Утверджуючи свої позиції в українських південних степах, царський уряд заснував у 1767 р. Новоросійську губернію на базі Нової Сербії, Слов'яносербії, поселень Слобідського та півтора десятка сотень Миргородського, Полтавського та інших лівобережних полків і запорозьких земель по річці Інгул.
Царський уряд наклав свою руку і на Прогної з соляними озерами, якими користувалися запорожці, а також на перевози, що лежали на водних шляхах до Чорного моря й належали Січі. Спершу царські власті віддали їх під нагляд своїх урядовців, а згодом почали відбирати у Коша всі прибутки, що надходили з перевозів.
1770 року розпочалося будівництво Дніпровської укріпленої смуги, що починалася біля острова Хортиця, йшла вздовж кордону Запорожжя і Кримського ханства до гирла річки Берда біля Азовського моря. Військові інженери-фортифікатори й коменданти гарнізонів по-хижацькому знищували ліси, байраки, розбирали в зимівниках будівлі. На форт-штадтах нових фортець поселяли однодворців, пікінерів, зайд. Крім військових поселень, царські офіцери засновували на запорозьких землях свої власні слободи з селянами, перетворюючись таким чином на поміщиків-кріпосників. Отже, імперський урядовий наступ на Вольності Війська Запорозького супроводжувався загарбанням козацьких земель українськими та російськими поміщиками, представниками лівобережної та слобідської старшини, монастирями.
Боротьба запорожців проти кріпосницького колоніального наступу царизму, українських та російських феодалів, за збереження своїх прав і володінь досягла апогею в останнє десятиріччя існування Січі. Один із істориків — Шиманов — у 1888 р. назвав її «передсмертною поземельною боротьбою Запорожжя», яка спрямовувалася проти кріпосництва, оскільки запорозьке козацтво мало, за твердженням цього дослідника, «більш справедливий суспільний… лад, ніж самодержавна монархія».
Опір козаків наступу царизму на їхні права та землі відбувався в різних формах. Часто за негласними розпорядженнями Коша й особисто Калнишевського, а інколи й відкритих рішень запорозької січової Ради заселялися зимівниками кордони; військові запорозькі команди, окремі запорожці вступали в сутички з гарнізонами фортець, розкидали будівлі, розганяли пости, спалювали оселі. Збройний характер мали також сутички між запорозькими козаками й слобідськими та лівобережними поміщиками, котрі намагалися засновувати маєтки на землях Січі.
Запорозькі козаки не тільки вдавалися до зброї, але й прагнули здебільшого розв'язувати спірні питання мирним шляхом, політичними засобами. Неодноразово кошовий уряд звертався зі скаргами й протестами до царських властей. Писали козаки й малоросійському генерал-губернатору, військовому командуванню під час війни. Безпосередньо зверталися до імператриці Єлизавети Петрівни, до Катерини II. Депутати з Запорожжя, що їхали за традиційним регулярним щорічним «жалуванням» Війську Запорозькому до столиці імперії (грошове та хлібне утримання, порох та олово для виробництва куль, гармати), під час аудієнцій у цариці та вищих сановників завжди скаржилися на захоплення їхніх володінь. Споряджалися й спеціальні посольства Для розв'язання земельної проблеми.
За царювання Єлизавети Петрівни задовольнялися деякі прохання запорозького козацтва щодо його прав на безмитну торгівлю, володіння перевозами, промислами тощо. Водночас земельні претензії Запорозької Січі царським урядом ніколи не задовольнялися. Калнишевський брав участь у трьох таких депутаціях: у першій — як військовий осавул, у другій — як військовий суддя, у третій — як кошовий отаман.
У 1755–1756 роках у Петербурзі перебувала запорозька депутація в складі військового осавула Петра Калнишевського, Данила Гладкого та Івана Чугуївця, яких обрали на загальновійськовій Раді на Січі після одержання дозволу від гетьманської Генеральної військової канцелярії на відправку депутатів. Запорозький уряд — Кіш забезпечив їх докладною інструкцією й доручив передати царському уряду петицію з повідомленням про захоплення запорозьких земель Ново-Сербією, Слобідським полком і Донським військом. У петиції також викладалося прохання скасувати встановлене у 1755 р. мито на сіль, яку вивозила Запорозька Січ. Узагалі просили дозволити без мита везти із Запорожжя коней, худобу, звіра, хутра, а на Запорожжя ввозити харчі.