День большевистского переворота, 25 октября 1917 года, Алексеев провел в Петрограде. Накануне, 24-го, он чудом избежал ареста, когда пришел в захваченный большевиками Мариинский дворец на заседание Предпарламента. 25-го Алексеев, по свидетельству В.Е. Борисова, пришел в штаб Петроградского военного округа с просьбой выделить ему группу солдат, чтобы проникнуть в осажденный большевиками Зимний дворец. Однако Борисов по телефону объяснил старому сослуживцу и другу, «что наше положение в Зимнем дворце совершенно не приспособлено к обороне и что оно не будет крепче, если усилится еще одним генералом; что ему самое лучшее бежать из Петрограда».
Большинство участников Алексеевской организации (за исключением отряда из ста человек под началом штабс-капитана В.Д. Парфенова) не приняли участия в вооруженной борьбе конца октября 1917-го — ведь сама организация создавалась отнюдь не для защиты Временного правительства, а для борьбы с ним. 30 октября, когда стало ясно, что власть в Петрограде окончательно стала советской, Михаил Васильевич отдал членам организации приказ уходить в Новочеркасск к Каледину. Сам он уезжал из столицы вечером 30-го по подложным документам, переодевшись в штатское. Генерала сопровождал его адъютант ротмистр А.Г. Шапрон-дю-Ларрэ, Генерального штаба полковник П.А. Веденяпин и Н. Щетинина — дочь добрых знакомых генерала, на квартире которых он скрывался после 25 октября.
Алексеев пробирался на Дон сложным маршрутом: через Москву, Царицын и Ростов. В дороге его несколько раз узнавали случайные попутчики, но все обошлось. Утром 2 ноября 1917 года, накануне своего 60-летия, генерал ступил на перрон Новочеркасского вокзала. Этот день считается днем рождения белой Добровольческой армии (официально она получила такое название 26 декабря)…
Но «белая эпопея» генерала от инфантерии М.В. Алексеева достойна отдельной книги, и множество таких исследований уже существует. Здесь же кратко упомянем, что в Добровольческой армии М.В. Алексеев получил пост Верховного руководителя. В ее рядах в феврале 1918-го он прошел путем 1-го Кубанского (Ледяного) похода из Ростова в Екатеринодар. «Мы уходим в степи, — писал генерал. — Можем вернуться, только если будет милость Божья. Но нужно зажечь светоч, чтобы была хоть одна светлая точка среди охватившей Россию тьмы». Один из участников похода Н.Н. Львов вспоминал: «Попробуйте вычеркнуть Алексеева из Кубанского похода, и исчезнет все значение его. Это уже будет не Кубанский поход. Одним своим присутствием среди нас этот больной старик, как бы уже отошедший от жизни, придавал всему тот глубокий нравственный смысл, в котором и заключается вся ценность того, что совершается людьми… Судьба послала нам в лице Алексеева самый возвышенный образ русского военного и русского человека. Не кипение крови, не честолюбие руководило им, а нравственный долг. Он все отдал. Последние дни своей жизни он шел вместе с нами и освещал наш путь». Рядом с отцом сражался его сын — кавалер семи орденов уланский ротмистр Николай Михайлович Алексеев…
В последние месяцы жизни состояние здоровья М.В. Алексеева сильно ухудшилось — его медленно убивала запущенная болезнь почек. Чувствуя приближение смерти, Алексеев все чаще обращался памятью в прошлое, переоценивая свои поступки. По свидетельству генерала Н.С. Тимановского, в одном из разговоров с ним Михаил Васильевич высказался так:
— Если бы я мог предвидеть, что революция выявится в таких формах, я бы поступил иначе…
Осенью 1918-го к запущенной уремии, мучившей генерала уже несколько лет, присоединилось воспаление легких. Вечером 24 сентября Михаил Васильевич исповедался и причастился, а вечером следующего дня тихо скончался в Екатеринодарском военном госпитале. Он совсем немного не дожил до своего 61-го дня рождения…
Прощание с покойным продолжалось два дня. Тысячи людей спешили отдать последние почести полководцу. 27 сентября Алексеев был погребен в Свято-Екатерининском кафедральном соборе Екатеринодара. На одном из венков, возложенных на гроб детьми и подростками Екатеринодара, была сделана надпись «Не видели, но знали и любили».
Вступивший в командование Добровольческой армией (на момент смерти ее создателя она насчитывала около 40 тысяч штыков) А.И. Деникин отдал свой первый приказ:
«Сегодня окончил свою полную подвига, самоотвержения и страдания жизнь генерал Михаил Васильевич Алексеев.
Семейные радости, душевный покой, все стороны личной жизни — он принес в жертву служения Родине. Тяжелая лямка строевого офицера, ученый труд, боевая деятельность офицера Генерального штаба, огромная по нравственной ответственности работа фактического руководителя всеми вооруженными силами русского государства в Отечественную войну — вот его крестный путь. Путь, озаренный кристальной честностью и героической любовью к Родине — великой и растоптанной.
Когда не стало Армии и гибла Русь, он первый поднял голос, кликнул клич русскому офицерству и русским людям.
Он отдал последние силы свои созданной его руками Добровольческой армии. Перенеся и травлю, и непонимание, и тяжелые невзгоды страшного похода, сломившего его физические силы, он с верой в сердце и с любовью к своему детищу шел с ним по тернистому пути к заветной цели спасения Родины.
Бог не судил ему увидеть рассвет. Но он близок. И решимость Добровольческой армии продолжать его жертвенный подвиг до конца пусть будет дорогим венком на свежую могилу собирателя Русской Земли».
Имя М.В. Алексеева, основателя Добровольческой армии, стало одним из символов Белого движения на юге России. 27 ноября 1918 года имя покойного генерала получил Партизанский пеший казачий полк, который в октябре 1919-го был развернут в Партизанскую Генерала Алексеева пехотную дивизию в составе двух пехотных полков и Алексеевской артбригады. В марте 1920 года дивизия была переформирована в Отдельную Партизанскую Генерала Алексеева пехотную бригаду, а в ноябре, уже в Галлиполи, — в Партизанский Генерала Алексеева пехотный полк. Эта часть в 1921 году была перебазирована в Болгарию, где через год прекратила существование. Отличительными чертами обмундирования «алексеевцев» были фуражки с белыми тульями и синими околышами, повторявшие цвета дореволюционных студенческих фуражек, и также синие погоны с белыми просветами и шифровкой «А».
17 октября 1919 года название «Генерал Алексеев» было присвоено кораблю Белого Черноморского флота — линкору «Воля» (до 1917 года — «Император Александр III»). В ноябре 1920 года линкор в составе русской эскадры ушел из Крыма в Бизерту, где четыре года спустя был передан французскими властями в распоряжение СССР. Однако к тому времени огромный корабль был уже непригоден для эксплуатации, восстановить его тоже оказалось невозможным, и в 1936 году «Генерал Алексеев» был разобран на металл. Восемь орудий главного калибра с него были переданы Финляндии, а в 1945-м достались Советскому Союзу и поступили на вооружение береговой артиллерии. Одно из орудий линкора «Генерал Алексеев» сегодня можно видеть в Петербургском артиллерийском музее, другое — в музее на Поклонной горе в Москве. 8 ноября 1919 года имя М.В. Алексеева было присвоено также Кубанскому военному училищу.
В 1920 году, во время отступления Вооруженных сил Юга России, вдова М.В. Алексеева Анна Николаевна настояла на том, чтобы прах ее мужа был перевезен в Королевство Сербов, Хорватов и Словенцев и захоронен на Новом кладбище Белграда. В годы правления в Югославии И.Б. Тито над могилой Алексеева возвышался лишь скромный памятник с лаконичной надписью «Воин Михаил». Однако 12 сентября 2010 года в Белграде над местом захоронения М.В. Алексеева было установлено новое надгробие, средства на которое были пожертвованы самыми разными людьми — от школьников до известного кинорежиссера.
Семья М.В. Алексеева в марте 1949 года поселилась в Аргентине. Его сын Николай и вдова Анна Николаевна в 1960-м скончались в Буэнос-Айресе, дочь Вера умерла там же в 1992-м в возрасте девяноста трех лет. Внучка М.В. Алексеева Мария Михайловна Бауман, очень много сделавшая для увековечивания памяти деда, скончалась в Буэнос-Айресе в мае 2012 года.