Под давлением военного кабинета и Генерального штаба влияние министерства как конституционного органа постепенно сходило на нет. С течением времени стало казаться, что зять Витцлебена, всесильный и крайне честолюбивый генерал-адъютант Эдвин фон Мантейфель, одержит победу в борьбе двух неконституционных дворцовых сил и обеспечит доминирующее влияние военного кабинета. Позднее, в эпоху Мольтке, благодаря победам в датской, австрийской и франко-германской войнах, пальма первенства, казалось, перешла Генеральному штабу.
Мюффлинг провел реорганизацию Генерального штаба, который теперь состоял из трех «главных отделов». Первый отдел занимался вопросами личного состава (предшественник Главного управления), второй занимался вопросами, связанными с подготовкой, маневрами, дислокацией и мобилизационными планами, а третий – всеми техническими вопросами, включая артиллерию.
Изменения коснулись и военной формы, которая стала необыкновенно красивой. Синий мундир с пунцово-красным воротником и отделкой по обшлагам, расшитым серебром; белые брюки, серебряные эполеты и шляпа с белыми перьями. На полевой форме пунцово-красная отделка являлась отличительным знаком офицеров Генерального штаба. Согласно записям от 1821 года Генеральный штаб в составе восемнадцати офицеров (два генерал-майора, девять майоров, три капитана и четыре лейтенанта) базировался в Берлине. Пять офицеров были людьми незнатного происхождения. Во взаимодействии с Генеральным штабом работали тригонометрическое бюро (три офицера) и топографическое бюро (тридцать пять офицеров). Более половины штата топографического бюро составляли люди незнатного происхождения. Напрашивается вывод: для среднего класса технические службы являлись входной дверью в армию. Двадцать семь офицеров Генерального штаба служили в штабах армейских корпусов, двадцать в дивизионных штабах и шесть в качестве военных атташе за границей.
Мюффлинг возобновил принятые при Шарнхорсте поездки офицеров Генерального штаба с целью проведения рекогносцировки. Кроме того, он ввел собственные новшества. Например, военные игры (Kriegsspiel), в ходе которых оперативные ситуации разыгрывались на карте или в «песочнице».
Рассказывали, что как-то прусский военный атташе князь Карл фон Гогенлоэ описывал эти методы группе высокопоставленных австрийских офицеров. Они слушали его с неприкрытым удивлением. Наконец один из офицеров поинтересовался, как они ведут счет в ходе игры. Пруссак ответил, что никто не вел счета, ведь, в конце концов, они же не играли на деньги. «В чем же тогда смысл игры?» В 1866 году прусский Генеральный штаб равнодушно и беспощадно разделался с людьми подобного психического склада.
Мюффлинг, разрабатывая штабные поездки, находился под влиянием поражения 1806 года и считал, что расположенная среди равнин Пруссия может быть опять атакована коалицией, которая может прийти, как в Семилетней войне, с запада, юга и востока. Мюффлинга одолевали те же проблемы, связанные с географическим положением Пруссии, которые толкнули Фридриха Великого на превентивную войну с Саксонией. Придуманные Мюффлингом ситуации были связаны с вторжением врага с запада, из Вестфалии и Рура, с войной против австро-саксонского альянса (вполне реальное предположение, учитывая, что в 1815 году Пруссия приобрела значительные территории) и организацией обороны против вторжения с востока. Его мысли были строго ограничены оборонительными войнами. Ему была чужда, и с моральной, и с практической точки зрения, идея о превентивной войне.
Главное, что отличает эпоху Мюффлинга, это сосредоточение на военном образовании и возникновение связей между Генеральным штабом и знаменитым берлинским издательским домом «Эрнст Зигфрид Миттлер и сын» («Ernst Siegfried Mittler & Son»). На протяжении ста двадцати пяти лет этот издательский дом оставался постоянным издателем Генерального штаба; в нем печаталось большинство военных писателей. Именно в эти годы фон Лилиенштерн и Клаузевиц заслужили право называться духовными отцами прусского офицерского корпуса. Сам Мюффлинг всячески содействовал созданию военных школ и составил первый устав для офицеров Генерального штаба армии. Кроме того, ему принадлежит подробный отчет о кампании 1813–1815 годов.