Четыре года провёл Зотов на британских кораблях, многому научился у бывалых мореходов.
В 1711 году, испытывая острую нужду в опытных моряках, Пётр вызвал Зотова в Россию. Несколько дней на встречу с родными — и Конон получил назначение на одно из судов зарождавшегося Балтийского флота.
— Наум Сенявин, капитан сей шнявы! — представился ему высокий молодой офицер.
— Зотов, из волонтёров! — пожал его руку Конон.
Так началась дружба, пронесённая через долгие годы и многие испытания…
Три кампании провели Сенявин и Зотов в непрерывных плаваниях. В один из выходов в море случилось несчастье — работавший на мачте с парусами Конон поскользнулся и упал за борт в штормовое море. Спасла Зотова лишь расторопность Сенявина: он отважился на очень смелый манёвр, и матросы успели выхватить Конона из кипящего водоворота…
Вскоре приспело Зотову и первое серьёзное поручение — перевести из Пернова в Ревель купленный за границей корабль «Перл». Несмотря на ветхий такелаж, необученную команду и свежую погоду, Конон выполнил это задание. В том же 1714 году он получил высокое по тем временам звание капитан-поручика. Казалось, карьера царского любимца складывалась весьма успешно. Однако судьба готовила Конону тяжёлое испытание. Дело в том, что отец Конона граф Никита Моисеевич (сам Конон графского титула не носил) занимал при Петре двусмысленное положение всешутейшего патриарха и президента всепьянейшей коллегии. Это обстоятельство не могло не сказаться и на отношении при дворе к его сыну.
Предоставим слово историку: «Он (Конон Зотов. — В.Ш.) недаром учился в чужих краях, был человеком… с умом живым и увлекающимся. Можно себе представить теперь его положение при дворе, где отец его, по царскому желанию, разыгрывал роль начальника над компанией известных пьянчужек… И вдруг ко всему этому старик Зотов решил жениться, и при дворе задолго начали делать приготовления к свадьбе, которая должна была отправляться шутовским образом».
И Конон не стерпел обиды. Не убоясь царского гнева, он написал Петру резкое письмо. Послание это задело самолюбие Петра.
— Зарвался сын твой! — кричал он на Никиту Моисеевича. — Уже меня поучать начал!
В тот же день последовал указ: «Ехать ему (Конону. — В.Ш.) Франции в порты морские, а наипаче где главный флот их. И там буде возможно и вольно жить».
Так началась вторая заграничная командировка Зотова.
Царь Пётр бывал скор на расправу, но был и отходчив. Скоро между ним и Зотовым вновь завязалась оживлённая переписка. «Всё, что ко флоту надлежит на море и в портах, сыскать книги, — писал царь, — также чего нет в книгах, но… от обычая то помнить и всё перевесть на славянский язык нашим штилем; только храня то, чтоб дела не проронить, а за штилем их не гнаться».
Конон поспевал всюду. Его видели в библиотеках и в портах, в университетах и в арсеналах. Интересы Зотова были поистине безграничны. Довольно часто Пётр и сам писал к Конону Зотову, который, находясь впоследствии агентом царя во Франции, давал Петру советы вроде следующих: «Понеже офицеры в адмиралтействе суть люди приказные, которые повинны юриспруденцию и прочил права твёрдо знать, того ради не худо бы, если бы ваше величество указал архиерею рязанскому выбрать двух или трёх человек лучших латинистов из средней статьи людей, т.е. не из породных, ниже из подлых, — для того, что везде породные презирают труды (хотя по пропорции их пород и имения должны также быть и в науке отменны пред другими); а подлый не думает более, как бы чрево своё наполнить, — и тех латинистов прислать сюда, дабы прошли оную науку и знали бы, как суды и всякие судейские дела обходятся в адмиралтействе. Я чаю, что сие впредь нужно будет. Прошу милосердия в вине моей дерзости: истинно, государь, сия дерзость не от единого чего, только от усердия».
В другом своём письме царю он, к примеру, писал: «В Париже есть адмиралтейский приказ, и я потщусь правление оного описать… Потом поеду в Брест и Рошефорт и, присматриваясь к порядкам на берегу, не пропущу случая взять вояж на воинских кораблях, чтоб видеть порядок в командах офицерских… (шлюзового) мастера нашед, я их видел и спрашивал, могут ли чистить реки, у которых дно каменное. Они сказали, что могут…»
Энергичный моряк не удовольствовался тщательным исполнением поручения. В письмах к Петру он предлагал иметь постоянного представителя в Париже (вскоре таковым был назначен И. Лефорт), считал необходимым обучать за границей юриспруденции офицеров, назначаемых для работы в Адмиралтейств-коллегии. Ещё пример: брату Василию Конон Зотов написал из Парижа о важности должности генерал-ревизора во Франции. Содержание письма стало известно Петру I и послужило основанием для введения в России столь важного поста, как генерал-прокурор.