Вслед за тем 11 октября без боя сдались Бендеры.
Война между Россией и Турцией привела в движение все антирусские силы. По сложившейся традиции на помощь Турции выступила ее постоянная северная союзница — Швеция. Летом 1788 года шведский король Густав III объявил России войну, и в непосредственной близости от Петербурга начались маневры и боевые действия шведского флота, а в незначительном отдалении от столицы, в юго-восточной Финляндии, появились войска шведов.
Ранней весной 1790 года главнокомандующий русскими войсками граф Н. И. Строганов вызвал Ангальта в действующую армию и поручил ему взять хорошо укрепленную деревню Керникоски, расположенную западнее Выборга. Барклай и на этот раз был рядом со своим начальником. 18 апреля, утром, во время атаки на Керникоски, принц был смертельно ранен — пушечным ядром ему оторвало ногу. Умирая, он передал свою шпагу Барклаю, который с тех пор никогда с нею не расставался.
За отличие в бою у Керникоски Барклай получил следующий чин — премьер-майора и был переведен в Санкт-Петербургский гренадерский полк. В 1794 году, командуя батальоном этого полка, он отправился на новый театр военных действий — в Польшу. Здесь ему довелось отличиться при штурме Вильно. В боях против повстанцев Барклай заслужил чин подполковника и орден св. Георгия 4-класса.
Через четыре года Барклай стал полковником и получил под начало свой первый полк — егерский. С этим полком он оставался связанным почти до конца жизни. Сначала он был его командиром (а потом и шефом), затем командиром бригады и дивизии, куда входил и 3-й егерский полк. Этот полк постоянно оставался одним из лучших армейских полков. До Отечественной войны 1812 года полк был единственным во всей армии, кому принадлежали две боевые награды — серебряные трубы за битвы под Янковом, Ландсбергом и Прейсиш-Эйлау и за отличия в войне со Швецией в 1808–1809 годах — гренадерский барабанный бой.
К этому времени вполне сложился характер будущего полководца, сформировались его нравственные и профессиональные принципы. Происходя из бедной семьи, не имея ни крепостных, ни доходных угодий, живя лишь на скромное жалованье, Барклай был сердечно расположен к своим подчиненным и тем самым выгодно отличался от собратьев по классу, видевших в солдатах и унтер-офицерах тех же деревенских холопов, которых оставили они в своих имениях, как отличался от них и образом жизни. Если вино, карты, волокитство и безделье были уделом многих офицеров вне строя, то Михаил Богданович свое свободное время отдавал чтению, умной беседе, систематическим занятиям военной наукой. Именно в это Бремя в нем начинает созревать и развиваться будущий стратег, чье имя впоследствии встанет в один ряд с именами прославленных полководцев России. Именно в эти годы окончательно формируется и его общественный облик — облик просвещенного, демократически настроенного офицера, врага палочной дисциплины, самодурства, произвола и рукоприкладства, сторонника всего передового, что позволяло сделать русскую армию лучшей в мире. Пройдет десять лет, и эти принципы Барклай попытается претворить в жизнь в самых широких масштабах. А пока упорная работа, непрерывное учение — за письменным столом и в поле, постоянное общение с солдатами и офицерами своего егерского полка составляли его удел.
В егерские полки набирались отборные солдаты — стрелки и разведчики, способные к рейдам в тыл противника, многоверстным переходам, стремительным штыковым атакам. Поэтому боевая подготовка занимала у егерей самое важное место. 13 марта 1799 года «за отличную подготовку полка» Барклай был произведен в генерал-майоры, однако новой должности не получил, по-прежнему оставаясь командиром полка еще восемь лет.
С этим полком в 1805 году Барклай выступил в поход против Наполеона, однако до театра военных действий не дошел: в пути было получено известие о поражении русской армии под Аустерлицем, а затем и приказ о возвращении на зимние квартиры. Этот поход был последним мирным маршем Барклая — наступала полоса длительных и тяжелых войн.
Не прошло и полгода после Аустерлица, как Наполеон начал новую войну с Пруссией. В силу принятых на себя обязательств в конфликт оказалась втянутой Россия. 14 ноября Наполеон разгромил пруссаков под Иеной и Ауэрштедтом и спустя две недели занял Берлин. Россия оказалась один на один с Наполеоном. Русские войска стояли в Белоруссии и Польше, выдвинув авангарды на берега Вислы. Одним из них командовал Барклай, именно здесь, на Висле, впервые схватившийся с наполеоновскими маршалами, своими будущими главными противниками.
16 ноября войска Наполеона заняли Варшаву. Форсировав Вислу, они попытались окружить русские войска, сосредоточенные у Пултуска, но их план был сорван, и в большой степени эта заслуга принадлежала генерал-майору Барклаю, который 14 декабря в сражении под Пултуском командовал оконечностью русского правого фланга. Впервые под его началом оказалось пять полков — три егерских, Тенгинский мушкетерский и Польский конный.
Они надежно прикрывали правый фланг армии Беннигсена, отбив ожесточенные атаки дивизии Гюдена из корпуса маршала Даву. Противником Барклая под Пултуском оказался и маршал Ланн — один из лучших полководцев Наполеона. Барклай дважды бросал свои войска в штыки и в конце концов помешал Ланну разгромить главные силы Беннигсена, который оставил поле боя, бросив множество орудий и повозок с ранеными.
За храбрость, проявленную в бою под Пултуском, Барклай был награжден орденом Георгия 3-го класса.
4 января 1807 года русская армия двинулась из Польши в Восточную Пруссию. 25 января под Янковом Барклай выдержал сильные атаки французов, которыми командовал сам Наполеон. Отступив к Ландсбергу, он весь следующий день сдерживал главные силы французов и дал возможность русской армии собраться у Прейсиш-Эйлау. Сражение под Ландсбергом и расположенном неподалеку от него Гофом было крайне упорным. В нем в полной мере проявились верность долгу, бесстрашие и хладнокровие Барклая. Оказавшись один на один со всей французской армией, он не дрогнул и до конца выполнил свой долг. После боя он писал в донесении главнокомандующему Беннигсену: «Во всяком другом случае я бы заблаговременно ретировался, дабы при таком неравенстве в силах не терять весь деташемент (отряд. — Ред.) мой без пользы, но через офицеров, которых посылал я в главную квартиру, осведомился я, что большая часть армии еще не была собрана при Ландсберге, находилась в походе, и никакой позиции взято не было. В рассуждение сего я почел долгом лучше со всем отрядом моим пожертвовать собою столь сильному неприятелю, нежели, ретируясь, привлечь неприятеля за собой и через то подвергнуть всю армию опасности». В этом весь Барклай. С его мужеством, честностью, готовностью к самопожертвованию.
26 января Барклай находился в авангарде под началом Багратиона, затем перевел свои полки к основным силам на передовые позиции под Прейсиш-Эйлау и был атакован корпусом маршала Сульта. Атака была отбита, но сам Барклай был тяжело ранен осколками гранаты и потерял сознание. Его вынес из боя унтер-офицер Изюмского гусарского полка Сергей Дудников.
Пока раненого генерала увозили в тыл, Наполеон продолжал неослабевающий натиск на русские позиции. Он лично руководил сражением и наносил удары один за другим, нащупывая слабые места обороны русских.
Утром Наполеон бросил корпус Ожеро на левый фланг русских позиций, но, не добившись успеха, перенес удар на центр. Девяносто эскадронов маршала Мюрата прорвали все три линии обороны, но и это не принесло французам успеха.
Барклая привезли, в Мемель и для излечения поместили на частную квартиру, куда к нему больше года приходили доктора, пытаясь спасти раненую правую руку, в которой застряло множество кусочков металла и обломков костей.
В то время, когда Барклай лечился, находясь под присмотром приехавшей к нему жены и нескольких девушек-воспитанниц, живших в его семье, в Мемель пожаловал Александр I. Он появился в этом городе, чтобы навестить находящегося здесь со своим двором прусского короля Фридриха-Вильгельма III, лишившегося из-за «безбожного корсиканца» почти всех своих владений.