Через два роки в Наказі Запорозької Січі до Комісії зі складання Нового Уложенія 1767 р. зазначалося, що обіцянки Катерини не були здійснені, із запорозьких земель не були зведені чужі поселення та слободи, залишалися на місці царські війська. Взагалі, земельні претензії були однією з головних тем Наказу Січі до згаданої Комісії. Вимога про повернення захоплених володінь аргументувалася тим, що вони — «іздревлє» запорозькі й із ними Запорозька Січ увійшла до складу Російської держави. Посилалися також на історичні документи — «Пункти Богдана Хмельницького», державні договірні умови, про які згадувалося вище.
Прохання про вивід царських військ обґрунтовувалося таким чином. Ці війська розташовані не на кордоні, а «всередині Запорозької землі», що ж до захисту південного порубіжжя від нападів з боку кримського хана й Туреччини, то запорожці «по присяжної своєї должности» як охороняли, так і далі охоронятимуть це порубіжжя.
Під час російсько-турецької війни 1768–1774 років Запорозьке Військо неодноразово відзначалося героїчними подвигами і військовою майстерністю, а його землі в цей час продовжували захоплюватись. Запорозькі козаки намагалися протистояти цьому, витісняли зі своїх земель іноземні й військові поселення. Петро Калнишевський продовжував керувати боротьбою за збереження земель, поєднуючи це з командуванням Запорозьким Військом на театрі військових дій. Він не тільки відстоював кордони Запорозької Січі, а й організовував і стимулював швидке заселення її просторів селянами з Лівобережної та Правобережної України й Слобожанщини. Звільняючи під час боїв бранців, полонеників, що конали в тяжкій турецько-татарській неволі, запорозькі козаки привозили їх на Січ, допомагали їм оселитися й улаштуватися на запорозьких землях. Отже, в 1770 р. на території «Вольностей Війська Запорозького» вже налічувалося 45 сіл, близько чотирьох тисяч хуторів-зимівників.
У 1771, 1773, 1774 роках Запорозька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору, але з тим же негативним результатом. Катерина II «радикально» вирішила земельні суперечки Запорожжя. «З матернію ніжністю і щедротою», подаючи надію запорожцям і присипляючи їхню пильність, вона доручила водночас своєму офіційному «російському історіографу» німцю Герарду Міллеру «науково» довести, що Січ, узагалі, не має ніяких прав на володіння своїми землями. Про це стало відомо запорожцям, остання депутація котрих повідомляла на початку 1775 р. у Кіш, що Міллер за завданням Колегії іноземних справ робить виписки з архівних документів про Запорожжя: «Тепер ми сього дійшли, що доручено в Іноземній колегії історику німцю, полковнику Мійнеру, виписку чинити, з якої вже частина скопійована і посилається».
Дві статті Міллера — «Міркування про запорожців» і «Коротка виписка про малоросійський народ і запорожців» були подані уряду як доповідні записки напередодні зруйнування Січі — 10 травня 1775 р. Оцінки Міллера виражали офіційні імперські погляди на запорозьке козацтво. Деякі висунуті ним положення («Січ не має права на існування», «несамовите управління», «злодійський умисел», «політична потвора») були згодом використані в маніфесті Катерини II про ліквідацію Запорозької Січі.
Задовго до зруйнування Січі царський уряд, намагаючися поступово звужувати її автономію, не тільки відбирав землі, а й втручався в самостійний внутрішній лад Січі, галузі управління, самоврядування, судочинства, церковні справи. Спочатку дуже обережно, але послідовно обмежувалися демократичні порядки запорозького козацтва. Готувалися проекти реформ, що передбачали насамперед ліквідацію виборності старшини, зокрема й урядової — кошової, а також заборону рядовим козакам брати участь у радах. Крім того, при кошовому отаманові запроваджувався спеціальний пристав — царський штаб-офіцер.
Ліквідації самоврядування у сфері виборності старшини домагалася й частина запорозької верхівки. Проект скасування виборів і принцип призначення старшини урядом розробив військовий писар Павло Чернявський. Окремі представники запорозької верхівки, догоджаючи царським властям, воліли це робити таємно. Чернявський, зокрема, побоюючись розправи з боку козаків, просив не вказувати його прізвище в офіційних документах.
Зі вступом Катерини II на престол втручання царизму в демократичний лад Запорозької Січі, її управління набрало безцеремонного, брутального характеру. 9 вересня 1762 р. на коронацію Катерини приїхала запорозька депутація у складі щойно обраного кошового отамана Петра Калнишевського і військового кошового писаря Івана Глоби. Оскільки Калнишевський не сподобався імператриці, на Січ надійшов наказ відсунути його від кошового отаманства. У грудні 1762 р. рішення про вибори лише на старшинських нарадах ухвалила сходка курінних отаманів. Відтоді на посади подекуди обирали не на загальновійськовій раді, а на старшинських сходках і саме тих кандидатів, яких воліли самодержиця або її оточення.