Наприкінці квітня 1919 р. оперативна ситуація для Дієвої армії УНР ще більше ускладнилася. Південно-Східна її група під тиском червоних і зважаючи на бунти у власних частинах була інтернована на румунській території. Так само сталося і з 1-им Запорізьким авіаційним загоном. У Північній групі армії УНР також відбувся заколот, після якого, затиснута з обох боків радянськими та польськими військами, вона була розгромлена. Рештки її відійшли в район м. Крем’янець, де затято відбивалися від червоних військ. За таких умов управління Повітряного флоту УНР, Київський авіаційний парк та інші інституції були евакуйовані на територію Західно-Української Народної Республіки до м. Броди. 3-й і 4-й бойові загони розташувалися у Здолбунові, звідки провадили авіаційні рейди проти радянських військ: здійснювали розвідку та бомбили ворожі розташування. У червні 1919 р. Дієва армія УНР почала операцію зі звільнення м. Камянець-Подільський і згодом здобула його. Невдовзі до міста було переведено всі державні інституції, зокрема й управління Повітряного флоту, Київський авіаційний парк, 1-й Запорізький, 3-й і 4-й бойові загони.
У Камянці-Подільському відбулася остаточна реорганізація Повітряного флоту УНР: було скорочено зайві інституції та переформовано бойові частини. На посаді начальника Повітряного флоту УНР залишився полковник Віктор Павленко. Його найближчими помічниками стали: начальник канцелярії військовий урядовець Петро Білон, який працював в українській авіації з часу її організації, а також начальник загально-муштрового відділу льотчик-дозорець сотник Михайло Поготовко (колишній осавул 1-го Запорізького авіаційного загону). Крім трьох названих у складі управління служило ще шість осіб: начальник господарчо-рахівничого відділу військовий урядовець Костянтин Орішков, бухгалтер Микола Домашенко, діловод Ферапонт Міцкевич, канцелярист Віталій Бафталовський, друкар Петро Тисменецький та друкарка Олена Голіцинська (дружина військового льотчика К. Голіцинського)48.
Олександра Наконечного було знято з посади інспектора авіації УНР та призначено начальником Військово-авіаційної школи УНР, яка створювалась у Камянці-Подільському в приміщені Комерційного училища на вул. Високій49. Замість нього виконувачем обов'язків інспектора авіації, а з 22.07.1919 — інспектором авіації став колишній командир 1-го Запорізького авіаційного загону Олександр Єгоров. Серед його найближчих співробітників — помічник інспектора з технічної частини льотчик-дозорець Василь Торічнєв, помічник інспектора з муштрової частини чотар Леонід Любарський, канцелярист Іван Левковський, друкарки Любов Торічнєва (дружина В. Торічнєва) та Софія Калініна (дружина військового льотчика К. Калініна)50.
У Камянці-Подільському при управлінні Повітряного флоту було створено комісію з розробки основних положень «Військово-воздушної фльоти Української Народної Республіки», яка підготувала кілька важливих законопроектів, а саме:
— Положення про військово-воздушну фльоту УНР;
— Статут про начальника військово-воздушної фльоти УНР;
— Статут про начальника авіації УНР;
— Статут про начальника повітроплавання УНР;
— Штат головного управління військово-воздушної фльоти УНР;
— Права і обов’язки осіб головного управління воздушної фльоти УНР.
Комісія працювала під керівництвом начальника повітроплавання військового старшини П. Крицького. До складу комісії входили т. в. о. державного інспектора повітряної фльоти льотчик-дозорець Ткаченко, сотник льотчик-дозорець М. Поготовко, а також сотник військовий льотчик К. Калінін51.
Чисельність бойових авіаційних загонів Дієвої армії УНР залишилась незмінною: 1-й Запорізький, 3-й, 4-й та 5-й, однак перші два змінили своїх командирів: 1-й Запорізький очолив сотник Олександр Жаховський, 3-й — осавул Сергій Федорів (колишній командир 3-го Київського повітроплавного дивізіону, який, імовірно, опанував льотну справу навесні 1919 р.).
У червні 1919 р. штаб Повітряного флоту УНР розміщувався у Камянці-Подільському (район Нового плану, навпроти собору), 4-й авіазагін — на площі біля міського вокзалу. Поряд розташовувався штаб коменданта тилу Дієвої армії УНР сотника М. Чеботаріва, який виконував функції контррозвідки. Щодо останнього Лев Скурський описує прикрий інцидент: підлеглі сотника під час слідства брутально повелися з одним із арештованих льотчиків. У відповідь на це відомі українські авіатори О. Наконечний, О. Жаховський та інші, обурені таким поводженням, скликали нараду, на якій заявили рішучий протест проти дій М. Чеботаріва52.