1 сентября 1939 г. по сговору Гитлера и Сталина (пакт Молотова — Рибентропа) Польша была поделена между Германией и СССР. Во Львов вошла Красная Армия. У Парнаса был выбор — он еще мог уехать в Лондон или в Нью-Йорк — его бы отпустили. Известность его была международной. Он остался во Львове. Он посчитал невозможным бросить своих учеников и сотрудников, кафедру, институт, созданный им завод фармпрепаратов. Он получил самые лестные заверения представителей Советской власти. Кроме того, он был настроен вполне демократически, и лозунги равенства и справедливости ему были близки. Знал ли он действительную обстановку в СССР? Знал ли о массовых репрессиях? Понимал ли необратимость своего выбора? Наверное, не вполне. Трудно было все это осознать представителю другой страны. Тем более, что решение остаться представлялось выбором мещу фашизмом и социализмом. Сама мысль о сходстве режимов в Германии и СССР того времени казалась дикой даже советским гражданам. Он остался и был всячески — здесь лучшее слово — «обласкан» советским руководством. Его выбрали в академики (а он уже был членом многих академий), затем он был награжден сталинской премией первой степени, Орденом Ленина, Орденом Трудового Красного Знамени. Материальное обеспечение также было вполне хорошим. Он ценил общество советских биохимиков, а они, в свою очередь, высоко ценили его. В первые же часы 22 июня 1941 г. ко Львову двинулись немецкие войска. Существует легенда, что для спасения Парнаса по личному указанию Сталина во Львов были посланы на самолете биохимики — С. Е. Манойлов и В. А. Энгельгардт. Это легенда. На самом деле супругов Парнас вывезли иным путем — был автомобиль, на котором они прибыли в Киев. Из Киева они были эвакуированы в Уфу. А когда в 1943 г. наметился перелом в войне, академик Я. О. Парнас был вызван в Москву. Он поселился в привилегированной гостинице «Метрополь», где принимал учеников, сотрудников, иностранных дипломатов, друзей и знакомых. (Такое широкое общение всегда вызывало в «компетентных органах» особую настороженность, но Парнас этого понять не мог). В Москве он стал одним из основателей учрежденной в 1943 г. Академии медицинских наук СССР, организатором и первым директором Института биологической и медицинской химии АМН СССР. Кроме того, как академик, он имел право на организацию своей собственной лаборатории — это и была Лаборатория физиологической химии, в которой он с ближайшими сотрудниками продолжал исследования углеводов.
Е. М. Афанасьева [7] окончила кафедру Биохимии растений Московского Университета перед самой войной. В 1942 г. она добровольно ушла на фронт, прошла все тяготы войны и в 1945 г. поступила на работу в лабораторию Парнаса. Первое впечатление от Парнаса у нее было — «барин, аристократ». Парнас, в самом деле, держался величественно. А она как пришла из армии, так и была в сапогах и шинели и чувствовала себя смущенно. Но при ближайшем знакомстве это впечатление изменилось. Парнас с женой часто приглашал к себе своих сотрудников — время было трудное, с едой было плохо, а тут их ждало обильное угощение и полное радушие хозяев. Эти вечера в доме Парнаса на всю жизнь запомнились Евгении Михайловне. Праздник дружеского общения и блеска культуры и эрудиции. Зная музыкальные вкусы Е. М., Парнас дарил ей грампластинки с записями Бетховена и Баха. Открыт был дом и для многих других друзей Парнаса.
Парнас был признан первым в научной иерархии биохимиков СССР. Центром биохимической мысли в стране стали «четверги» Парнаса — семинары, на которые собирались не только москвичи, но и жители других городов. Парнас поражал своей эрудицией, широтой и глубиной постановки проблем. Основным событием «четвергов» всегда были доклады самого Парнаса или его комментарии к сообщениям других докладчиков [5–8].
Он был блестяще образован и в области наук гуманитарных, в искусстве, музыке. Как истинно большой человек он был доброжелателен и с энтузиазмом относился к успехам своих младших коллег. Особо положительные чувства вызывали у него два советских биохимика: А. Е. Браунштейн и В. А. Энгельгардт.
Оба были авторами выдающихся открытий. Браунштейн незадолго до войны открыл реакции транс-аминирования — переноса аминогрупп от аминокислот на кетокислоты. Открытие это, возможно, было инициировано идеями самого Парнаса, однако так ли это — предстоит еще исследовать. Энгельгардт открыл окислительное фосфорилирование и АТФ-азную активность актомиозина (вместе с М. Н. Любимовой).