Двадцать второго октября Ставка ВГК директивой № 004055 освободила генерал-полковника Ф. И. Кузнецова от командования 51-й отдельной армией, отозвав его в свое распоряжение. С целью объединения управления 51-й отдельной, Приморской армиями и Черноморским флотом Ставка создала командование войск Крыма во главе с заместителем наркома ВМФ вице-адмиралом Г. И. Левченко, подчинив ему 51-ю и Приморскую армии, а также Черноморский флот. Заместителем по сухопутным войскам стал командующий 51-й отдельной армией генерал-лейтенант П. И. Батов, заместителем командующего Черноморским флотом по вопросам обороны главной морской базы — контр-адмирал Г. В. Жуков{29}. В оперативном отношении командующему войсками Крыма был подчинен и Черноморский флот.
Однако все эти меры оказались явно запоздалыми. Противник ввел в сражение вторые эшелоны и, нарастив силу удара, начал теснить советские войска, оказывавшие ему упорное сопротивление.
«При таких условиях, в бою с противником, упорно обороняющим каждую пядь земли… потери были значительными», — писал в своих мемуарах фон Манштейн{30}. Превосходство было на стороне войск 11-й немецкой армии. 26 октября 1941 г., продолжая оказывать ожесточенное сопротивление превосходящим силам противника, 51-я отдельная армия с боями начала отходить к Керченскому полуострову.
Двадцать восьмого октября немецкие войска вырвались на степные просторы Крыма и устремились к Евпатории и далее на Саки и Бахчисарай, чтобы отрезать путь советским войскам, отходившим на Севастополь и Алушту, и перекрыть шоссе на Керчь. Соединения и части Приморской армии с боями отходили в южном направлении. Связь с командованием войск Крыма прервалась. Командующий Приморской армией генерал-майор И. Е. Петров в ночь на 31 октября собрал в поселке Сарабуз (ныне поселок Гвардейское Симферопольского района) Военный совет армии, где было принято решение о дальнейшем направлении движения войск к Севастополю. Через 12 часов Петров собрал еще одно совещание в поселке Экибаш, севернее Симферополя, на которое были вызваны командиры и комиссары всех дивизий Приморской армии, включая и недавно поступивших в подчинение из 51-й армии 172-й стрелковой, 40-й и 42-й кавалерийских дивизий. Было принято решение о выводе Приморской армии на новое операционное направление с целью защиты Севастополя с суши. Вспоминая это судьбоносное для обороны главной базы Черноморского флота решение, бывший начальник штаба Приморской армии Маршал Советского Союза (а тогда полковник) Н. И. Крылов писал: «…Для нас, приморцев, оборона Севастополя началась с Экибаша»{31}.
Как отмечал в своих воспоминаниях Адмирал Флота Советского Союза С. Г. Горшков, «танковые части и моторизованная пехота противника перерезали шоссе Симферополь — Севастополь, основным силам Приморской армии пришлось отступать через горный хребет Яйла на Алушту и Ялту. В течение нескольких дней враг захватил значительную часть Крымского полуострова: 31 октября — Евпаторию, 1 ноября — Симферополь, 3 ноября — Феодосию. К 4 ноября его войска овладели всем побережьем от Ялты до мыса Чауда»{32}.
Немецкие войска заняли также большую часть аэродромов в Крыму, создав тем самым реальную угрозу нанесения воздушных ударов по главной базе Черноморского флота — Севастополю и находившимся в ней кораблям.
Создавшаяся ситуация вынудила командующего Черноморским флотом в ночь на 1 ноября начать перебазирование кораблей эскадры из Севастополя в порты Кавказского побережья. В последующем туда были эвакуированы и некоторые службы флота, а в районе Туапсе развернут запасной флагманский командный пункт флота.
Ведя непрерывные арьергардные бои с превосходящими силами противника, Приморская армия после оставления Ишуньских позиций вынуждена была отойти к Севастополю. В то же время теснимые немецкими войсками соединения и части 51-й отдельной армии отходили к Керченскому полуострову. С 31 октября они остались без централизованного управления, поскольку штаб армии, 172-я, 184-я стрелковые, а также 40-я и 42-я кавалерийские дивизии, отрезанные клиньями моторизованных частей 11-й немецкой армии от основных сил, вынуждены были отходить к Севастополю. Учитывая сложившуюся обстановку, Верховным главнокомандованием было принято решение оборонять Керченский полуостров на Ак-Монайских позициях и остановить наступление противника. Здесь 3 ноября и была организована оборона силами остатков частей и подразделений 106, 156, 320, 157 и 276-й стрелковых дивизий 51-й отдельной армии. Общее руководство обороной возглавил командир 9-го стрелкового корпуса генерал-майор И. Ф. Дашичев.