Впрочем, сам Михаил Васильевич, по-видимому, не придавал этому никакого значения. Об этом писал Г.И. Шавельский: «Человека, понимавшего Михаила Васильевича, гораздо более удивило бы, если бы последний стал жаловаться, что его забыли, его обошли, чем то спокойствие, которое он сохранял, когда другие, благодаря его трудам и талантам, возвышались, а он сам оставался в тени. Мне и в голову никогда не приходило, что Алексеев может обидеться из-за неполучения награды или может работать ради награды». Впрочем, иного мнения придерживался генерал В.Е. Борисов, отмечавший, что Николай II «не сумел с достаточной силой привязать к себе Михаила Васильевича и мало оказывал ему особенного внимания, недостаточно выделяя его, якобы, из других».
Конечно, было бы неверно утверждать, что Алексееву на должности начальника штаба Ставки не были присущи определенные недостатки, которые зачастую весьма ощутимо влияли на общую структуру управления действующей армией. Все знавшие генерала мемуаристы в один голос говорят примерно об одном и том же — Михаил Васильевич принадлежал к тому типу руководителей-перфекционистов, которые следуют правилу «Хочешь сделать хорошо — сделай сам». Утверждение «Перед хорошим начальником — чистый стол, потому что у него работают подчиненные» было явно не про него. Поэтому начальник штаба Ставки один выполнял функции, которые в идеале должны были быть распределены между добрым десятком генералов…
Слово Г.И. Шавельскому: «В деле, в работе он все брал на себя, оставляя лишь мелочи своим помощникам. В то время, как сам он поэтому надрывался над работой, его помощники почти бездельничали. Генерал-квартирмейстер был у него не больше, как старший штабной писарь. Может быть, именно вследствие этого Михаил Васильевич был слишком неразборчив в выборе себе помощников: не из-за талантов, он брал того, кто ему подвернулся под руку, или к кому он привык. Такая манера работы и такой способ выбора были безусловными минусами таланта Алексеева, дорого обходившимися прежде всего ему самому». Ю.Н. Данилов подчеркивал, что характеру Алексеева «не чужда была некоторая нетерпимость к чужим мнениям, недоверие к работе своих сотрудников и привычка окружать себя безмолвными помощниками. Наличие этих недостатков сказывалось у генерала Алексеева тем отчетливее, чем расширялась область его деятельности».
Шавельскому и Данилову вторит генерал П.К. Кондзеровский: «Вследствие ли полной непригодности Пустовойтенко или же вследствие свойства своего характера, но ген. Алексеев вел лично всю главную работу Генерал-Квартирмейстерства. Дело это он поставил так, что писал собственноручно все оперативные телеграммы. Мне постоянно приходилось заставать его за тем, что, сняв очки с одного уха и наклонившись совсем близко левым глазом к бумаге, он писал своим мелким, “бисерным”, четким и ровным почерком длиннейшие телеграммы, которые затем приказывал передать Генерал-Квартирмейстеру Я думаю, он потому и держал на должности Генерал-Квартирмейстера генерала Пустовойтенко, что тот не высказывал никакого протеста против такого его обезличения, — всякий другой едва ли согласился бы играть такую жалкую роль». Ю.Н. Данилов отмечал еще один недостаток Алексеева: «Я бы прежде всего отметил у генерала Алексеева недостаточное развитие волевых качеств». А.А. Брусилов: «Его главный недостаток состоял в нерешительности и мягкости характера». В.Е. Борисов: «Главным недостатком Алексеева было отсутствие у него волевого характера и уступчивость в отношениях с лицами высшего командования, в особенности с главнокомандующими армиями фронтов, которые с ним почти не считались, тем более что они непосредственно подчинены были не ему, а самому верховному главнокомандующему». Приказать главкомам фронтов сделать то-то и то-то Алексеев попросту не имел права, поэтому зачастую ограничивался советами и рекомендациями. А уж следовать им или не следовать, каждый главком решал сам. Легко себе представить, какой разнобой царил зачастую в штабах фронтов, получавших одновременно противоречившие друг другу директивы Ставки и приказы собственного главкома. Настаивать же на проведении в жизнь своих идей, «продавливать ситуацию» авторитетом Алексеев не любил и не умел. Более того, будучи по натуре человеком деликатным, он был склонен улаживать даже мелкие конфликты миром. Так, когда его адъютант накричал на какого-то офицера и не согласился принести ему извинения, Алексеев лично извинился перед оскорбленным за выходку адъютанта.
Другим слабым местом Алексеева было его стремление видеть во всех только хорошее, неумение «узнавать» нужных людей и проводить их на высокие должности. Таков был генерал-квартирмейстер Ставки М.С. Пустовойтенко, которого за глаза все звали «Пустоместенко». Когда жена поинтересовалась у Михаила Васильевича, почему он так держится за Пустовойтенко, он ответил:
— Больших людей нельзя брать с фронта — там они нужней, а я и с ними обойдусь.
Весьма странной фигурой в Ставке был также генерал-лейтенант В.Е. Борисов. «Есть один тип, который в штабе мозолит всем глаза, — писал о нем великий князь Андрей Владимирович, — это закадычный друг генерала Алексеева, выгнанный уже раз со службы за весьма темное дело, генерал Борисов, — маленького роста, грязный, небритый, нечесаный, засаленный, неряшливый, руку ему давать даже противно. Алексеев считает его великой умницей, а все, что он до сих пор делал, свидетельствует весьма ясно, что это подлец, хам и дурак… Наши неудачи на Карпатах — это всецело его вина… Но Алексеев слепо ему верит, и его не разубедить».
Необъяснимой ошибкой Алексеева стало «воскрешение» из небытия 67-летнего генерала от инфантерии А.Н. Куропаткина, чей авторитет в армии и стране после Русско-японской войны был крайне низок. После начала Первой мировой Куропаткин буквально рвался на фронт — обивал пороги начальства, засыпал его рапортами, умоляя доверить ему хотя бы дивизию. «Поймите меня! — писал Куропаткин. — Меня живого уложили в гроб и придавили гробовой крышкой. Я задыхаюсь от жажды дела. Преступников не лишают права умереть за родину, а мне отказывают в этом праве». Но великий князь Николай Николаевич словно не слышал жалоб Куропаткина. Алексеев же отнесся к просьбам старого генерала с пониманием («Жаль старика, да и не так он плох, как многие думают») и ходатайствовал за него перед императором. В результате в сентябре 1915-го Николай II доверил Куропаткину командование Гренадерским корпусом, а 6 февраля 1916 года — должность главнокомандующего армиями Северного фронта. Но после того как Куропаткин провалил мартовское наступление 1916-го, Алексеев разочаровался в своем протеже и, когда вернувшийся с Северного фронта Г.И. Шавельский передал ему от Куропаткина привет, раздраженно ответил:
— Баба ваш Куропаткин! Ни черта он не годится! Я ему сейчас наговорил по прямому проводу…
В июле 1916 года, после провала летнего наступления на Северном фронте, А.Н. Куропаткин был снят с должности.
Главком Юго-Западного фронта Н.И. Иванов, вообще относившийся к Алексееву с плохо скрываемой неприязнью, характеризовал его так: «Алексеев, безусловно, работоспособный человек, имеет свои недостатки. Главное — это скрытность… Он никогда не выскажет своего мнения прямо, а всякий категорический вопрос считает высказанным ему недоверием и обижается… Он не талантлив и на творчество не способен, но честный труженик». Генерал Н.Н. Головин отмечал малую известность Алексеева среди солдат: «Солдатская масса его знала мало; в нем не было тех внешних черт, которые требуются малокультурным массам для облика героя. То же самое происходило и по всей стране: все мало-мальски образованные слои знали Алексеева, уважали и верили ему; народные массы его не знали совсем».