Из биографии героя: «В 1720 году моряка арестовали и препроводили в Юстиц-коллегию за „дерзкое непристойное доношение“. Сам Конон Никитич объяснял арест кознями мачехи. Шестью годами ранее Никита Моисеевич женился на вдове капитана Стремоухова, и Пётр I задумал сделать из бракосочетания комедийное действо. К. Зотов просил царя избавить семейство от позора, но не преуспел. Свадьба запомнилась весельем и непристойностью. После смерти Никиты Зотова завязалось дело о его наследстве. Видимо, из-за этого Зотова и оговорили. Но вскоре он оказался на свободе и выполнял новое ответственное поручение».
Но и после случалось лихо. Действуя, как всегда, смело и решительно, первый «охотник» Российского флота быстро нажил себе врагов. С особой неприязнью относился к нему вице-адмирал Сиверс, которого Зотов изобличил в преднамеренном раздутии береговых штатов и урезании корабельных. Пётр наказал вора, но Сиверс с тех пор затаил злобу на дотошливого контролёра.
Отныне за каждым его шагом следили денно и нощно, каждое его слово и поступок тут же доносились императору. Скоро, очень скоро понял Конон, что клеветников предостаточно. А когда в одиночку стало бороться невмоготу, написал письмо Петру: «…Научи, как жить, если дать о себе отповедь, то вздором называют, а если смирно себя вести, то озлоблениями и обидами несносными… находят». Одновременно он попросился на корабли: «…А я лучше на Балтии хочу умереть, нежели от кнута и дыбы… да мимо идёт чаша сия моя».
И снова Пётр поддержал своего «охотника».
— Мой Зотов по своей учёности да к службе радению, почитай, целой эскадры стоит! — объявил он.
Но на корабли не отправил, а оставил на прежней должности. Честные люди были в цене во все времена!
В 1722 году Конон Зотов дописал первую в русском флоте книгу морских сигналов, которая легла в основу всех последующих сводов. Одновременно он трудился над созданием партикулярного (коммерческого) Морского устава, горячо одобренного Петром. Не успел первый волонтёр отложить в сторону рукопись партикулярного устава, как тут же взялся за работу над учебником для российских мореходов с длинным по тем временам названием: «Разговор у Адмирала с Капитаном о команде. Или полное учение како управлять кораблём во всякие разные случаи. Начинающим в научение, отчасти знающим в доучение, а не твёрдо памятным в подтверждение. Учинил от флота капитан Конон Зотов». Книга рассматривала вопросы управления кораблём в море, съёмки с якоря, постановки парусов и другие. «Разговор…» был написан в форме диалога между адмиралом и капитаном, причём обсуждение серьёзных вещей Зотов совмещал с юмором и солёной флотской шуткой. Так, на вопрос адмирала о том, как узнать, хорош ли корабль на ходу, капитан отвечает: «…Когда корабль на прытком ходу своим трясёт задом, то значит, что пропорция в его строении есть добрая».
В предисловии к книге Конон Никитич писал: «Читатель благий, изданием сея книжицы я не думаю учёного учить, я от таковых требую только милостивого внимания, а благодарного принятия сих моих малых трудов требую от тех, которые дворянские знатные дети ныне обретаются в морской службе и желают с великим усердием поучиться корабельному управлению во всяких разных могущих приключиться причинах, и весьма надлежало бы давно таковую книжку издать, для того, что у всякого бы было твёрдо и без конфузий бы управляли чем надлежит, а капитанам бы вместо того чтоб сердиться, он бы ими радовался и рекомендовать бы был готов и никто бы уже из них не боялся экзаменации…»
По книге Зотова учились многие поколения русских моряков. Учебник переписывали от руки, а редкие, рассыпающиеся от ветхости экземпляры передавали от отца к сыну, от деда к внуку. Через сто лет, в 1816 году, «Разговор…» прочитал император Александр I и был совершенно очарован книгой. Тут же последовало высочайшее распоряжение о немедленном переиздании книги с полным сохранением стиля и вида подлинника.
К середине 20-х годов XVIII столетия Зотов становится фактически во главе русской военно-морской разведки. К нему стекаются вся европейская морская литература и сведения об иностранных флотах; полученное он постоянно переводит и анализирует, собирая также информацию о состоянии флотов через посольства и своих агентов. Не забывал Конон Никитич и о практической работе. Так, он предложил принципиально новый способ крепления такелажа.
В январе 1725 года не стало Петра. Старые недруги не простили Зотову былых обид. Исподволь начали они очередную травлю. При первой же возможности Конон Никитич возвращается на действующий флот. В январе 1726 года он становится капитаном линейного корабля «Пантелеймон-Виктория» и весной выводит его в плавание по Финскому заливу. Снова над головой гудели полные ветра паруса, снова в лицо хлестали солёные брызги моря, лихо взбирались по вантам матросы, и волна неистово билась в кормовой подзор. Как будто и не было прожитых лет, как будто вновь он с Наумом Сенявиным мчался на перехват шведского флота!