Вскоре молодой стряпчий становится зятем знаменитого Григория Лукьяновича Скуратова-Бельского [13] (известного больше под прозвищем Малюты). Некоторые историки считают, что шеф опричной контрразведки искал покровительства постельничего, но, скорее всего, Годуновы были заинтересованы в нем не меньше. Дядя с племянником готовились к тяжелым политическим битвам и нуждались в сильных союзниках. В течение нескольких последующих лет положение Годуновых сильно укрепилось. Летом 1570 г. были казнены замешанные в новгородской измене А. Вяземский и А. Басманов. Из старого опричного руководства на плаву остались Годуновы и Скуратовы-Бельские. А осенью 1571 г. состоялась двойная свадьба. Царевич Иван женился на Евдокии Сабуровой и род Годуновых вновь породнился с царским домом. Сам Грозный царь взял в жены Марфу Собакину. Свахами царицы были жена Бориса Мария Скуратова и его теща, а сам Борис и Скуратов-Бельский стали дружками царской невесты. Однако нити, связавшие семью Годуновых с престолом, оборвались неожиданно быстро: через две недели после свадьбы царица Марфа умерла, а через год оказалась в монастыре и царевна. Труды Годуновых пропали втуне. К тому же геройски погиб на войне тесть Бориса, Малюта. Но неудачи не сломили Годуновых. Они уже разрабатывали новые планы, не уступающие по широте размаха предыдущим. Царь решил женить младшего сына Федора. Царевной стала Ирина, сестра Бориса.
Примерно в это же время Иван Грозный распустил опричнину и заменил ее так называемым «Двором». Новое правительство возглавили Василий Колычев и Борис Тулупов. Дмитрий Годунов получил повышение по службе – думный чин окольничего. Но такая расстановка сил не удовлетворила честолюбие царских родственников, рассчитывавших на большее. Годуновы посчитали себя достаточно сильными для открытой схватки и начали местнический спор с боярами, заступившими им путь к власти. Предмет спора для тех времен был очень серьезен: от того, кто займет более высокую должность, зависела не только личная карьера боярина, но и служебный успех всего рода на многие десятилетия вперед. Никогда уже потомки проигравшего не смогли бы подняться по служебной лестнице выше, чем потомки победителя. В свою очередь, на победу в споре мог рассчитывать только тот, чьи предки хотя бы раз имели в подчинении кого-либо из предков соперника. Необоснованные претензии на чужое служебное место карались весьма строго. Борьба шла буквально не на жизнь, а на смерть. Противники Годуновых были выданы им головой и казнены. Вотчины местничавшегося с Годуновым князя Тулупова достались победителю в виде трофеев, а место на политическом Олимпе занял триумвират Годуновых – Бельских – Нагих. Они не успокоились, пока не смели всех своих политических противников. Дмитрий Годунов получил боярский чин, не полагавшийся ему по худородству, Борис Годунов – думный чин кравчего, а его свояк Богдан Бельский стал оружничим. Это правительство оставалось у власти почти 10 лет – до самой смерти царя.
В ноябре 1581 г. погиб царевич Иван. Рассказ о том, как Грозный царь убил своего сына, давно стал хрестоматийной историей. Однако современные исследователи уже не столь уверены в причинах смерти царевича. Р.Г. Скрынников пишет, что наряду с побоями, здоровье Ивана пострадало от нервного потрясения. Историк церкви митрополит Иоанн (Снычев) вообще утверждал, что смерть царевича была естественной. Об этом же упоминают и некоторые современники, например, служивший в охране Бориса Годунова наемник Жак Маржерет. Однако известно, что содержание ртути и мышьяка в останках царевича во много раз превосходит ПДК, что свидетельствует об отравлении. Как бы то ни было, смерть наследника престола оказалась исключительно выгодной клану Годуновых. Более того, народная молва обвинила в этой смерти их. Причиной этих слухов послужила перемена в отношениях между Грозным и Борисом: царь стал все чаще проявлять к недавнему любимцу недоверие и неприязнь.