Цель Дарвиновской конференции, главным организатором и идейным руководителем которой был акад. Шмальгаузен, состояла в разоблачении научной несостоятельности представлений «лысенковцев» и демагогического характера этих обвинений. В работе конференции приняли участие Г. Ф. Гаузе, Б. М. Завадовский, В. Н. Сукачев, А. А. Парамонов, В. Л. Рыжков, Ю. И. Полянский, Р. Л. Берг, B. С. Кирпичников, К. М. Завадский, М. М. Камшилов, В. С. Ивлев и др. В ней активно участвовали биологи Харьковского университета (Е. И. Лукин, И. М. Поляков, Н. И. Калабухов, В. П. Эфроимсон, Н. В. Дубовский и др.).
Е. И. сделал два больших теоретических доклада: «Внутривидовая дифференциация и естественный отбор» и «О первоначальной дивергенции животного и растительного миров с точки зрения естественного отбора». В его архиве сохранился ряд писем И. И. Шмальгаузена, написанных в ноябре-декабре 1947 г., в которых Иван Иванович обсуждает с Е. И. программу конференции и круг ее участников, просит выяснить, насколько сильны позиции «лысенковцев» на Украине. Сохранился даже черновик опросника, составленный Шмальгаузеном и Лукиным, который от имени Управления по делам высшей школы при Совете Министров УССР (за подписью зам. начальника управления проф. Семенен-ко) предполагалось разослать в соответствующие институты с целью выяснения мнения ведущих биологов, селекционеров, философов по поводу дискуссии о внутривидовой борьбе. В архиве Е. И. сохранился также черновик оставшейся неопубликованной статьи «Несостоятельная ревизия дарвинизма» за подписью профессоров Харьковского университета Полякова, Лукина, Калабухова, в которой подверглись уничтожающей критике взгляды «лысенковцев» (Лысенко, Дворянкин, Турбин, Столетов, Халифман).
Юдинцев С. Д., Зеликнан А. Л., Берман Л. И. К вопросу о внутривидовой борьбе за существование // Вестник Моск. Ун-та, № 2, 1948. С. 97–110.
Дарвиновская конференция показала полную научную несостоятельность представлений Т. Д. Лысенко и его сторонников, которые на этот раз уклонились от участия в полемике. Она имела большой резонанс в СССР и за рубежом.
Е. И. вернулся в Харьков полный оптимизма и новых научных замыслов, уверенный в торжестве истинно научных представлений в отечественной биологии. Сессия ВАСХНИЛ в августе 1948 г. и последующие события были для него, впрочем, как и для других4), полной неожиданностью. В мае ему была объявлена благодарность ректора ХГУ за «образцовое руководство работой кафедры гидробиологии». Однако упоминание его имени наряду с другими «вейсманистами-морганистами», в качестве сторонника «лидера формальной генетики в СССР» академика И. И. Шмальгаузена в докладе Лысенко «О положении дел в биологической науке», и в совершенно безграмотном выступлении активного лысенковца А. А. Авакяна, имело для Е. И. роковые последствия. Уже в начале сентября 1948 г. был издан приказ об освобождении его от должности зав. кафедрой и увольнении из университета.