Протоколы заседаний доносят до нас драматизм происходившего: «…То он (Сенявин) принуждён будет в коллегию не ездить, понеже он вице-адмиралом служит 33 года и такой обиды не имел, а адмирал и вице-президент (Сиверс) объявил, что и он в России служит близ 26 лет, а дураком не бывал, и на то вице-адмирал Сенявин говорил, от кого он так признан?» Затравив Сенявина, сгноив Соймонова и избавившись от Беринга, «англичане» принялись за Конона Зотова. Уверенные в полной безнаказанности, они теперь действовали нагло, не утруждая себя особыми ухищрениями. Обвинение, выдвинутое против него, было дико по своей нелепости. Зотова, долгие годы стоявшего на страже законности и охраны казённого добра, обвинили… в воровстве. Удар был настолько внезапен и ошеломляющ, что Конон Никитич пребывал в полнейшем отчаянии от свалившегося на его голову позора. В чём же могли обвинить его? Ведь всего лишь несколькими годами ранее он писал одному из своих друзей: «…Ни движимого, ни недвижимого у меня нет; нечего отнять и нет, как потеснить в усадьбах, ибо по государевой милости испомещен на морях!» Обвинение было до нелепости смешное: будто взял Зотов для себя без указа коллегии Адмиралтейской взаимно девять бочек извести. Заметьте — взял взаимно, т.е. в долг, чтобы потом вернуть.
«Дело Зотова» очень быстро стало известно самому широкому кругу морских офицеров, но реакция на него получилась обратная той, на которую рассчитывали обвинители: среди моряков поднялся ропот, люди не верили в нечестность первого «охотника» Российского флота На кораблях в кают-компаниях открыто называли это дело сиверсовской стряпнёй.
Сам же Сиверс торжествовал: вот когда он рассчитался с дерзким контролёром! Но Зотов не сдавался и наотрез отказывался признать себя виновным, требуя повторного расследования своего дела. Повторного расследования вице-президент Адмиралтейств-коллегии побоялся, и обвинение против Зотова пришлось снять. Но дело было сделано. Конон Никитич не мог долго работать в такой обстановке. Отныне единственным его утешением стали книги.
В 1741 году Зотову по настойчивым требованиям Сенявина дали должность генерал-экипажмейстера и чин контр-адмирала. Конон Никитич отнёсся к повышению равнодушно: кроме мундира и оклада, для него ничего не изменилось.
Зотов работал как одержимый. Одна за другой выходят из-под его пера книги: «Новые сигналы», «Пополнение к знанию зеймана», новый учебник тактики «Об экзерцициях военного флота»…
Весной 1742 года Конон Никитич тяжело заболел и вынужден был уехать в Ораниенбаум. В октябре 1742 года его не стало. Погребли контр-адмирала на местном кладбище.
О личной жизни Конона Зотова нам известно весьма немного. О его супруге сведений практически нет. Известно, что он, якобы, имел дочь Анну (1735 года рождения). Известно, что после смерти Зотова его вдова была вовлечена в уголовный процесс по случаю подлога дитяти и пострижена. Из этого следует, что, вполне возможно, дочь Конона Анна была ему не родная. Для чего вдове Зотова понадобилось совершать подлог с ребёнком, в точности не известно, скорее всего, за этим стояли меркантильные интересы — доля в наследстве или пенсия.
Жил в последние годы своей жизни Конон Зотов в Петербурге на Университетской набережной в доме № 3, построенном в 30-х годах XVIII века по типовому проекту «для именитых». Первым «именитым», жившим здесь, и был капитан Конон Зотов. Впоследствии же здание сменило многих хозяев. В частности, в 1832 году здесь поселился американский посол Джеймс Бьюкенен (будущий 15-й президент США). Он писал: «Я занял очень хороший дом на берегу Невы с прекрасным видом на эту величественную реку и корабли, входящие в этот изумительный город».