Это было началом расправы над Харьковской биологической школой. В специальных постановлениях, директивных документах и газетных статьях началось разоблачение «очагов пропаганды менделизма-вейсманизма-морганизма на биофаке ХГУ». В докладе зав. отделом науки ЦК Украины на созванном в конце сентября 1948 г. совещании профессоров вузов г. Харькова, которое происходило в оперном театре, Е. И. фигурировал в качестве «одного из наиболее оголтелых противников мичуринского учения», отмечалось, что «научные труды Лукина насыщены идеалистическим и метафизическим вздором», что в своих лекциях он никогда не упоминал работ Мичурина и Лысенко и т. д. и т. п. (Этот доклад был опубликован в «Правде Украины» и харьковских газетах «Красное Знамя» и «Со-ц1ал!стична Харювщина»). В статье А. Коржа «Против низкопоклонства и раболепия перед буржуазной культурой», опубликованной 21 октября 1948 г. в «Красном Знамени», отмечалось, что Е. И. «пресмыкался перед реакционной буржуазной наукой». Это, в частности, выразилось в том, что «возглавляемая им кафедра устроила сборище, посвященное 100-летию правила Бергмана». На самом же деле было обычное научное заседание кафедры, на котором Е. И. сделал доклад «О характере географических изменений организмов в связи с проблемой энергетического баланса», посвященный обсуждению соответствующей концепции Н. И. Калабухова, а о 100-летии правила Бергмана было лишь упомянуто во вступительной части.
Аналогичные «мероприятия» проводились в Харьковском зоотехническом институте, где Е. И. заведовал кафедрой зоологии. Работу кафедры рассмотрела специальная комиссия, в которой отмечено, что «профессор Лукин является ярким представителем харьковской группы разоблаченных ярых сторонников реакционного вейсманизма-морганизма — одного из наиболее влиятельных центров пропаганды и распространения реакционных идеалистических идей в биологии». Ученый совет ХЗИ полностью одобрил выводы комиссии и постановил «отстранить Е. И. Лукина от заведования кафедрой, уволить с работы и ходатайствовать перед ВАК СССР о лишении его научного звания профессора и ученой степени доктора биологических наук».
…7 сентября 1948 г. по Министерству высшего образования СССР был издан приказ следующего содержания:
«Освободить тов. Лукина Е. И. от исполнения обязанностей заведующего кафедрой гидробиологии Харьковского Государственного Университета им. А. М. Горького, как не обеспечившего руководства кафедрой.
Заместитель Министра высшего образования Союза ССР А. Топчиев».
Аналогичный по содержанию приказ об увольнении из ХЗИ был издан по Министерству высшего образования УССР.
А. В. Топчиев, который специально приезжал в сентябре 1948 г. в Харьков, чтобы «разбираться» с менделистами-вейсманистами-морганистами на вопрос Е. И., что ему делать, посоветовал «уехать куда-нибудь подальше» (профессором в какой-либо из вузов Якутии или Дальнего Востока). Однако никаких конкретных предложений за этим советом не последовало. Таким образом, в возрасте 44 лет Е. И. не только остался без работы, но и имел все основания ожидать лишения степени, звания и последующего ареста. Однако в конце 1948 г. из Москвы пришел приказ по Министерству высшего образования СССР (от 15 декабря 1948 г.) за подписью А. В. Топчиева: «Утвердить доктора биологических наук профессора Лукина Е. И. заведующим кафедрой зоологии Харьковского зоотехнического института» (разослать: руководству, инспекции, Главку зооветвузов, тов. Лукину Е. И., Харьковскому зоотехническому институту).
Новые испытания принес 1949 год с его кампанией по разоблачению космополитизма и преклонения перед Западом. На этот раз Е. И. спасло то обстоятельство, что ХЗИ был расположен далеко за городом, а в многочисленных харьковских вузах «космополитов» было более чем достаточно. Поэтому не только московские и киевские цековские, но и обкомовские комиссии туда не добрались, а проведение кампании было поручено здесь парткому института. Комиссия из 3-х человек доложила Ученому совету ХЗИ, что космополитом № 1 в институте является «неразоружившийся вейсманист-морганист» Е. И. Лукин, который, в частности, «пытался доказать человеконенавистническую расовую теорию» (!). Обсуждение выводов комиссии фактически провалилось, так как Е. И., много сделавший для ХЗИ (еще в 1936 г. он фактически организовал там преподавание общей биологии, зоологии и дарвинизма на современном уровне, создал первоклассный зоологический музей), имел там огромный авторитет и ни один из членов ученого совета не выступил. Однако формально принятое постановление Ученого совета было таким же, как и директивные документы 1948 г.: «считать невозможным оставлять образование и воспитание студентов в руках вейсманиста-морганиста, обратиться в ВАК СССР с просьбой лишить Е. И. Лукина ученой степени доктора биологических наук и звания профессора». Тем не менее, на этот раз увольнения не последовало. По-видимому, тут сыграли и вышеуказанные особенности статуса ХЗИ и позиция его ректора М. И. Книги, который не торопился выполнять эти решения. Кроме того, немалую роль сыграло и то, что в отличие от Харьковского университета, у Е. И. здесь не было личных врагов и «идеологически активных» коллег. С ХЗИ — ХЗВИ связана вся его дальнейшая профессорско-преподавательская деятельность. В университет Е. И. больше не вернулся.