Ещё одной из обязанностей Конона Зотова во время его второй заграничной командировки было руководство и контроль за всеми обучающимися в Европе нашими гардемаринами. К этому делу, как и ко всем остальным поручениям, Зотов относился очень серьёзно и ответственно. Уже распределяя гардемаринов на службу в иностранных флотах, капитан-поручик был поражён нищетой, в которой жили молодые люди, не имевшие богатых родителей. В Париже он раздал им всё, что имел из одежды, и возмущённо писал на родину, что «…легче было бы видеть их смерть, нежели такую срамоту нашему отечеству, и лучше было бы их перебить как поросят, нежели ими срамиться и их здесь с голоду морить…»
Следил Зотов и за моральным обликом наших гардемаринов. Из письма Конона царю из Франции: «Господин маршал д'Эгре призывал меня к себе и выговаривал мне о срамотных поступках наших гардемаринов в Тулоне: дерутся часто между собою и бранятся такою бранью, что последний человек здесь того не сделает. Того ради отобрали у них шпаги». Немногим позже новое письмо: «Гардемарин Глебов поколол шпагою гардемарина Барятинскаго и за то за арестом обретается. Господин вице-адмирал не знает, как их приказать содержать, ибо у них (французов) таких случаев никогда не бывает, хотя и колются, только честно, на поединках, лицом к лицу».
Особенно же ценной для России была деятельность Зотова как наиболее подготовленного военно-морского разведчика. Петра очень волновали военные приготовления Турции, и Конон под видом торгового человека отправился на купеческом судне в Константинополь, где собрал все необходимые сведения, а также произвёл съёмку крепостей и гаваней.
Заведя необходимые знакомства, Конон занялся дипломатической работой. Здесь первому «охотнику» доводилось особенно нелегко: он боролся не только с чужими, но и со своими. Чего стоило одолеть находившегося во Франции Лефорта (племянника знаменитого сподвижника Петра), который добивался подчинения всей русской торговли одной из влиятельных французских торговых компаний. Независимость отечественной торговли удалось отстоять, но неугомонный Зотов нажил себе немало врагов в России. Сдержанный в эмоциях, все обиды он хранил в себе. И лишь иногда, когда терпеть оскорбления и несправедливость было совсем невмоготу, он в отчаянии хватался за перо: «…Мне теперь всотеро пуще, нежели бы я с пятью кораблями неприятельскими в огне горел…».
В редкие минуты отдыха, в основном ночами, переводит Зотов и переправляет на Родину в большом количестве морскую и техническую литературу, руководит обучением русских волонтёров за границей, среди которых был и В.И. Суворов (отец А.В. Суворова). Для пользы общего дела Конон не жалел ничего. В одном из своих писем из Бреста на имя секретаря царя Макарова он писал так: «Я от своей ревности всё, что имел при себе, им роздал: парик, кафтан, рубахи, башмаки и деньги, одним словом, себя разорил». Дело в том, что французское адмиралтейство, которое отвечало за обеспечение русских гардемаринов, словно в издёвку удерживало у себя присылаемые им на учёбу деньги, выдавая в день каждому по двенадцать копеек. Голодные гардемарины целыми днями рыскали по городу в поисках какой-либо чёрной работы. Ведь даже мундир стоил пятьдесят ефимков. Где уж тут думать об учёбе! Конон делал для этих «нищих хлебоядцев» всё, что было в его силах.
— Так мне прискорбно поведение французское, — выговаривал он в сердцах русскому посланнику в Париже, — что лучше видеть смерть перед глазами своими, нежели такую срамоту Отечеству нашему!
В конце концов Зотов добился своего, и гардемаринам стали аккуратно выплачивать деньги. Порой, охваченный азартом деятельности, Зотов терял чувство меры, его, что называется, заносило. Тогда секретарь Макаров делал ему замечания, на которые Конон реагировал весьма болезненно. «…Мне кажется, что немного худова в моих письмах, — отвечал он Макарову, — но самая моя ревность как к царскому величеству, так и к Отечеству. Пожалуй, отпиши, дабы я мог по вашим письмам или прибавить или убавить оную ревность. А что здесь делается, и о том чрез письмо до царского величества извествуется. Так знай царских ребят! Как сие узнают наши министры, что я чаю, что будут мне искать погибели, быв зависть самая и хранящие свой партикулярный интерес».
В пылу усердия завёл Зотов знакомство с французским маршалом и вице-адмиралом д'Эгре, который настойчиво привечал русского волонтёра.