Однако плодотворная деятельность Михаила Васильевича в ГУГШ продолжалась недолго: 30 августа 1908 года он получил назначение на должность начальника штаба Киевского военного округа с оставлением в звании ординарного профессора Николаевской академии Генерального штаба, а 7 октября 1908 года за отличие по службе был произведен в генерал-лейтенанты. Прощаясь с подчиненным, Ф.Ф. Палицын в особом приказе подчеркнул, что «вся предшествующая служба Алексеева отмечена верным и настойчивым служением его интересам армии» и что он «всегда брал на себя львиную долю работы и стремился остаться незамеченным».
Перевод М.В. Алексеева в Киев был частью крупной реформы в армии — 13 ноября 1908 года Ф.Ф. Палицын лишился должности, ГУГШ был подчинен Военному министерству, а 2 декабря 1908 года Генштаб возглавил генерал от инфантерии В.А. Сухомлинов, относившийся к Алексееву крайне недоброжелательно (через год Сухомлинов стал военным министром).
В Киеве Михаил Васильевич прослужил четыре года. В должности начальника штаба округа он был удостоен ордена Святого Владимира 2-й степени (6 декабря 1911 года), после чего 12 июля 1912 года получил под командование 13-й армейский корпус. В его состав входили 1-я и 36-я пехотные дивизии, 2-я отдельная кавалерийская бригада, 13-й мортир-но-артиллерийский дивизион, 5-й тяжелый артиллерийский дивизион и 13-й саперный батальон. Дислоцировался корпус в родных местах генерала, на Смоленщине.
Конечно, в армии ссылки не бывает — бывает перемена места службы. Но для Алексеева, чей авторитет в Генеральном штабе в начале 1910-х годов был очень высоким, назначение в Киевский округ и 13-й армейский корпус были переводами с понижением. Тем более что буквально через десять дней после назначения Алексеева комкором произошел неприятный эпизод во время смотра на Бородинском поле — из строя вышел солдат и подал Николаю II прошение. Этим поспешили воспользоваться недоброжелатели Алексеева, обвинившие генерала в развале дисциплины в его корпусе. В вину Алексееву ставилось, в частности, то, что он ни разу не устроил церемониальный смотр своего корпуса, ссылаясь на необходимость войскам заниматься не этим «театром», а боевой подготовкой. «При крайне враждебном к нему отношении военного министра Сухомлинова и при ряде совершенно неподготовленных к своей важной задаче начальников Генерального штаба, Алексеев не мог иметь какого-либо решающего влияния в постановку общих стратегических вопросов», — с горечью констатировал в своих воспоминаниях генерал-лейтенант В.Е. Борисов.
Красноречивым примером недоброжелательного отношения к Алексееву высшего военного руководства страны служит эпизод, случившийся в марте 1914 года. Тогда освободился пост начальника Генерального штаба, и редактор журнала «Русская старина» генерал Воронов обратился к военному министру В.А. Сухомлинову:
— Все знающие русское военное дело люди просят, чтобы был назначен генерал Алексеев, который вполне этого достоин и имеет на то все права.
— Генерал Алексеев не может быть назначен, — ответил Сухомлинов.
— Почему?
— Он не знает языков. Ну как же он поедет во Францию на маневры и как он будет разговаривать с начальником французского Генерального штаба?
Ошеломленный Воронов попробовал возразить:
— Никак не полагал, что назначение начальника Генерального штаба зависит от языка…
Но Сухомлинов резко оборвал собеседника:
— Вопрос решенный! Назначение генерала Алексеева не состоится…
Тем не менее даже в такой невыигрышной для себя ситуации Алексеев находил мужество сопротивляться тем тенденциям в развитии вооруженных сил России, которые он находил неверными. Так, в феврале 1912 года на Московском совещании начальников штабов военных округов он выступил с резкой критикой плана обороны, разработанного в 1910 году полковником Ю.Н. Даниловым, сменившим Алексеева в роли 1-го квартирмейстера ГУГШ. План Данилова базировался на ложной посылке, предусматривавшей одновременное нападение на Россию Германии, Австро-Венгрии, Швеции, Румынии, Турции, Японии и Китая при нейтралитете Франции. При этом русской армии, скученной в Белоруссии, отводилась исключительно пассивная роль. Высмеяв фантастический план Данилова, Алексеев указал, что русская армия достаточно сильна, чтобы действовать наступательно, и подчеркнул, что основные силы нужно сосредоточить против Австро-Венгрии. Правоту этого взгляда подтвердила разразившаяся Первая мировая война…
С началом боевых действий, 20 июля 1914 года, только что назначенный Верховным главнокомандующим великий князь Николай Николаевич попросил у Николая II разрешения забрать к себе в Ставку Ф.Ф. Палицына в качестве начальника штаба и Алексеева — в качестве генерал-квартирмейстера. Но в этом великому князю было отказано. Вместо этого М.В. Алексеев получил другой пост — начальника штаба только что созданного Юго-Западного фронта, развернутого «на базе» хорошо знакомого военачальнику Киевского военного округа. В состав фронта вошли 3-я (командующий — генерал от инфантерии Н.В. Рузский), 4-я (командующий — генерал от инфантерии барон А.Е. фон Зальца), 5-я (командующий — генерал от кавалерии П.А. Плеве) и 8-я (командующий — генерал от кавалерии А.А. Брусилов) армии — всего 38,5 пехотных и 20,5 кавалерийских дивизий. В дальнейшем количество армий, входивших в состав фронта, неоднократно менялось. Основным противником фронта являлись вооруженные силы Австро-Венгерской империи.
Назначение не было неожиданным для Михаила Васильевича. Вся документация и карты были заранее им подготовлены и уложены в отдельный чемодан. Это позволило Алексееву выехать из Смоленска в Ровно, на «свой» фронт, уже через три часа после получения им телеграммы о назначении. Одновременно с отцом отправлялся на фронт и сын — 23-летний корнет лейб-гвардии уланского полка Николай Михайлович Алексеев. Кстати, всю войну он прошел в рядах действующей армии, категорически отказываясь от предложений перевести его в тыловую часть.
Главнокомандующим войсками фронта стал генерал от артиллерии Николай Иудович Иванов. Старый знакомый Алексеева по Киевскому округу, он относился к нему с плохо скрываемой недоброжелательностью, называл «типичным офицером Генерального Штаба, желающим все держать в своих руках и все самолично делать, не считаясь с мнением начальника». И тем не менее Иванов был вынужден считаться с опытом и умом Алексеева, тем более что план первой же разработанной Михаилом Васильевичем фронтовой операции блестяще удался. В августе—сентябре 1914 года на Юго-Западном фронте развернулось ожесточенное сражение — так называемая «Первая Га-лицийская битва». В его результате пять русских армий общей численностью около 700 тысяч человек нанесли крупное поражение четырем австро-венгерским армиям и двум оперативным группам, чья численность превышала 830 тысяч человек. Линия фронта переместилась на территорию противника — русские войска захватили значительную часть Галиции, в том числе Лемберг (Львов), почти всю Буковину, осадили мощную крепость Перемышль и вышли к Карпатам. Русская армия в Первой Галицийской битве потеряла 230 тысяч офицеров и солдат, в том числе 40 тысяч пленными; австро-венгры — 400 тысяч человек, в том числе 100 тысяч пленными. Трофеями русских стали восемь знамен и 400 орудий. Маршал Франции Фердинанд Фош, оценивая вклад Алексеева в руководство войсками Юго-Западного фронта, замечал, что он «своим талантливым руководством сумел операцию, сложившуюся вначале неудачно, обратить в блестящую победу».
Воздавал должное Алексееву в своей капитальной «Истории Русской армии» и А.А. Керсновский: «Задача Алексеева была огромной и тяжелой. Он начал операцию с руками, связанными абсурдным стратегическим развертыванием. Трагичность его положения усугублялась еще тем, что старшие его сослуживцы и начальники по Киевскому военному округу генералы Иванов и Рузский, в руках которых как раз и сосредоточился весь командный аппарат Юго-Западного фронта, проявили полное отстутствие стратегического кругозора и стратегического чутья. По своему положению начальника штаба генерал Алексеев мог только советовать и уговаривать, но он не мог самостоятельно приказывать… Таким образом, генералу Алексееву приходилось одновременно выправлять промахи Ю. Данилова, преодолевать инерцию Иванова, злую волю Рузского и В. Драгомирова и в то же время бороться с искусным, энергичным и предприимчивым Конрадом. Препятствия были бы трудно одолимыми и для Наполеона».