Приближалась большая война, и дело обороны страны следовало передать в руки умного и знающего профессионала, а не оставлять в ведении жесткого администратора и педанта Аракчеева. В январе 1810 года император Александр I уволил его с поста военного министра и назначил Барклая. С первого дня своей деятельности новый министр начал энергичную и всестороннюю подготовку армии к большой войне. Прежде всего следовало увеличить численность армии. Барклай исходил из того, что в нашествии на Россию может принять участие около трехсот тысяч солдат противника. Здесь он, конечно, весьма недооценил возможности французов, выставивших чуть ли не в два раза большую армию, которой должно было противопоставить примерно столько же солдат и офицеров, между тем как непрерывные войны привели к резкому сокращению численности русских войск. Следовало также произвести серьезные перемены в структуре армии, противопоставив передовой военной системе Наполеона, основой которой были пехотные и кавалерийские корпуса, не менее надежную, прочную и подвижную организацию войск. Барклай изменил структуру армии, сведя ее всю в дивизии и корпуса, причем каждый корпус состоял из войск трех родов — пехоты, кавалерии и артиллерии и, таким образом, мог решать любую тактическую задачу. Особое внимание он уделил резервам, создав накануне войны резерв из 18 пехотных и кавалерийских дивизий и 4 артиллерийских бригад.
Так как вторжение должно было произойти с запада, соответствующим образом готовился и будущий театр военных действий.
Однако, как только Барклай начал изучать общую дислокацию войск на юге, севере и западе страны, он тут же пришел к нерадостному выводу, что именно на западе, где Россия «должна будет для существования своего вести кровопролитнейшую войну, менее всего приуготовлена к надежной обороне». Нужно было такую оборону создавать. Создавать на тех направлениях, которые в предстоящей войне могли оказаться наиболее вероятными. Такими направлениями Барклаю представлялись Петербургское и Московское. Кроме того, он не исключал и движения противника на Киев.
Исходя из этого, было решено развернуть на западе три армейские группы — Северную, Центральную и Южную.
Самой сильной должна была стать Северная труппа, расположенная между Вильно и Гродно, где вероятнее всего могло произойти вторжение главных французских сил. Второй по численности планировалась Центральная группа, сосредоточенная в районе Белостока и Бреста. И наконец, возле Луцка решено было разместить Южную группу. Все эти группы должны были в случае вторжения помогать друг другу и на первых порах оказывать решительное сопротивление армии вторжения.
В случае продвижения противника в глубь русской территории войскам предстоял отход на заранее подготовленные позиции — к берегам Западной Двины и Днепра. Там должны были быть построены новые крепости и укрепленные районы, а также модернизированы старые фортификации. У Бобруйска, Борисова и Динабурга были построены предмостные укрепления, усовершенствованы старые крепостные сооружения Киева и Риги, построен новый большой военный лагерь у Дриссы. В этих же крепостях сосредоточивались и главные запасы продовольствия и фуража, главным образом мука, крупа и овес. Центральное место в системе занимал Дрисский военный лагерь. Туда должна была отойти Северная армия, а Центральная и Южная (впоследствии они назывались соответственно 1, 2 и 3-й армиями) должны были действовать во фланг наступающей армии Наполеона.
Последняя идея принадлежала Барклаю, как и идея организации более далеких оборонительных центров, расположенных в глубине России, Эти центры он называл «главными базами» и к их числу относил Псков, Кременчуг, Смоленск и Москву. Кроме того, серьезное внимание было уделено вопросам снабжения армии. Склады с продовольствием и фуражом располагались по берегам Днепра, Двины и Березины. В них находились запасы, достаточные для удовлетворения 250-тысячной армии в течение полугода.
Первоначальный вариант Барклай разработал менее чем за два месяца, что еще раз свидетельствует о том, что основные идеи плана отпора сильному врагу были продуманы военным министром заранее.
2 марта 1810 года план был представлен Александру, и, судя по тому, что ранней весной начались работы по строительству фортификационных сооружений в Белоруссии и на Украине, план этот был императором принят.
Пока проводились работы по комплектованию резервных дивизий, уточнению позиций и строительству оборонительных сооружений, сам Барклай упорно работал над важным военно-законодательным документом, в котором излагались новые принципы управления войсками во время войны и устанавливалась более совершенная структура управления армией.
Документ этот как бы подводил итог всей проделанной военным министерством работы и назывался «Учреждение для управления большой действующей армии».
В «Учреждении» главнокомандующий получал всю полноту власти, освободившись от мелочной опеки бюрократических центральных военных органов. Большое значение придавалось Главному штабу армии и впервые вводилась не существовавшая дотоле в русской армии должность начальника штаба, облеченного большими и важными полномочиями.
«Желал бы я, — писал Барклай, — чтобы государь не пожалел издержек на приведение генерального штаба в более цветущее состояние и для пополнения его более способными людьми. Можно найти их в нашей армии в достаточном числе, стоит только дать себе труд поискать их: истинное достоинство не навязывается…»
«Учреждение» доказало свою жизнеспособность, действуя до 1846 года, да и после этого продолжало оставаться основой для других документов, как, впрочем, и иные нововведения Барклая: созданный им военно-ученый комитет, который почти без изменений функционировал до начала XX века, постоянные дипломатические миссии за границей — так называемые «военные агентства», представлявшие за рубежом интересы русской армии. Последнее, хотя и в иной форме и при ином содержании, действует и поныне в виде военных миссий и атташатов.
Существенным вкладом в дело повышения боеспособности войск Барклай считал изменение морального и нравственного климата в армии. Он придерживался той точки зрения, что боевой дух армии тем выше, чем крепче узы товарищества и взаимоуважения между солдатами и офицерами. Вступив в должность Военного министра, Барклай обратил особое внимание на положение в армии солдат. Новый министр понимал, что в крепостническом государстве и армия строится на крепостнических порядках. Шпицрутены и палки, рукоприкладство, издевательства, бессмысленная муштра — таков был «педагогический» арсенал офицеров-крепостников. «Армию, — писал Барклай в одном из своих циркуляров 1810 года, — отличает неумеренность в наказании, изнурение в ученьях сил человеческих и непопечение о сытной пище». Он констатировал, что в строю господствует «закоренелое в войсках наших обыкновение, всю науку, дисциплину и воинский порядок основывать на телесном и жестоком наказании; были даже примеры, — признавался министр, — что офицеры обращались с солдатами бесчеловечно, не полагая в них ни чувства, ни рассудка. Хотя с давнего времени мало-помалу такое зверское обхождение переменилось, но и поныне еще часто за малые ошибки весьма строго наказывают».
Барклай считал совершенно недопустимым унижение человеческого достоинства солдат. Он писал: «Никакие случаи не дают права посягнуть на честь подчиненного обидным и неприличным взысканием. Таковой поступок унижал бы звание начальника и служил бы верным доказательством его неспособности управлять людьми, знающими свое достоинство».
Такого рода установки не были теоретическими рассуждениями или благими пожеланиями — Барклай стремился провести их в жизнь, преследуя и чисто практические цели: в грядущей войне ему предстояло сразиться с армией, воспитанной на республиканских традициях, где каждый солдат «носил в своем ранце маршальский жезл», где все офицеры были вчерашними солдатами, а лучшие из солдат — завтрашними офицерами и генералами.