На средства земств: Харьковский бактериологический институт (1894), Одесская городская бактериологическая станция, Екатеринославский институт Смоленского губернского земства (1911), Казанский бактериологический институт (1900), Томский бактериологический институт.
На средства частных лиц: Еленинский Клинический институт, Бактериологический институт Ф. М. Блюменталя в Москве, Институт д-ра Н. И. Власьевско-го — «Иммунитет» в Москве, Институт Белоновского, Маслаковца и Либермана в С.-Петербурге. В 1911 г. Н. Ф. Гамалея создал Бактериологический институт в С.-Петербурге на свои средства.
Однако все эти институты несравнимы по масштабам с ИЭМ-ом. Замысел Ольденбургского был весьма широк. Он хотел пригласить И. И. Мечникова в качестве директора будущего института. Мечников предпочел работу в Париже в институте Пастера — возглавил там Отдел морфологии низших организмов и сравнительной микробиологии. Принц обратился к Александру III (троюродному брату) с просьбой разрешить организовать в Петербурге институт, подобный Пастеровскому в Париже и Шгиеническому в Берлине. Последовала резолюция, примерно такая: «Согласен, за твой счет». Для определения структуры и направлений научной деятельности будущего института А. П. Ольденбургский организовал специальный комитет в составе: 1. Профессор Еленинского института В. К. Анреп — физиолог и токсиколог, ученый секретарь и совещательный член Медицинского совета МВД; 2. Директор Еленинского института, профессор М. И. Афанасьев — бактериолог; 3. Магистр ветеринарии К. Я. Гельман, сотрудник Пастеровской прививочной станции; 4. Доктор медицины В. А. Краюшкин, сотрудник Пастеровской прививочной станции; 5. Профессор кафедры Фармакологии Медико-хирургической академии И. П. Павлов; 6. Профессор Еленинского института, директор Института органопрепаратов [8], совещательный член Медицинского совета МВД, А. В. Пель — фармацевт и фармаколог; 7. Равный врач Калинкинской больницы, внештатный сотрудник Пастеровской прививочной станции Э. Ф. Шперк — дерматолог и сифилидолог. Я под впечатлением этого списка. Ясна тесная связь замыслов великой княгини и принца. Сколь замечателен этот комитет по компетенции и разнообразию специальностей. Не удивительно, что они решили организовать институт более широкого профиля, чем институты Пастера и Коха. Задачи такого института — «экспериментальное изучение сущности производимых болезнетворными началами изменений в тканях и функциях организма и изыскание способов борьбы с ними» [1]. В книге, посвященной 100-летию ИЭМ, можно найти еще множество интересных сведений об организации ИЭМ. Там написано, как после завершения подготовительной работы из состава Специального комитета вышли все три сотрудника Еленинского Клинического института. Наверное, чтобы не ослаблять этот институт. Написано, что В. К. Анреп и И. П. Павлов не согласились стать директорами нового института. Возможно, Анреп отказался из-за трагических неудач лечения туберкулеза туберкулином, предложенным Кохом. Анреп ездил к Коху в Берлин, было так много надежд. Они не оправдались [7]. Павлов не смог бросить кафедру, но очень активно участвовал в создании ИЭМ. Принц затратил большие деньги на приобретение земли на Аптекарском острове и на строительство. Он еще раз обратился к Александру III. 25 ноября 1890 г. император посетил новое учреждение и повелел «принять в казну» с присвоением наименования «Императорский Институт экспериментальной медицины» и назначением А. П. Ольденбургского попечителем института. Хорошо быть принцем, членом царствующего дома при создании таких учреждений в самодержавном государстве. Принц в декабре 1890 г. представил в Государственный совет проект устава, его штаты, структуру, научные задачи. Все прошло, кроме «сметы расходов». Министр финансов (8 февраля 1891 г.) посчитал нужным (естественно!) сократить расходы и в первую очередь… штатные оклады научного и вспомогательного состава, приравняв их к окладам профессорского и преподавательского состава университетов. (Чтобы не было поводов для возбуждения ходатайств об увеличении окладов работникам университетов и Академии наук) [1]. Ольденбургский не согласился (16 февраля 1891 г.) с большинством доводов министра финансов [1, с. 15–16]:
«…Вообще же не подлежит сомнению, что профессия ученого есть одна из самых невыгодных в нашем отечестве, красноречивым свидетельством чего служат многие вакантные кафедры в университетах и едва ли русский деятель науки может даже в отдаленном будущем мечтать о такой плате за свой труд, какую получают его иностранные коллеги на поприще даже теоретической медицины»