…Под впечатлением этой речи тотчас же сорганизовалась группа студентов, задавшихся целью предотвратить беспорядки… Это удалось им не без трудной борьбы… благодаря дружному содействию наиболее популярных профессоров, непосредственно от себя обращавшихся к студенчеству, удалось направить недовольство в другое русло, организовать курсовые собрания для выработки формы протеста по адресу Мещерского. Была учреждена специально разрешенная комиссия профессоров под председательством П. Г. Виноградова, которая совместно с выборными представителями от студенчества выработала форму протеста: но министерство оставило это дело без удовлетворения… >
Опять было выбрано насилие. Профессора, поддержавшие студентов оказались в трудном положении…
«…П. Г. Виноградов, чувствуя, что почва уходит из под ног, и что моральный авторитет профессоров не может не пострадать от той комедии, которую им пришлось разыграть… решил покинуть Московский Университет и уехать за границу… Он видел университет накануне величайшего кризиса и не находил слов для осуждения тактики правительства, слепо и сознательно роющего могилу будущей русской культуре. В таком же состоянии был и С. Н. Он буквально метался, не находя себе места: ездил к Виноградову, уговаривая его не уходить, наконец, сам собирался в отчаянии и тоске бросить университет… и все-таки остался».
Царское правительство продолжило подавление: 29 декабря 1901 г. вышли знаменитые «Временные правила»… Правила эти вводили постоянный контроль инспекции, возлагали функции полицейского характера на профессоров и студентов, вводили мелочную регламентацию и вполне игнорировали существующие курсовые и студенческие организации. Совет университета единодушно высказался против применения этих правил, а студенчество решило собрать общую сходку 3 февраля с целью составления резолюции с ясно выраженным политическим характером требований. Во всех высших учебных заведениях страны начались «беспорядки». Разумеется, не все студенчество хотело принимать в них участие, и многие тяготились невозможностью заниматься.
После истории с Герье на старших курсах Филологического факультета стала крепнуть и усиливаться партия сторонников академической свободы, которая стала известна среди студентов под именем партии «академистов» или «академической». Сергей Николаевич вступил в самое тесное дружеское общение со сторонниками этой партии, читал их бюллетени и высказывал свое мнение о них. Одновременно и в Петербурге зародилась партия «Университет для науки».
Возмущенные «Временными правилами», московские академисты считали забастовку в занятиях вполне допустимым приемом борьбы, петербургские же безусловно отвергали ее, и Сергей Николаевич старался убедить и московских академистов в недопустимости такого анти-академического средства борьбы.
Он полагал, что нужно не разделять, не дезорганизовывать, не противиться естественному стремлению к взаимному общению, а наоборот, сплотить студенчество в организацию чисто академическую, нравственно сильную, солидарную с университетом, объединить его во имя высшей цели — наилучшего подготовления к общему служению родной земле.
24 февраля 1902 г. С. Н. собрал у себя на квартире совещание из представителей академической партии и нескольких профессоров, и здесь было выработано некоторое соглашение по вопросу о дальнейшем возобновлении занятий. Главным результатом этих совещаний было основание Историко-филологического общества, которое было встречено горячим сочувствием со стороны студентов… Уже в марте общество насчитывало до 800 членов…Утверждение устава Студенческого Историко-филологического Общества произошло в марте 1902 г., и на первом собрании С. Н. единогласно был выбран председателем, и А. А. Анисимов секретарем Общества. Публичное же торжественное открытие Общества состоялось осенью 6 октября в совершенно переполненной Большой Физической аудитории Московского Университета. В речи своей С. Н. говорил студентам, что судьба Общества всецело в их руках. Он считал, что такое общество необходимо для того, чтобы «университет исполнил свою настоящую миссию и сделал науку реальной и живительной общественной силой, созидающей и образующей, которая простирает свое действие на все слои народа, поднимает и просвещает самые низшие из них>.