У кампанію 1769 р., крім «маскування» турецької фортеці Очаків, решта запорозьких команд виконувала окремі завдання загального стратегічного плану 2-ї російської армії — оборону України з боку Очакова, Бендер і Дністра. Головною метою кампанії 1770 р. була облога фортеці Бендери. Запорозьке Військо у складі двох корпусів 2-ї російської армії забезпечувало з боку Криму і Очакова її тили й комунікації. У цьому ж році запорозькі козаки розвідкою й агітацією в Криму і в ногайських ордах, а також транспортуванням цих орд через Дніпро сприяли відокремленню їх від Кримського ханства й переходу під російську протекцію.
Починаючи з кампанії 1771 р., запорозьке військо вже діє в складі не тільки 2-ї, а й 1-ї російської армії. На Дунайському театрі війни запорожці брали участь у боях, які мали вирішальне значення.
Запорозька піхота в цій війні виконувала спеціальні завдання царського уряду і російського командування. Особливо уславилася тоді Дунайська експедиція запорозького флоту, проведена двічі — в 1771 і 1772 роках. Запорозький флот у складі 19 «чайок» («дубів») з тисячною командою козаків-піхотинців, які були водночас і екіпажем суден, пройшов Дніпром повз ворожі фортеці Очаків і Кінбурн у Чорне море: перетнувши північно-західну його частину, вступаючи в бої з зустрічними турецькими кораблями, увійшов у гирло Дунаю й пришвартувався в Кілійському порту.
Запорозька Дунайська експедиція мала не тільки воєнне, а й наукове значення. Під час походу запорожці проводили дослідницько-навігаційні роботи — вивчення дунайських чорноморських шляхів, складання їх перших лоцій. Через те, що царський уряд ставив неодмінною умовою закінчення російсько-турецької війни 1768–1774 років одержання від Туреччини права на вільне плавання російських торгових суден по Чорному морю, запорозька Дунайська експедиція мала значення не тільки для розвитку воєнних дій, але й для розширення в майбутньому чорноморської торгівлі. Після прибуття на Дунай запорозька флотилія увійшла до складу створеної Румянцевим Дунайської флотилії й брала участь у її активних діях.
У складі авангардних військ 2-ї російської армії запорозькі козаки відзначилися при виконанні головного стратегічного завдання кампанії 1771 р. — захопленні Криму. 1771 р. запорозька п'ятисотенна команда на чолі з полковником Опанасом Ковпаком сприяла успішному закінченню Кримської експедиції не тільки своїми бойовими виправами, а й насамперед знанням шляхів, що вели до Криму, і в самому Криму. Вирішальну роль в оволодінні Кримом російською армією і козацькими військами в 1771 р. мав подвиг запорожців, які під час штурму перекопських укріплень форсували Сиваш і через його обмілини, в обхід валу, пройшли в Кримський півострів, а за ними рушили російські кавалерійські частини.
У ході бойових дій запорозькі козаки переслідуванням противника сприяли повному розгрому 30-тисячної татарської армії корпусом Прозоровського.
У кампанії 1772–1773 років січовики брали участь у «малій війні» — диверсіях на правому березі Дунаю, а також у штурмі турецької фортеці Сілістрії.
У кампанії 1774 р., яка закінчилась у середині цього року, запорозькі козаки були призначені Суворовим у резерв біля річки Яломиці. Тут вони здійснювали оборону окремого району лівого берега Дунаю.
Кучук-Кайнарджійська угода Росії з Туреччиною 1774 р., що завершила війну, стала поштовхом для царизму в практичній реалізації смертного вироку Запорозькій Січі. У результаті переможної війни, в чому далеко не остання роль належала Запорозькому Війську, остаточно був покладений край татарським нападам на українські землі. Нові придбання Російської імперії на Півдні, в причорноморських степах, зміцнили владу царизму в Україні. У вищих урядових колах вважали, що Запорожжя вже втратило своє значення форпоста в боротьбі з турецько-татарською агресією, а запорозькі козаки не становлять цінності як військова сила. Подальші події показали, що це твердження було великою помилкою.
Доля Запорозької Січі остаточно вирішилася 23 квітня 1775 р. на так званій раді при височайшому Дворі. На ній з розробленим планом знищення Січі за допомогою збройних сил виступив новоросійський генерал-губернатор Потьомкін. Всесильний володар Південної України, фаворит Катерини II відіграв зрадницьку, підступну роль. Деякий час він загравав із козаками, навіть уписався до Кущівського куреня, одержавши прізвисько Грицька Нечоси, але саме він став виконавцем «монаршої волі» й особливо жорстоко розправився із запорозькою вольницею.