А. Н. Дадаев цитирует справку Управления КГБ от 10.03.89 № 10/28-456.: Н. А. Козырев «…до мая 1939 г. отбывал наказание в тюрьме г. Дмитровск-Орловский Курской области, а затем был этапирован через г. Красноярск в Норильские лагеря НКВД (с. Дудинка и г. Норильск). До января 1940 г. работал на общих работах, а с января 1940 г. по состоянию здоровья был направлен на Дудинскую мерзлотную станцию в качестве геодезиста. Весной 1940 г. был расконвоирован и производил топографические съемки с. Дудинки и его окрестностей. Осенью 1940 г. работал инженером-геодезистом Дудинского отделения капитального строительства, а с декабря назначен начальником Мерзлотной станции. 25 октября 1941 г. „за проведение враждебной контрреволюционной агитации среди заключенный арестован вторично и 10 января 1942 г. Таймырским окружным судом Красноярского края в с. Дудинка приговорен к 10 годам лишения свободы (сверх отбытого срока) с поражением в политических правах на 5 лет. После суда Козырев Н. А. был переведен в г. Норильск и назначен на работу на металлургический комбинат инженером теплоконтроля. Весной 1943 г. по состоянию здоровья был переведен на работу в Геологическое управление Норильского комбината инженером-геофизиком. До марта 1945 г. работал прорабом экспедиции на Хантайском озере и начальником Северного Магниторазведочного отряда Нижне-Тунгусской Геологоразведочной экспедиции».
Биографы рассказывают о двух таинственных случаях из жизни Козырева в тюрьме.
«Находясь в Дмитровском централе в камере на двоих, Козырев, естественно, много думал об оставленных им проблемах. Он мысленно возвращался к вопросам теоретической астрофизики, в особенности к проблеме источников звездной энергии. И вдруг зашел в тупик: ему недоставало конкретных фактов, примеров, численных характеристик отдельных типов звезд. Товарищ по камере после пребывания в карцере помутился рассудком и скоро скончался. Козырев остался совершенно один. Глухая камера и идейный тупик: тут можно было сойти с ума. Как раз в один из таких дней безнадежного раздумья открылось окошко двери камеры и через него просунулась книга, самая необходимая. Это был второй том пулковского „Курса астрофизики“ — именно то, что требовалось. По разным вариантам пересказов Козырев пользовался „Курсом“ от одних до трех суток и запоминал все подряд. Потом книга была замечена обходчиком и отобрана… Козырев до конца жизни полагал, что эта книга случайно оказалась в крайне скудной тюремной библиотеке, а в камеру она точно „с неба свалилась“. Однако столь специальное издание весьма ограниченного тиража вряд ли могло попасть в тюрьму без нужды в нем: кто-то позаботился о несчастном астрономе. Только так можно объяснить загадочность случая, если вообще он не был сопряжен с галлюцинацией, вызвавшей из памяти необходимое. Нечто подобное случается иногда с теоретиками, когда сложнейшие задачи решаются в необычных условиях, даже во сне» [13].
Второй таинственный случай последовал за первым:
«…Возбужденный пробудившимися мыслями от запоминания сведений „Пулковского курса“, Козырев начал ходить по камере, тогда как днем разрешалось только сидеть на табурете, а ночью лежать на койке. За ходьбу Козырев был отправлен в карцер на пять суток, что случилось в феврале 1938 г. Температура в карцере держалась около нуля градусов. Туда заталкивали в нижнем белье, без носков; из еды выдавали только кусок хлеба и кружку горячей воды в сутки. 0 кружку с водой можно было погреть замерзающие руки. Мерзнувшее тело обогреть было нечем, и Козырев обратился к Богу. Он молился и с того момента почувствовал внутренне тепло, благодаря чему выдержал пять или даже шесть суток (Козырев старался вести собственный счет времени, которое не поддавалось исчислению по внешним признакам, и по его мнению тюремщики накинули ему лишние сутки, чтобы заморить до конца).