Двадцать седьмого сентября по указанию И. В. Сталина начальник Генерального штаба маршал Б. М. Шапошников направил командующему 51-й отдельной армией директиву Ставки ВГК № 002369, в которой отмечалось: «Из донесений штаба не видно, как протекает бой за Перекопский перешеек и какие силы противника атакуют наши войска. Можно только предполагать, что бои носят упорный характер или что вследствие слабого укрепления перешейка противник быстро продвигается вперед. По существу, за один день противник взял Перекоп, овладел Турецким валом и занял Армянск. Такое продвижение противника могу объяснить только недостаточной напористостью в обороне наших частей и, по-видимому, разрозненными контратаками группы Батова, не только не сбросившими противника с Турецкого вала на север, но в результате приведшими к оставлению Армянска. Имейте в виду, что с потерей Турецкого вала наступающий получает расширенный плацдарм для развития своих действий»{24}.
Ожесточенные бои продолжались три дня, с 26 по 28 сентября. Немцы были выбиты из Армянска, часть их сил отброшена за Перекопский вал. Контратаки обеих сторон сменяли друг друга. Северо-западная часть Армянска несколько раз переходила из рук в руки. К вечеру 28 сентября по приказу командующего 51-й армией советские войска отошли с боями к Пятиозерью. С 29 сентября по 4 октября немцы пытались прорваться к Ишуни, но их снова остановила 156-я дивизия. «Было бы несправедливо не отдать должное героическим усилиям воинов 51-й отдельной армии, стоявших насмерть на Перекопских позициях, — отмечал Адмирал Флота Советского Союза С. Г. Горшков. — Но недавно сформированные и не полностью укомплектованные дивизии еще не имели боевого опыта. Кроме того, на устойчивость обороны отрицательно повлияло недостаточное количество артиллерии»{25}.
Опасность захвата Крыма врагом заставила Ставку ВГК использовать практически все силы Черноморского флота для обороны полуострова. Но этого было явно недостаточно. Становилось очевидным, что одновременная оборона Одессы и Крыма является непосильной задачей в условиях сложившейся ситуации на южном крыле советско-германского фронта. Одесса оказалась в глубоком тылу наступавших войск противника, возникла угроза потери Крымского полуострова. В конце сентября Одесса еще могла сдерживать натиск врага, сковывая здесь его значительные силы. Но противник нацелился на Севастополь, и стратегические соображения требовали эвакуации войск Одесского оборонительного района в Крым, чтобы поддержать его защитников.
Военный совет Черноморского флота 29 сентября доложил в Ставку о том, что создалась реальная угроза захвата врагом Крымского полуострова, так как 51-я отдельная армия не в состоянии сдерживать натиск превосходящих сил гитлеровских войск и находится на грани катастрофы. Кроме того, Военный совет флота просил Верховного главнокомандующего принять решение об эвакуации Одессы и переброске войск Одесского оборонительного района в Крым. Такое решение Ставка ВГК приняла в тот же день.
В 1 час 10 минут 30 сентября директива Ставки ВГК № 002454 за подписью Сталина и Шапошникова об эвакуации Одесского оборонительного района была направлена командующим Черноморским флотом, Одесским оборонительным районом, 51-й отдельной армией, народному комиссару военно-морского флота. В ней отмечалось следующее: «В связи с угрозой потери Крымского полуострова, представляющего главную базу Черноморского флота, и ввиду того, что в настоящее время армия не в состоянии одновременно оборонять Крымский полуостров и Одесский оборонительный район, Ставка Верховного главнокомандования решила эвакуировать Одесский район и за счет его войск усилить оборону Крымского полуострова.
Ставка приказывает:
1. Храбро и честно выполнившим свою задачу бойцам и командирам Одесского оборонительного района в кратчайший срок эвакуировать войска Одесского района на Крымский полуостров.
2. Командующему 51-й отдельной армией бросить все силы армии для удержания Арабатской стрелки, Чонгарского перешейка, южного берега Сиваша и Ишуньских позиций в своих руках до прибытия войск Одесского оборонительного района.
3. Командующему Черноморским флотом приступить к переброске из Одессы войск, материальной части и имущества в порты Крыма — Севастополь, Ялта и Феодосия, используя по своему усмотрению и другие удобные пункты высадки.
4. Командующему Черноморским флотом и командующему Одесским оборонительным районом составить план вывода войск из боя, их прикрытия и переброски; при этом особенное внимание обратить на упорное удержание обоих флангов обороны до окончания эвакуации.