Я думаю, он все понял, когда 18 февраля 1947 г. был арестован академик-секретарь АМН СССР В. В. Парин. Он хорошо знал Парина и не сомневался в его полной невиновности. Последовавшая за тем реакция — запреты на публикации научных статей без «актов экспертизы» и «авторских справок», подтверждающих уголовную ответственность авторов за опубликование «незавершенных работ» — иллюзии рассеялись. Очевидное, грубо фальсифицированное убийство великого артиста Михоэлса 13 января 1948 г. стало зловещим предзнаменованием. Здоровье его расстроилось. Диабет, сердечная недостаточность, утомляемость -17 октября 1947 г. он подает заявление с просьбой освободить его от обязанностей директора созданного им Института. Он хотел бы сосредоточиться на работе в лаборатории… Приказ об освобождении его от этой должности был подписан 28 мая 1948 г. Вместо него директором стал Сергей Евгеньевич Северин, а затем вскоре Василий Николаевич Орехович.
Никто тогда не знал замыслов Сталина. Это теперь известно, что после убийства Михоэлса 13 января 1948 г. началась подготовка государственной антисемитской кампании.
Готовили аресты членов Еврейского Антифашистского Комитета.
Основные аресты начались 13 января и закончились 28 января 1949 г. Парнас не мог не знать о них. Наверное, он мог предвидеть свою судьбу и был к ней готов. Его арестовали 29 января и в тот же день он умер.
Вот как пишет об этом Е. Л. Розенфельд [5]: «…В конце 1948 г. он тяжело болел. Впервые после болезни он собирался пойти на доклад ленинградского биохимика С. Е. Бреслера. Однако на доклад он не пришел. Обеспокоенные ученики Якуба Оскаровича после заседания побежали к нему домой и застали печальную картину: его квартира была опечатана, а перед дверью сидела его рыдающая жена. Обстоятельства его гибели остались неизвестными. Говорили, что он успел отравиться сразу же после ареста. Согласно другой версии он погиб в тюрьме от диабетической комы, так как страдал тяжелым диабетом.»
Слухи о том, что он умер на пороге тюремной камеры, глухо звучали в Москве. Он символически не вошел в тюрьму, и, если это так, значит, на самом деле вполне понимал, с кем имеет дело, и был готов кончить жизнь как римский патриций.
Так или иначе — смерть спасла его от невыносимых пыток и издевательств. К этому времени уже около двух лет мучили В. В. Парина. По принятым обычаям арестованных сразу зверски били — так 13 января 1948 г. прямо в кабинете министра МГБ Абакумова били сапогами и резиновыми палками главного врача Боткинской больницы Бориса Абрамовича Шимелиовича. Били на допросах. Избитых настолько, что они не могли ходить, носили на допросы на носилках и снова били [9]. Избежал ли этого Я. К. Парнас в первый день ареста? Я смотрю на его фотографию из «Личного дела» АМН СССР [10]. Большой в прямом и переносном смысле, гордый человек. Можно и без яда сразу умереть от унижения и бессилия. Но то, что смерть спасла его от многолетних мучений бесспорно. Арестованных в эти дни членов ЕАК истязали около трех лет и расстреляли 12 августа 1952 г.
Как в действительности умер Я. К. Парнас? На запрос сына — Яна Якубовича — полковник юстиции В. М. Граненов 20 июля 1993 г. написал (от имени Главного управления по надзору за исполнением законов в вооруженных силах (!)):
«…28 (? — он был арестован 29-го, 28-м, по-видимому, датируется ордер на арест) января 1949 г. Парнас Я. О. был арестован за совершение разведывательной деятельности против СССР по заданию иностранного государства… (У полковника нет сомнений в вине: арестован не по подозрению, а „за“.) В тот же день он был помещен во внутреннюю тюрьму МГБ СССР, где осмотрен врачом (!). Последний поставил диагноз: Артерио-кардиосклероз. Шпертония. Сахарный диабет. Правосторонняя паховая грыжа. В связи с имеющимися заболеваниями ему было назначено лечение… 29 января 1949 г. в 15 час. 15 мин. Парнас Я. О. был вызван на первый допрос старшим следователем следственной части по особо важным делам МГБ СССР подполковником Ивановым. В 17 час. 30 мин. Иванов оставил Парнаса в кабинете с надзирателем, а сам вышел в связи со служебной необходимостью. Через 10–15 мин. ему доложили о плохом самочувствии Парнас, и вызове врача для оказания помощи. Во время оказания медицинской помощи в 17 час. 50 мин. Парнас Я. О. умер… было проведено вскрытие трупа Парнас Я. О. судебно-медицинским экспертом, который при наружном осмотре никаких телесных повреждений не установил. Смерть… наступила от инфаркта миокарда…
3 апреля 1954 г. старший следователь следственной части КГБ при СМ СССР подполковник Чеклин вынес постановление о прекращении уголовного дела в отношении Парнаса Якуба Оскаровича за отсутствием в его действиях состава преступления… Документов, в которых было бы указано место захоронения… не сохранилось» [3].