Сам Барклай, собрав в кулак 2-й и 3-й кавалерийские корпуса и бригаду гвардейских кирасир, бросился в бой против французских кавалерийских корпусов. Возле Барклая убило двух офицеров и девять ранило. Под ним пали четыре лошади, но он не вышел из боя, пока эта грандиозная сеча не закончилась победой. Поздно вечером Кутузов вызвал Барклая и приказал готовиться к продолжению сражения на следующее утро. Барклай отдал все необходимые распоряжения генералам 1-й армии, но в полночь получил от Кутузова приказ отступать.
В последние дни августа русская армия подошла к Москве. Здесь, в деревне Фили, 1 сентября состоялся военный совет, обсудивший вопрос о целесообразности нового генерального сражения для защиты Москвы или оставления Москвы без боя. Барклай выступил первым. Он сказал: «Главная цель заключается не в защите Москвы, а в защите Отечества, для чего прежде всего необходимо сохранить армию. Позиция невыгодна, и армия подвергается несомненной опасности быть разбитой. В случае поражения все, что не достанется неприятелю на поле сражения, будет уничтожено при отступлении через Москву. Оставлять столицу тяжело, но, если мужество не будет потеряно и операции будут вестись деятельно, овладение Москвой, может быть, приведет неприятеля к гибели».
Беннигсен, Ермолов, Уваров и Дохтуров, выступившие вслед за Барклаем, отвергли идею отступления и требовали нового сражения.
Возражая им, Барклай сказал: «Об этом следовало бы подумать ранее и сообразно с тем разместить войска. Теперь уже поздно. Ночью нельзя передвигать войска по непроходимым рвам, и неприятель может ударить на нас прежде, нежели мы успеем занять новое положение».
Выслушав всех участников военного совета, Кутузов сказал: «Вижу, что мне придется платить за разбитые горшки, но жертвую собой для блага Отечества. Приказываю отступать». Так, в самую решительную минуту войны точки зрения Барклая-де-Толли и Кутузова, совпав полностью, предопределили дальнейший ход событий. Это свидетельствовало о том, что стратегия Кутузова на данном этапе войны совпадала со стратегией Барклая и была, по сути дела, ее продолжением. Кутузов уехал вперед, поручив Барклаю организовать отступление армии через Москву.
После Бородинского сражения, где потери русских превысили сорок тысяч человек, было нецелесообразным сохранять прежнее деление войск на две армии, тем более что и маршрут их движения совпадал полностью. Остатки армии Багратиона были слиты с армией Барклая, но и его собственная должность тоже была чисто условной — над ним находился главнокомандующий, а над штабом 1-й армии — штаб главнокомандующего.
К тому же вскоре пришел приказ об увольнении Барклая с поста военного министра. Ко всему прочему Михаил Богданович заболел лихорадкой и 19 сентября подал Кутузову рапорт об увольнении от должности командующего 1-й Западной армией. 21 сентября, в день вступления русской армии на Тарутинскую позицию, Кутузов удовлетворил его просьбу. Таким образом, Барклай прошел с армией весь ее горестный путь — от Вильно до Тарутина. Этот путь продолжался ровно сто дней. Он пролег через Смоленск, Бородино и Москву, не став путем победы, но навсегда оставшись в истории России дорогой чести и славы.
А между тем Наполеон вошел в Москву. Стоя на краю гибели, он думал, что находится на вершине могущества и славы. Много позже, на острове Святой Елены, он сказал: «Я должен был бы умереть сразу же после вступления в Москву». Ожидая на Поклонной горе делегацию «бояр», он никак не мог представить, что всего через два года именно здесь пройдут полки российской гвардии, возвращающиеся из Парижа. И не мог он представить, что капитуляцию его столицы примет русский фельдмаршал Барклай.
24 сентября 1812 года Барклай писал царю из Калуги: «Государь! Мое здоровье расстроено, а мои моральные и физические силы до такой степени подорваны, что теперь здесь, в армии, я, безусловно, не могу быть полезным на службе… и эта причина побудила меня просить у князя Кутузова позволения удалиться из армии для восстановления моего здоровья.
Государь! Я желал бы найти выражения, чтобы описать Вам глубокую печаль, снедающую мое сердце, видя себя вынужденным покинуть армию, с которой я хотел жить и умереть…»
Находясь вне армии чуть более четырех месяцев, Барклай потратил значительную часть этого времени на осмысливание случившегося с ним лично и прежде всего на осмысливание происшедшего со всею армией. Итоги этих раздумий вылились в составленные им «Записки», которые он задумал написать, еще уезжая из армии, что видно из письма к жене из Тулы: «Готовься к уединенному и скудному образу жизни, продай все, что ты сочтешь лишним, но сохрани только мою библиотеку, собрание карт и рукописи в моем бюро».