Однако царь Федор имел слабое здоровье и часто болел. Его смерть означала для Годунова в лучшем случае конец политической карьеры, а в худшем – гибель. Стремясь застраховаться от подобного поворота событий, Борис вступил в тайные переговоры с правительством Священной Римской империи и предложил, в случае смерти Федора, заключить брак между гипотетической вдовой, царицей Ириной и австрийским принцем. Интрига стала известна в Москве. Говорили, что царь, узнав о том, что шурин просватал его жену, поколотил Бориса посохом. Годунов был в панике и готовился к самому худшему. Он пожертвовал в Троице-Сергиев монастырь 1000 рублей (более 50 кг золота в современных ценах) и в то же время обратился к английскому правительству с просьбой о предоставлении политического убежища.
И было чего опасаться. К весне 1586 года уже вся столица говорила о том, что Годуновы при живом царе выдают замуж царицу, хотят посадить на российский престол австрийского католика и убежать к английским протестантам. Подозрительная смерть народного любимца Никиты Романова накалила обстановку до предела. В мае Москва поднялась. Толпы посадских людей ворвались в Кремль, требуя выдачи Годуновых, чтобы побить их «всех разом» камнями. Борис пошел на поклон к Шуйским, стоявшим за спиною восставших. Князь Иван Шуйский, последний из оставшихся в столице четырех бояр, назначенных Грозным в помощь своему сыну, уже видел себя хозяином положения. Не желая вмешивать плебс в свои боярские дела, он уговорил народ покинуть Кремль. Это была его роковая ошибка.
Годуновы оправились быстро. Уже в ночь после бунта вожди мятежников были схвачены и бесследно исчезли. Обеспокоенные Шуйские решили нанести Годуновым решительный удар: они подали царю челобитную с просьбой о разводе с Ириной Годуновой. Под прошением подписались многие бояре и московские купцы. Но если уж сам Иван Грозный не преуспел в этом, то Шуйский и подавно потерпел неудачу. Царь Федор был в гневе. Воспользовавшись его недовольством, Годуновы обвинили Шуйских, быть может, не без основания, в государственной измене. Шуйским грозил суд и тогда они, в отчаянье, решились на крайнюю меру и предприняли неудачную попытку взять штурмом двор Годуновых. На поле боя полегло 800 человек. После этого последовали многочисленные аресты и казни сторонников Шуйских. Сам Иван Шуйский был сослан в монастырь и вскоре удушен, его братья попали в тюрьму и, по крайней мере, один из них, Андрей, так же был умерщвлен. Среди схваченных сторонников Шуйских был насильно постриженный в монахи Аверкий Палицын, знаменитый впоследствии келарь Троице-Сергиева монастыря и летописец Смутного времени. Митрополит Дионисий, сторонник Шуйских, обличал перед Федором «беззакония Годунова» и пострадал за это: был лишен сана и сослан в Новгород.
15 мая 1591 года в Угличе погиб царевич Дмитрий.
Ничто после смерти Дмитрия уже закрывало Борису дорогу к власти. В июле 1591 года Крымская орда, совершая свой последний набег на столицу, была разбита и бежала от стен Москвы, и Борис не преминул этим воспользоваться. Хотя Годунов ничем не отличился на поле боя (а по некоторым данным и вовсе на нем не появлялся: «…полки русские завязали большое сражение с нечестивыми и целый день непрестанно бились в различных местах поблизости от стольного града Москвы. Сам же искусный правитель и непобедимый воин Борис Федорович с прочими силами и множеством огнестрельных орудий оставался в тот день в упомянутом укрепленном обозе» [16] ), он получил многочисленные награды и присоединил к званию конюшего титул «царского слуги» – наиболее почетный и очень редко присваиваемый за исключительные заслуги. Но этого ему было мало, и вскоре Борис наградил себя еще одним, неслыханным и невозможным при живом самодержце титулом: правителя государства. Теперь Годунова официально величали «царским шурином и правителем, слугой и конюшим боярином и дворовым воеводой и содержателем великих государств – царства Казанского и Астраханского».
Как метко заметил Р.Г. Скрынников, смысл этих титулов был понятен всем: Годунов объявил себя единоличным правителем государства и сам царь находился у него в полном подчинении. Боярская Дума заполнялась родней правителя, он контролировал все важнейшие ведомства и посты в государстве. За несколько лет Борис превратился в самого богатого человека России: его владения приносили до 100 000 рублей ежегодно, что составляло 10 % от государственного дохода. Он мог выставить в поле до 100 000 бойцов. Приняв самое активное участие в учреждении патриаршества и возведя в патриарший сан близкого ему митрополита Иова [17] , Борис заручился поддержкой высшей церковной иерархии. Чувствуя за спиной церковь, деньги и оружие, Годунов был готов сделать последний шаг к трону.