Можно было не сомневаться в направлении политики Бисмарка, и зимой 1865/66 года Мольтке анализировал положение исключительно с военной точки зрения. Он предвидел, что Франция и Россия будут сохранять нейтралитет, в то время как Саксония и государства Южной Германии останутся союзниками Австрии. Он не был уверен в отношении Курхессена и Ганновера, но не сомневался, что общие интересы сделают потенциального прусского союзника из Италии. Мольтке считал, что австрийцы перейдут в наступление и пройдут на Берлин через Саксонию. Поэтому внес предложение, двинувшись в Богемию из Саксонии и Силезии, нанести встречный удар.
Несмотря на поддержку Трескова, положение Мольтке как советника короля и посредника между королем и военным министром было все еще крайне ненадежно. Король предпочитал обсуждать военные вопросы с генерал-адъютантом фон Альвеншлебеном. Мольтке было трудно отстаивать свою позицию. Однако, несмотря на все сложности и протесты со стороны консервативных теоретиков вроде Альвеншлебена и полковника Доринга из Генерального штаба, Мольтке планировал нанести удар по основной австрийской армии с помощью четырех отдельных армейских подразделений, которые должны были сойтись в Богемии. Пруссия, имевшая в своем распоряжении пять железнодорожных линий, находилась в более выгодном положении, чем Австрия, имевшая всего одну железнодорожную ветку.
Мольтке составил план развертывания на дистанции около трехсот километров, от Саксонии до Нижней Силезии. По его замыслу армии, наступавшие по огромной дуге, должны были сойтись, только находясь в непосредственной близости от врага, можно даже сказать, фактически на поле боя. В этой операции должно было быть задействовано шесть седьмых всех прусских сил; никого не интересовала, к примеру, судьба Силезии, лишившейся защиты. В Центральной Германии слабая армия под командованием генерала фон Фалькенштейна должна была маскировать Ганновер, поскольку он решил присоединиться к государствам, находящимся в состоянии войны. На последней стадии эта армия, заявив о поддержке австрийцев, двинулась в направлении Рейна против контингента государств Южной Германии.
Безусловно, стратегия Мольтке была разумной. Однако стратегические принципы (по сути, простые) в основном не находили понимания, а может, те, с кем требовалось проводить консультации, были излишне осмотрительны. Тем не менее, Мольтке, успешно поборов дорингов и альвенштейнов, столкнулся с внушительной и труднопреодолимой преградой в лице кронпринца. Последний настаивал, и весьма успешно, на необходимости оставить в Силезии часть армии. Мольтке энергично протестовал. Защита и спасение Силезии, утверждал Мольтке, произойдет в Богемии.
Количество армий было сокращено до трех. Следует отметить, что, когда Бисмарк, не без помощи Роона, но в основном силой собственной власти приказал 8-му армейскому корпусу остаться в Кобленце для защиты Рейнской области, Мольтке, заручившись поддержкой короля, добился противоположного решения.
Теперь король формально поддерживал позицию Мольтке. Согласно приказу кабинета от 2 июня 1866 года, начальник штаба получил право издавать приказы. До последнего времени Мольтке занимался только составлением оперативных планов, но не их приведением в жизнь. Приказ кабинета отметил первый шаг Генерального штаба на пути к освобождению от зависимости.
К сожалению, принадлежность к королевской фамилии не гарантирует наличия тактических способностей. Действительно, две из трех прусских армий под руководством принцев крови скорее препятствовали, чем способствовали успеху операции. Но Мольтке, как никогда, был уверен в себе и в безупречности своих планов.
Часть планов Мольтке состояла в следующем. Ограничить роль итальянской армии и свести ее к удерживающим боям в Южных Альпах; более честолюбивый план, который включал наступление на Вену, был (пожалуй, разумно) отвергнут. Учитывая роль, отведенную итальянцам, австрийцам пришлось бы попусту растратить лучшие силы. Именно так и произошло. Эрцгерцог Альбрехт, наиболее видный кандидат из членов династии на командование войсками, поспешил устроиться на спокойный итальянский фронт под тем предлогом, что нельзя ставить репутацию династии под угрозу поражения от какой-то Пруссии.