Был выдвинут ряд предложений по значительному улучшению общего энерговыделения. Решалась задача об оптимальном отборе энергии взрывчатого вещества, результаты которой используются в настоящее время для калибровки численных методов газодинамики.
За участие в разработке первых образцов ядерного оружия в 1951 г. Е. А. Негин был удостоен звания лауреата Сталинской премии.
В 1952 г. он назначается заместителем начальника отделения экспериментальной газовой динамики по научной части и начальником отдела. Основным направлением деятельности отдела были экспериментальные работы по определению работоспособности и измерению ряда рабочих характеристик заряда взрывчатого вещества: исследование симметрии выхода детонационной волны в центральную зону и исследование искажения симметрии за счет конструктивных элементов и технологических дефектов. Одновременно проводились отработка методических вопросов, улучшение оптической методики наблюдения, освоение съемки при высоких скоростях развертки фотохронографов, скорости движения различных оболочек, скорости ударной волны и другие работы.
В 1953—1954 гг. в качестве руководителя группы наземной автоматики подрыва Негин принимал участие в испытаниях двух зарядов на полигоне. В 1953 г. за участие в газодинамической отработке зарядов первой водородной бомбы он во второй раз был удостоен звания лауреата Сталинской премии.
В мае 1955 г. Евгений Аркадьевич был назначен заместителем главного конструктора и научного руководителя КБ-11. С этого времени он курировал все научные работы, эксперименты и испытания, проводимые в КБ-11. Период 1955-1957 гг. являлся одним из самых насыщенных по проведению полигонных испытаний большого ряда изделий. Е. А. Негин принимал участие в них в качестве научного руководителя или его первого заместителя. Он прекрасно понимал значение и особую важность заключительного этапа разработки зарядов - натурного полигонного испытания. Лично участвовал в испытаниях ядерных зарядов в новых редакциях постановки эксперимента: первое подводное испытание (1955), серия полномасштабных воздушных испытаний на Новой Земле, первое подземное испытание (1961), ядерные испытания в глубоких (до 1500 м) скважинах, исследование возможности получения трансурановых элементов с помощью ядерных взрывов на площадке “Галит”, калибровочные опыты по изучению возможности создания ядерного полигона на полуострове Мангышлак, ядерный взрыв с целью тушения горящего газового факела в районе Урта-Булак (Узбекистан) и многие другие. Занимался вопросами, связанными с разработкой новых зарядов, испытания которых в основном были проведены в 1956—1957 гг. и 1961—1962 гг., вопросами установки зарядов в носители (баллистические, зенитноуправляемые и крылатые ракеты, торпеды и т. д.). За разработку новых ядерных зарядов в 1956 г. ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда, а в 1959 г. - лауреата Ленинской премии. В 1958 г. он становится доктором технических наук.
При очередной реорганизации КБ-11 в 1959 г. Е. А. Негин назначается главным конструктором по разработке ядерных зарядов. Этот период его работы характеризуется дальнейшим развитием зарядостроения, появлением зарядов на новых физических принципах (с повышенным выделением гамма-излучения, для мирных целей и т. д.), дальнейшим повышением удельных характеристик (мощности при снижении массы и уменьшении габаритов, экономичных с точки зрения закладки активных материалов, и т. п.). Создавалось все более мощное и грозное оружие для всех родов войск.
В 1978 г. после перевода директора ВНИИЭФ (новое название КБ-11) Л. Д. Рябева на работу в ЦК КПСС директором института назначается Е. А. Негин с сохранением должностей главного конструктора и первого заместителя научного руководителя. Круг вопросов, которые он решал теперь, значительно расширился: это развитие заводов и экспериментальной базы, строительство производственных зданий, жилья, школ, детских садов, торговых и медицинских объектов, финансы, транспорт, совхозы. Но основная задача, с которой он справлялся успешно, оставалась прежней - руководство разработкой ядерного оружия. В 1979 г. он избирается академиком АН СССР, а в 1985 г. становится лауреатом Государственной премии.
На протяжении всей своей трудовой жизни Е. А. Негин занимался общественно-политической деятельностью. Более 20 лет он был членом бюро ГК КПСС и около 15 лет - членом бюро парткома ВНИИЭФ. Участвовал в работе партийных пленумов, активов, конференций и совещаний. Избирался делегатом XXI и XXVI съездов КПСС и депутатом городского Совета. Много внимания уделял росту научных и конструкторских кадров.