Для операції проти Запорозької Січі було використане військо, що поверталося з російсько-турецької війни, загальною кількістю понад 100 тисяч чоловік. Командував цими численними силами генерал-поручик Петро Текелі. Царські війська швидко зайняли Запорожжя — певною мірою завдяки раптовості нападу, а також нечисленності січової залоги. Більша частина козаків на той час розійшлася по домівках або подалася на промисли. Січ охоронялася тритисячним гарнізоном із 20 невеликими гарматами. Залоги в паланках були ще слабкішими.
4 червня, ніде не зустрічаючи опору, піхотно-кінне з'єднання царських військ, ніким не помічене, підійшло до стін січової фортеці. Вартових було знято, артилерію захоплено, на вулицях передмістя поставлено охорону. Після блокування січової гавані на річці Підпільній і захоплення суден, що стояли там, Текелі послав полковника Місюрева до кошового отамана з вимогою, щоб той прибув до нього.
Старшинська рада з участю духовенства після тривалого обговорення вирішила здати Січ без найменшого опору. Проте переважна частина рядового козацтва мала намір вступити в боротьбу з царськими військами. Багато зусиль доклали кошовий отаман Петро Калнишевський і запорозький архімандрит Володимир Сокальський, щоб переконати козаків скоритися імператорській волі. Небажанням проливати християнську кров пояснили вони свою позицію.
Старшина виїхала до Текелі. Наступного дня, 5 червня, за наказом Текелі, з січових сховищ забрали й вивезли в поле боєприпаси, клейноди, прапори, матеріальні цінності й архів запорозької військової канцелярії. Гармати, військовий скарб, клейноди й частина архіву пізніше були відправлені до Петербурга. За розпорядженням військових властей всі будівлі на Січі, крім укріплень, зруйнували, пушкарню засипали. Вища січова старшина була репресована.
Найбільше усіх постраждав кошовий отаман Петро Калнишевський, якого разом із двома кошовими старшинами без суду й слідства відправили в довічне заслання і ув'язнення.
Про сумну долю колишніх запорозьких керівників не могли довідатися навіть найближчі родичі. Лише майже через століття дослідники за архівними документами встановили, що кошового Петра Калнишевського заслали в Соловецький, військового писаря Івана Глобу — в Туруханський, а військового суддю Павла Головатого — в Тобольський монастирі. Останній кошовий отаман запорозьких козаків провів чверть століття в нелюдських умовах. Ув'язнення було жахливим: його по суті живцем замурували в кам'яному мішку.
Помер П. Калнишевський 1803 р., 112 літ від роду в цьому ж монастирі, де він добровільно залишився й після «помилування» його Олександром І у 1801 р.
Петро Калнишевський — жертва національно-колоніальної політики Катерини II, був патріотом України, стійким, невтомним, мужнім оборонцем Запорозької Січі — останнього вогнища волі, незалежності й демократизму.