Московська сторона висловлювала своє відношення до українського проекту договору царськими указами й резолюціями бояр на кожну статтю. Десять статей було прийнято беззастережно, в решту вносились обмеження, поправки, інші формулювання. Деякі статті навіть відкидалися.
21 березня українські посли подали новий проект договору в 11 статтях, який був ратифікований царем і боярами за винятком однієї статті. Однак у трьох царських грамотах, що були видані послам 27 березня, не тільки санкціонувався другий варіант договору з 11 статтями, а й по суті ратифікувалися ті статті з першого варіанту договору, які не ввійшли до остаточного варіанту.
Коли укладався українсько-російський договір 1654 р., Україна була цілком незалежною державою. Вона фактично характеризувалася тими ознаками, що визначають державу: територією, яку охоплювала державна організація; людністю, котра не визнавала за собою іншої влади, крім влади свого гетьмана; загальновійськовою радою й гетьманським урядом, які здійснювали владу на території України; збройними силами — козацьким військом; самостійними міжнародними відносинами; власним судочинством; суверенною економічною політикою.
Для Хмельницького договір 1654 р. був передусім звичайним оборонним договором, складеним для того, щоб дістати військову допомогу царя у війні проти Польщі. З іншого боку, уряд Богдана Хмельницького цим договором ставив завдання закріпити за Україною її права та вольності, не допустити в майбутньому їх порушення та обмеження царизмом. В умовах даної історичної доби, політичних і фактичних обставин було використано звичайну для того часу, всім тоді знайому форму договору між двома державами, так звану форму протекції, коли вдаються за допомогою до сильного сусіда в боротьбі проти свого ворога. До такої форми договору вдавалися всі монархи та володарі.
Під час тривалої боротьби з Польщею Богдан Хмельницький не вперше складав договори з сусідніми державами, та й із самою Польщею. Так, у ході війни з нею двічі формулювалися юридичні стосунки між Україною й Річчю Посполитою у Зборівському і Білоцерківському договорах 1649 і 1651 років. Але ці укладені державно-політичні умови були зірвані Польщею, війна тривала. Богдан Хмельницький сподівався, що на підставі українсько-російського договору Україна одержить військову допомогу від Москви й водночас заманіфестує перед світом своє цілковите визволення від Польщі. Московський цар діставатиме за це певну грошову данину.
Самостійність України визнавалася і в аспекті її міжнародних відносин. Передусім Польща в своїх дипломатичних стосунках трактувала Україну як самостійну державу, могутністю котрої лякала інших володарів. Посол польського короля в Криму доводив ханові, що «осібна держава», яку робить з України Богдан Хмельницький, буде небезпечною для сусідів. Польські дипломати залякували Семигородського князя, що Богдан Хмельницький стане монархом із стотисячною армією, з владою над усіма руськими землями. Тогочасний французький часопис «Gazett de France» 21 березня 1654 р. писав, що Хмельницький в об'єднанні з Москвою шукав союзників для боротьби проти Польщі: «Щоб знайти Польщі ще одного ворога, Богдан Хмельницький піддався під протекцію московського великого князя та присягнув йому від імені козаків».
Сусідні країни оцінювали Україну періоду Богдана Хмельницького як самостійну державу. Богдан Хмельницький здійснював широко розгалужену міжнародну діяльність і мав дипломатичні відносини з багатьма державами, листуючися з ними, укладаючи договори, обмінюючись посольствами. Монархи, князі та інші родовиті голови держав зверталися до Богдана Хмельницького, називаючи його «приятелем», «другом», «братом», як це було прийнято в стосунках між володарями незалежних держав. Отже, чужоземні монархи та держави трактували Україну, незважаючи на договір 1654 р., як окрему від Москви державу, а гетьмана — як самостійного государя. Значення цього договору вони оцінювали тільки як «протекцію» в тодішньому розумінні, часто номінальну. Таким чином, договір не стояв на перешкоді їхнім дипломатичним відносинам з Україною на високому державному рівні.