре 1814 года в Вене открылся конгресс представителей европейских государств, которому предстояло перекроить политическую карту Европы. Наполеон был сослан на остров Эльба. Оттуда он сделал еще одну попытку захвата власти. Ему удалось продержаться у власти сто дней, после чего он был вынужден вновь отказаться от престола, чему в немалой степени способствовали действия со стороны Гнейзенау. Он опять стал начальником штаба у Блюхера и очень сетовал, что согласился на это. В бою у Линьи Блюхер сильно пострадал. Его лошадь была убита, а сам он получил серьезные ранения. Именно Гнейзенау принял эпохальное решение, отдав приказ прусской армии отойти к Льежу. Несмотря на кровопролитный бой, пруссаки были разбиты, но не уничтожены. Наполеон, стремившийся вбить клин между Блюхером и Веллингтоном, потерпел неудачу. Побежденная армия должна была двинуться прямо на восток, но Гнейзенау не считал себя побежденным. Ему в голову пришла оригинальная мысль, как поддержать британцев. В соответствии с планом Гнейзенау корпус Блюхера, когда Веллингтон скомандовал общее наступление, неожиданно вышел с правого фланга французов. План Гнейзенау дал возможность Блюхеру решить исход битвы при Ватерлоо, сделал возможной победу и разгром Наполеона.
Вновь прусская армия двинулась в Париж. А вместе с тем самого Гнейзенау постигло самое тяжелое разочарование в жизни. Его политическая программа, как и у Штейна, предусматривала создание германского федерального государства, управляемого с помощью централизованной власти. Венский конгресс, созванный в июне 1815 года, отклонил программу Гнейзенау и сохранил политическую раздробленность Германии. Следует ослабить Францию, считал Гнейзенау, отрезав от нее Эльзас-Лотарингию, и, укрепив Бельгию, создать буферное государство на севере. Эти требования были продиктованы беспокойством, связанным с особенностью географического положения Пруссии, окруженной более сильными государствами. Но подобные взгляды шли вразрез с политикой Австрии и России, которые рассматривали прусско-французский антагонизм как средство ослабления этих государств.